More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2534 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2534  cobW protein  100 
 
 		 349 aa  700    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.132259  normal  0.646517 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1611  cobalamin synthesis protein/P47K  44.19 
 
 		 366 aa  292  7e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0359  cobalamin synthesis protein P47K  46.61 
 
 		 387 aa  277  2e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.167251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1926  cobalamin synthesis protein P47K  45.14 
 
 		 390 aa  275  6e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.919983  normal  0.165005 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1368  cobalamin synthesis protein P47K  43.94 
 
 		 408 aa  275  8e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.389271 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0507  cobalamin synthesis protein P47K  43.7 
 
 		 377 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0903  cobalamin synthesis protein P47K  43.26 
 
 		 382 aa  260  3e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.492956  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4357  cobalamin synthesis protein, P47K  40.99 
 
 		 419 aa  258  8e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1957  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  42.34 
 
 		 386 aa  256  4e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1230  cobalamin synthesis protein, P47K  42.99 
 
 		 340 aa  256  5e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.312902 
 
 
-
 
NC_004310  BR2035  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  42.15 
 
 		 390 aa  255  9e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3895  cobalamin synthesis protein P47K  39.57 
 
 		 391 aa  252  6e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00307533 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2384  cobalamin synthesis protein P47K  43.35 
 
 		 364 aa  252  7e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00979398  hitchhiker  0.00264822 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3607  cobalamin synthesis protein P47K  39.78 
 
 		 394 aa  249  6e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4060  hypothetical protein  38.75 
 
 		 395 aa  248  8e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11430  cobalamin biosynthesis CobW-like domain protein  42.17 
 
 		 417 aa  247  2e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.717633  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1160  cobalamin synthesis protein, P47K  42.65 
 
 		 420 aa  247  2e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2571  cobalamin synthesis protein P47K  40.82 
 
 		 382 aa  243  5e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0868503  normal  0.334928 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1001  cobalamin synthesis protein, P47K  41.72 
 
 		 337 aa  241  1e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5884  hypothetical protein  39.94 
 
 		 338 aa  241  2e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1336  cobalamin synthesis protein P47K  42.44 
 
 		 407 aa  240  2e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2744  cobalamin synthesis protein, P47K  41.89 
 
 		 328 aa  236  4e-61  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5439  cobalamin synthesis protein P47K  47.37 
 
 		 367 aa  233  3e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.231076  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5645  cobalamin synthesis protein P47K  38.12 
 
 		 337 aa  231  2e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.354851  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1219  cobalamin synthesis protein P47K  44.38 
 
 		 366 aa  229  6e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.338424 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5963  cobalamin synthesis protein P47K  40.45 
 
 		 372 aa  228  9e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.103061  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1159  cobalamin synthesis protein P47K  43.06 
 
 		 375 aa  228  1e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.561816 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3932  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis protein/P47K  39.88 
 
 		 335 aa  226  6e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134364 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1380  cobalamin synthesis protein P47K  44.38 
 
 		 366 aa  225  7e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0678447  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4198  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  40.06 
 
 		 335 aa  225  1e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0231  cobalamin synthesis protein P47K  46.09 
 
 		 377 aa  224  1e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.856785  normal  0.0246685 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0557  cobalamin synthesis protein P47K  38.53 
 
 		 470 aa  220  3e-56  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.17268 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3179  cobalamin synthesis protein, P47K  42.38 
 
 		 334 aa  211  1e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.250696  normal  0.0623064 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2088  cobalamin synthesis protein P47K  39.26 
 
 		 364 aa  206  4e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0467724 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6056  cobalamin synthesis protein P47K  39.02 
 
 		 345 aa  206  5e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.268989  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5629  cobalamin synthesis protein P47K  40.91 
 
 		 361 aa  198  1.0000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.431844  normal  0.176187 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0291  cobalamin synthesis protein P47K  37.46 
 
 		 328 aa  197  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1229  cobalamin synthesis protein, P47K  38.92 
 
 		 335 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.469713 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2035  cobalamin synthesis protein P47K  39.18 
 
 		 331 aa  194  1e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2015  cobalamin synthesis protein, P47K  36.09 
 
 		 353 aa  193  4e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1331  cobalamin synthesis protein, P47K  37.25 
 
 		 366 aa  192  7e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1732  cobalamin synthesis protein P47K  35.01 
 
 		 352 aa  187  3e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0509  putative GTP-binding protein YjiA  38.36 
 
 		 317 aa  181  2e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0635943 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4943  putative GTP-binding protein YjiA  37.69 
 
 		 318 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.715992 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4936  putative GTP-binding protein YjiA  37.69 
 
 		 318 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.518194  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4884  putative GTP-binding protein YjiA  37.69 
 
 		 318 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0960  putative GTP-binding protein YjiA  37.42 
 
 		 320 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4783  putative GTP-binding protein YjiA  37.38 
 
 		 318 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.120567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0072  cobalamin synthesis protein P47K  34.41 
 
