66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1171 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1171  hypothetical protein  100 
 
 		 190 aa  383  1e-106  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1319  OmpA/MotB domain-containing protein  37.09 
 
 		 376 aa  91.7  6e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000538127  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2253  OmpA/MotB domain protein  33.51 
 
 		 373 aa  90.1  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.133607  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1882  OmpA/MotB  30.81 
 
 		 387 aa  75.5  0.0000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0874277  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000691  putative outer membrane protein  27.69 
 
 		 204 aa  70.9  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1112  OmpA/MotB domain-containing protein  26.94 
 
 		 369 aa  69.7  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00190106  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3244  OmpA/MotB domain protein  26.94 
 
 		 369 aa  69.7  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0107614  hitchhiker  0.00411399 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1050  OmpA/MotB domain-containing protein  27.18 
 
 		 366 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0116313  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3545  OmpA family protein  27.32 
 
 		 370 aa  68.6  0.00000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3146  OmpA/MotB domain-containing protein  28.32 
 
 		 373 aa  68.2  0.00000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000812337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1879  OmpA domain-containing protein  29.29 
 
 		 200 aa  67  0.0000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2966  OmpA/MotB domain-containing protein  27.75 
 
 		 372 aa  65.5  0.0000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00146812  normal  0.498764 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3048  OmpA/MotB domain-containing protein  27.75 
 
 		 372 aa  65.1  0.0000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00212901  normal  0.16507 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2899  OmpA/MotB domain-containing protein  27.22 
 
 		 376 aa  64.7  0.0000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2732  OmpA/MotB  29.41 
 
 		 373 aa  63.2  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.262387  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1146  OmpA/MotB domain-containing protein  25.51 
 
 		 369 aa  60.8  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00262556  normal  0.603197 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1045  OmpA/MotB domain-containing protein  25.51 
 
 		 363 aa  60.8  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000183072  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1281  OmpA/MotB domain-containing protein  28.25 
 
 		 367 aa  59.7  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000128179  normal  0.0324976 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1090  OmpA/MotB domain-containing protein  27.27 
 
 		 367 aa  58.5  0.00000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000322286  normal  0.0373781 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2541  OmpA domain-containing protein  30.3 
 
 		 196 aa  56.2  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.480511 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4513  OmpA domain-containing protein  27.5 
 
 		 341 aa  55.5  0.0000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17802  normal  0.652887 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2542  outer membrane protein A  28.08 
 
 		 357 aa  53.9  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  9.37616e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003546  hypothetical protein  29.01 
 
 		 171 aa  54.3  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2367  OmpA domain-containing protein  25.38 
 
 		 193 aa  54.3  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0117742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2733  OmpA/MotB  26.63 
 
 		 377 aa  54.3  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0140281  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1819  outer membrane protein A  26.32 
 
 		 367 aa  54.3  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00533384  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0914  OmpA/MotB  28.57 
 
 		 368 aa  53.5  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.412467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2709  OmpA-like transmembrane region  31.74 
 
 		 200 aa  53.1  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.103983  normal  0.0521155 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2453  OmpA-like transmembrane region  26.02 
 
 		 179 aa  52.8  0.000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.19486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01273  hypothetical protein  28.35 
 
 		 318 aa  52.4  0.000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2630  outer membrane protein A  29.1 
 
 		 353 aa  52.4  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000088038  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3199  outer membrane protein A  29.1 
 
 		 353 aa  52.4  0.000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.0000000000381188  hitchhiker  0.00427506 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1075  OmpA/MotB domain-containing protein  24.85 
 
 		 365 aa  51.6  0.000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004183  outer membrane protein A precursor  27.98 
 
 		 320 aa  51.6  0.000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2698  outer membrane protein A  27.61 
 
 		 354 aa  50.8  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.00000118487  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000755  outer membrane protein A precursor  30.06 
 
 		 326 aa  50.8  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000475354  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0701  OmpA/MotB domain-containing protein  23.81 
 
 		 369 aa  50.4  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2059  OmpA-like transmembrane region  30.94 
 
 		 200 aa  50.4  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.329594  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1701  outer membrane protein, OmpA family  27.27 
 
 		 355 aa  50.1  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.908317  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02499  hypothetical protein  27.16 
 
 		 171 aa  50.1  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1028  outer membrane protein A  27.01 
 
 		 371 aa  49.7  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000286695  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1133  outer membrane protein A  27.41 
 
 		 369 aa  49.7  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000533703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1805  outer membrane protein OmpA  26.94 
 
 		 321 aa  49.3  0.00003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2858  outer membrane protein A  25.74 
 
 		 361 aa  49.3  0.00004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000165079  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1071  outer membrane protein A  27.41 
 
 		 350 aa  49.3  0.00004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000033965  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2129  OmpA family protein  28.31 
 
 		 213 aa  48.9  0.00005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.424056 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1145  outer membrane protein A  26.67 
 
 		 369 aa  48.5  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00470585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1469  outer membrane protein A  25.37 
 
 		 351 aa  48.5  0.00006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000845833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1111  outer membrane protein A  26.67 
 
 		 358 aa  48.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000109909  hitchhiker  0.00334653 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1179  outer membrane protein A  26.67 
 
 		 358 aa  48.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000188951  normal  0.637141 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2163  outer membrane protein A  26.67 
 
 		 358 aa  48.1  0.00008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195857  normal  0.269234 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2639  outer membrane protein A  26.87 
 
 		 365 aa  47.8  0.00009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000698773  unclonable  0.0000000277772 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2686  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  26.87 
 
 		 346 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.00000000000000993272  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00968  hypothetical protein  26.87 
 
 		 346 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000788885  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1121  outer membrane protein A  26.87 
 
 		 354 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116879  normal  0.89417 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2359  outer membrane protein A  26.87 
 
 		 346 aa  47.8  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000000044176  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0456  OmpA domain-containing protein  25.25 
 
 		 346 aa  47.4  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1066  outer membrane protein A  26.87 
 
 		 346 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  6.14063e-21  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00961  outer membrane protein A (3a;II*;G;d)  26.87 
 
 		 346 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000050212  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1754  outer membrane protein A  28.57 
 
 		 358 aa  46.6  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000540093  decreased coverage  0.000000507763 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0254  hypothetical protein  29.24 
 
 		 191 aa  46.6  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.941246  normal  0.425073 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2368  OmpA domain-containing protein  25.76 
 
 		 192 aa  45.8  0.0004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.175776  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1858  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  28.66 
 
 		 210 aa  45.8  0.0004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00635914  normal  0.135318 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1684  OmpA domain-containing protein  24.63 
 
 		 184 aa  45.4  0.0005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.328252  normal  0.145136 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1209  outer membrane protein A  26.32 
 
 		 355 aa  44.7  0.0009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000342607  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000499  outer membrane protein A precursor  24.22 
 
 		 330 aa  42.7  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000000410155  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>