More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E4878 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_04218  predicted GTPase  99.06 
 
 
318 aa  652    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3645  cobalamin synthesis protein P47K  98.43 
 
 
318 aa  649    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04184  hypothetical protein  99.06 
 
 
318 aa  652    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3714  putative GTP-binding protein YjiA  99.06 
 
 
318 aa  652    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5864  putative GTP-binding protein YjiA  99.06 
 
 
318 aa  652    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4944  putative GTP-binding protein YjiA  99.06 
 
 
318 aa  652    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4878  putative GTP-binding protein YjiA  100 
 
 
318 aa  655    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4572  putative GTP-binding protein YjiA  99.69 
 
 
318 aa  655    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4892  putative GTP-binding protein YjiA  99.06 
 
 
318 aa  652    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4936  putative GTP-binding protein YjiA  90.88 
 
 
318 aa  588  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.518194  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4943  putative GTP-binding protein YjiA  90.88 
 
 
318 aa  588  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.715992 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4884  putative GTP-binding protein YjiA  91.19 
 
 
318 aa  588  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4783  putative GTP-binding protein YjiA  90.88 
 
 
318 aa  588  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.120567  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4857  putative GTP-binding protein YjiA  90.25 
 
 
318 aa  582  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0509  putative GTP-binding protein YjiA  90.22 
 
 
317 aa  573  1.0000000000000001e-163  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0635943 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1091  putative GTP-binding protein YjiA  67.41 
 
 
328 aa  448  1e-125  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.214102  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3224  putative GTP-binding protein YjiA  67.62 
 
 
328 aa  448  1e-125  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0778191  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0580  putative GTP-binding protein YjiA  69.59 
 
 
320 aa  439  9.999999999999999e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0960  putative GTP-binding protein YjiA  64.56 
 
 
320 aa  418  1e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0962  putative GTP-binding protein YjiA  64.98 
 
 
322 aa  419  1e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.177818  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4881  cobalamin synthesis protein/P47K  54.55 
 
 
323 aa  331  8e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5244  hypothetical protein  53.77 
 
 
334 aa  325  5e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536165  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4501  cobalamin synthesis protein, P47K  53.27 
 
 
325 aa  324  1e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.687731 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0800  cobalamin synthesis protein P47K  53.58 
 
 
325 aa  323  2e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60920  hypothetical protein  53.46 
 
 
334 aa  322  6e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4639  CobW/P47K family protein  52.81 
 
 
323 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4636  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  51.71 
 
 
325 aa  318  7e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4633  cobalamin synthesis protein P47K  52.63 
 
 
325 aa  318  7e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371646  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4271  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis protein/P47K  51.1 
 
 
325 aa  317  2e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.47943  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40980  Cobalamin synthesis protein  51.26 
 
 
323 aa  311  1e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0127  cobalamin synthesis protein P47K  42.02 
 
 
363 aa  263  3e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.150599 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2015  cobalamin synthesis protein, P47K  40.51 
 
 
353 aa  257  2e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0163  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis CobW, C-terminal  41.74 
 
 
357 aa  256  3e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0291  cobalamin synthesis protein P47K  42.68 
 
 
328 aa  256  5e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3380  cobalamin synthesis protein P47K  41.79 
 
 
359 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0047  hypothetical protein  41.43 
 
 
362 aa  251  1e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1732  cobalamin synthesis protein P47K  39.83 
 
 
352 aa  249  4e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3703  cobalamin synthesis protein P47K  40.57 
 
 
362 aa  246  4e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.847645 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1188  cobalamin synthesis protein P47K  42.47 
 
 
339 aa  246  4e-64  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0038044  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4377  hypothetical protein  38.98 
 
 
363 aa  238  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0345  cobalamin synthesis protein P47K  38.81 
 
 
362 aa  236  4e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.593082 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0072  cobalamin synthesis protein P47K  39.32 
 
 
362 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0807  cobalamin synthesis protein, P47K  39.26 
 
 
359 aa  233  3e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.591841  normal  0.94341 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3429  cobalamin synthesis protein, P47K  39.77 
 
 
350 aa  233  4.0000000000000004e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal  0.828912 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0904  cobalamin synthesis protein P47K  39.53 
 
 
349 aa  232  5e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3834  cobalamin synthesis protein P47K  39.33 
 
 
343 aa  231  1e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.739189 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3084  cobalamin synthesis protein P47K  38.62 
 
 
359 aa  229  4e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0517303 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2998  cobalamin synthesis protein P47K  38.73 
 
 
387 aa  229  5e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.249675 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3089  cobalamin synthesis protein, P47K  38.4 
 
 
393 aa  229  7e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.356771  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3386  hypothetical protein  39.17 
 