 		 362 aa  178  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4639  CobW/P47K family protein  38.3 
 
 		 323 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4857  putative GTP-binding protein YjiA  37.07 
 
 		 318 aa  176  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4501  cobalamin synthesis protein, P47K  38.3 
 
 		 325 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.687731 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3058  cobalamin synthesis protein, P47K  32.66 
 
 		 350 aa  176  5e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.408914  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3380  cobalamin synthesis protein P47K  34.65 
 
 		 359 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4377  hypothetical protein  33.53 
 
 		 363 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0163  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis CobW, C-terminal  34.84 
 
 		 357 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3703  cobalamin synthesis protein P47K  34.36 
 
 		 362 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.847645 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4633  cobalamin synthesis protein P47K  37.13 
 
 		 325 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371646  normal  1 
 
 
-
 
NC_011699  PHATRDRAFT_41508  predicted protein  33.23 
 
 		 394 aa  173  5e-42  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.328338  n/a   
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40657  predicted protein  32.38 
 
 		 404 aa  173  5e-42  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.15891  normal  0.0463328 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6439  cobalamin synthesis protein/P47K  34.29 
 
 		 359 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0345  cobalamin synthesis protein P47K  34.2 
 
 		 362 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.593082 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3084  cobalamin synthesis protein P47K  34.29 
 
 		 359 aa  171  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0517303 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2998  cobalamin synthesis protein P47K  34.68 
 
 		 387 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.249675 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0611  cobalamin synthesis protein P47K  33.86 
 
 		 332 aa  171  2e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.71741  normal  0.0611069 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3224  putative GTP-binding protein YjiA  33.33 
 
 		 328 aa  171  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0778191  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0047  hypothetical protein  34.19 
 
 		 362 aa  170  3e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3089  cobalamin synthesis protein, P47K  34.1 
 
 		 393 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.356771  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4878  putative GTP-binding protein YjiA  37.89 
 
 		 318 aa  170  3e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1091  putative GTP-binding protein YjiA  33.54 
 
 		 328 aa  170  4e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.214102  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0196  cobalamin synthesis protein P47K  33.79 
 
 		 364 aa  170  4e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.174465  normal  0.775043 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04218  predicted GTPase  37.89 
 
 		 318 aa  169  5e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4944  putative GTP-binding protein YjiA  37.89 
 
 		 318 aa  169  5e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04184  hypothetical protein  37.89 
 
 		 318 aa  169  5e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5864  putative GTP-binding protein YjiA  37.89 
 
 		 318 aa  169  5e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3714  putative GTP-binding protein YjiA  37.89 
 
 		 318 aa  169  5e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4892  putative GTP-binding protein YjiA  37.89 
 
 		 318 aa  169  5e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4572  putative GTP-binding protein YjiA  37.89 
 
 		 318 aa  169  5e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3078  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis CobW, C-terminal  32.77 
 
 		 360 aa  169  8e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.361866  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5244  hypothetical protein  36.92 
 
 		 334 aa  169  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536165  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2276  putative CobW protein involved in cobalamin synthesis  32.84 
 
 		 326 aa  168  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0913619  normal  0.150937 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2475  cobalamin synthesis protein, P47K  33.81 
 
 		 393 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.557967  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3645  cobalamin synthesis protein P47K  37.58 
 
 		 318 aa  167  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0800  cobalamin synthesis protein P47K  36.81 
 
 		 325 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1909  cobalamin synthesis protein P47K  33.44 
 
 		 323 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60920  hypothetical protein  36.92 
 
 		 334 aa  165  9e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0580  putative GTP-binding protein YjiA  34.03 
 
 		 320 aa  165  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3429  cobalamin synthesis protein, P47K  31.64 
 
 		 350 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal  0.828912 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1778  cobalamin synthesis protein P47K  33.84 
 
 		 328 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.468449  normal  0.647209 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3189  cobalamin synthesis protein P47K  32.34 
 
 		 323 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0646926 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4881  cobalamin synthesis protein/P47K  34.68 
 
 		 323 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2114  cobalamin synthesis protein P47K  33.84 
 
 		 328 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.56186 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0962  putative GTP-binding protein YjiA  35.33 
 
 		 322 aa  164  3e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.177818  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0285  cobalamin synthesis protein/P47K  32.26 
 
 		 323 aa  163  3e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.980872  normal  0.42321 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0807  cobalamin synthesis protein, P47K  32.74 
 
 		 359 aa  163  4.0000000000000004e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.591841  normal  0.94341 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1524  cobalamin synthesis protein P47K  31.82 
 
 		 319 aa  162  6e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1833  cobalamin synthesis protein  30.49 
 
 		 319 aa  161  1e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3384  cobalamin synthesis protein P47K  31.04 
 
 		 360 aa  162  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.162909  normal  0.200467 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2056  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  30.37 
 
 		 316 aa  161  2e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0389  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  34.01 
 
 		 358 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>