 
347 aa  228  9e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.414408 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3135  cobalamin synthesis protein, P47K  38.62 
 
 
388 aa  228  9e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.470512  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6439  cobalamin synthesis protein/P47K  38.62 
 
 
359 aa  228  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2475  cobalamin synthesis protein, P47K  38.11 
 
 
393 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.557967  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0168  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  39.48 
 
 
357 aa  225  6e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.562494  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3439  cobalamin synthesis protein, P47K  38.24 
 
 
351 aa  225  7e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.745732  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1063  cobalamin synthesis protein, P47K  39.18 
 
 
352 aa  224  2e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.941707 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3430  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  39.08 
 
 
358 aa  223  3e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3256  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  39.08 
 
 
358 aa  223  3e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.162964  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0389  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  39.08 
 
 
358 aa  223  3e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0205  CobW/P47K family protein  39.08 
 
 
358 aa  223  3e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.812377  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0193  CobW/P47K family protein  39.08 
 
 
358 aa  223  3e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.294373  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2171  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  39.08 
 
 
358 aa  223  3e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.338794  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2918  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  39.08 
 
 
358 aa  223  3e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0872325  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2056  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  39.75 
 
 
316 aa  222  6e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1833  cobalamin synthesis protein  39.43 
 
 
319 aa  222  8e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1879  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  39.43 
 
 
319 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2021  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  39.43 
 
 
316 aa  220  3e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.53794  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2134  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  39.62 
 
 
316 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1524  cobalamin synthesis protein P47K  38.54 
 
 
319 aa  219  5e-56  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2101  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  39.62 
 
 
316 aa  219  6e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1849  cobalamin synthesis protein  39.12 
 
 
316 aa  219  6e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.443827  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4556  cobalamin synthesis protein, P47K  38.44 
 
 
356 aa  219  7e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3684  cobalamin synthesis protein, P47K  37.99 
 
 
369 aa  218  8.999999999999998e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3286  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  38.49 
 
 
316 aa  218  1e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1456  cobalamin synthesis protein P47K  37.57 
 
 
384 aa  218  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2023  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  38.49 
 
 
316 aa  216  4e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1883  cobalamin synthesis protein P47K  40.2 
 
 
316 aa  216  4e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.327033  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0888  cobalamin synthesis protein P47K  40.99 
 
 
323 aa  209  5e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.908618 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0862  cobalamin synthesis protein P47K  40.99 
 
 
323 aa  209  5e-53  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0285  cobalamin synthesis protein/P47K  39.32 
 
 
323 aa  207  2e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.980872  normal  0.42321 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5187  cobalamin synthesis protein P47K  39.08 
 
 
323 aa  205  8e-52  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.491695  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1909  cobalamin synthesis protein P47K  38.58 
 
 
323 aa  204  2e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3189  cobalamin synthesis protein P47K  38.72 
 
 
323 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0646926 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0196  cobalamin synthesis protein P47K  34.75 
 
 
364 aa  199  5e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.174465  normal  0.775043 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3078  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis CobW, C-terminal  34.41 
 
 
360 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.361866  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3106  cobalamin synthesis protein P47K  49.25 
 
 
395 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.405952 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2994  cobalamin synthesis protein P47K  50 
 
 
372 aa  196  4.0000000000000005e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0756  cobalamin synthesis protein, CobW  33.71 
 
 
353 aa  194  1e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40657  predicted protein  37.2 
 
 
404 aa  195  1e-48  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.15891  normal  0.0463328 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0611  cobalamin synthesis protein P47K  37.29 
 
 
332 aa  194  2e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.71741  normal  0.0611069 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4556  cobalamin synthesis protein, P47K  34.78 
 
 
347 aa  193  4e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.107913  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4562  cobalamin synthesis protein P47K  35.31 
 
 
320 aa  192  5e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00110113 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3468  cobalamin synthesis protein, P47K  33.71 
 
 
355 aa  192  7e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.246587  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4002  cobalamin synthesis protein P47K  35.6 
 
 
346 aa  191  1e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.242709  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4831  cobalamin synthesis protein, P47K  34.3 
 
 
350 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.293757  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2276  putative CobW protein involved in cobalamin synthesis  36.59 
 
 
326 aa  191  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0913619  normal  0.150937 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_29990  predicted protein  37.69 
 
 
339 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.120572  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3432  cobalamin synthesis protein/P47K  35.24 
 
 
347 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.432548  normal  0.426246 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1731  cobalamin synthesis protein P47K  35.71 
 
 
329 aa  189  8e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.425021 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1778  cobalamin synthesis protein P47K  35.09 
 
 
328 aa  188  1e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.468449  normal  0.647209 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>