More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0230 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0230  two-component system sensor ATPase  100 
 
 		 358 aa  701    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.779882 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0037  histidine kinase internal region  49.55 
 
 		 340 aa  291  1e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3680  histidine kinase internal region  42.47 
 
 		 341 aa  225  9e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1434  histidine kinase internal region  40.56 
 
 		 369 aa  204  2e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.675991  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0032  sensory transduction protein kinase AlgZ  38.9 
 
 		 364 aa  179  5.999999999999999e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1362  histidine kinase internal region  36.83 
 
 		 366 aa  173  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.186679  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3090  histidine kinase internal region  38.46 
 
 		 349 aa  168  1e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1112  putative two-component system sensor protein  38.8 
 
 		 318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0563295  normal  0.307234 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3669  sensory transduction protein kinase AlgZ  37.5 
 
 		 343 aa  161  1e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00147493  normal  0.157843 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2672  sensory transduction protein kinase AlgZ  34.83 
 
 		 346 aa  160  2e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000156498 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2665  histidine kinase internal region  46.31 
 
 		 355 aa  159  5e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.662272  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3313  histidine kinase internal region  46.53 
 
 		 355 aa  159  5e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.569837  normal  0.103131 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5317  histidine kinase internal region  35.33 
 
 		 364 aa  158  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.500348  normal  0.455673 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0489  histidine kinase internal region  33.24 
 
 		 372 aa  157  2e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1711  histidine kinase internal protein  38.56 
 
 		 347 aa  155  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.462992  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69480  alginate biosynthesis protein AlgZ/FimS  42.16 
 
 		 358 aa  150  5e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.168313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6008  alginate biosynthesis protein AlgZ/FimS  42.16 
 
 		 358 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3671  histidine kinase internal region  37.84 
 
 		 352 aa  147  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1948  histidine kinase internal region  35.88 
 
 		 354 aa  147  4.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.78828  hitchhiker  0.00774821 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0278  sensory transduction protein kinase AlgZ  41.54 
 
 		 360 aa  145  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1353  histidine kinase internal region  43.94 
 
 		 384 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.167552 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2150  signal transduction histidine kinase, LytS  43.32 
 
 		 367 aa  143  4e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000713054  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3097  histidine kinase internal region  45.65 
 
 		 372 aa  143  5e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04139  two-component system sensor protein  38.56 
 
 		 350 aa  143  6e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.821661  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1260  two-component system, sensor protein  37.87 
 
 		 332 aa  142  9.999999999999999e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3532  histidine kinase internal region  41.43 
 
 		 338 aa  141  1.9999999999999998e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.928574  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0126  alginate biosynthesis protein AlgZ/FimS  34.78 
 
 		 360 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1227  histidine kinase internal region  37.45 
 
 		 341 aa  138  2e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0064  histidine kinase internal region  34.42 
 
 		 360 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1351  putative transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  41.9 
 
 		 414 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1289  histidine kinase  38.99 
 
 		 420 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.847717  normal  0.228137 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1226  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  42.39 
 
 		 422 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.789837  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07025  histidine kinase  38.04 
 
 		 340 aa  124  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3488  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.5 
 
 		 357 aa  124  3e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10410  signal transduction histidine kinase, LytS  36.05 
 
 		 578 aa  123  6e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000014237  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4800  signal transduction histidine kinase, LytS  41.11 
 
 		 374 aa  122  8e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.670817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2442  signal transduction histidine kinase, LytS  38.92 
 
 		 367 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4032  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.02 
 
 		 446 aa  120  3e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0162124  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2398  signal transduction histidine kinase, LytS  33.94 
 
 		 568 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3001  DEAD/DEAH box helicase-like  31.28 
 
 		 370 aa  118  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000271978 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000975  autolysin sensor kinase  30.43 
 
 		 342 aa  118  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.948194  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1861  signal transduction histidine kinase, LytS  37.02 
 
 		 389 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.923195  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0014  signal transduction histidine kinase, LytS  35.71 
 
 		 346 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.292227 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3593  signal transduction histidine kinase, LytS  36.06 
 
 		 491 aa  117  3.9999999999999997e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0532594 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3160  histidine kinase internal region  33.65 
 
 		 350 aa  115  7.999999999999999e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6587  signal transduction histidine kinase, LytS  28.22 
 
 		 352 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.423236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2698  histidine kinase internal region  41.43 
 
 		 576 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3732  putative regulator of cell autolysis-like  33.78 
 
 		 726 aa  114  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.55783  normal  0.877346 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1339  signal transduction histidine kinase, LytS  34.57 
 
 		 426 aa  112  9e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2330  signal transduction histidine kinase, LytS  35.81 
 
 		 362 aa  112  9e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0802688  hitchhiker  0.00786489 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1762  signal transduction histidine kinase, LytS  34.95 
 
 		 465 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.513767  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3543  signal transduction histidine kinase, LytS  31.82 
 
 		 403 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00838652  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0054  signal transduction histidine kinase, LytS  34.36 
 
 		 557 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0058  signal transduction histidine kinase, LytS  34.36 
 
 		 557 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0059  signal transduction histidine kinase, LytS  34.36 
 
 		 557 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.996795  hitchhiker  0.000632462 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1005  signal transduction histidine kinase, LytS  34.87 
 
 		 390 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000807756  normal  0.310499 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4300  signal transduction histidine kinase, LytS  34.36 
 
 		 557 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0131803  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0056  signal transduction histidine kinase, LytS  34.03 
 
 		 557 aa  110  5e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0698199  decreased coverage  0.000000126428 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0054  signal transduction histidine kinase, LytS  34.03 
 
 		 557 aa  110  5e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0736236  hitchhiker  0.000664675 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4385  signal transduction histidine kinase, LytS  38.03 
 
 		 482 aa  109  7.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3342  signal transduction histidine kinase, LytS  33.52 
 
 		 556 aa  109  7.000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.891854 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0899  signal transduction histidine kinase, LytS  37.41 
 
 		 572 aa  108  1e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.144133  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0705  signal transduction histidine kinase, LytS  35.89 
 
 		 393 aa  108  1e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.967481  normal  0.432881 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2358  signal transduction histidine kinase, LytS  35.29 
 
 		 566 aa  108  2e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.551334  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0245  signal transduction histidine kinase, LytS  31.65 
 
 		 584 aa  107  3e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0251  5TM Receptors of the LytS-YhcK type transmembrane region  31.65 
 
 		 584 aa  107  3e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01917  sensor histidine kinase  34.33 
 
 		 357 aa  107  3e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.271746  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00390  putative regulator of cell autolysis  35.45 
 
 		 431 aa  107  4e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.848872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2919  signal transduction histidine kinase, LytS  34.41 
 
 		 565 aa  107  4e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.125544 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1567  signal transduction histidine kinase, LytS  37.57 
 
 		 1016 aa  106  6e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0336431  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2444  signal transduction histidine kinase, LytS  34.59 
 
 		 566 aa  106  8e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.221441  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1225  signal transduction histidine kinase, LytS  41.43 
 
 		 603 aa  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.247489 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0115  signal transduction histidine kinase, LytS  34.75 
 
 		 552 aa  105  1e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.368367  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02290  predicted sensory kinase in two-component system with YpdB  31.72 
 
 		 565 aa  104  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1277  signal transduction histidine kinase, LytS  31.72 
 
 		 565 aa  104  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1966  sensor histidine kinase  38.27 
 
 		 389 aa  105  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3612  sensor histidine kinase  31.72 
 
 		 559 aa  104  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.857731 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2171  ATP-binding region, ATPase-like  32.97 
 
 		 455 aa  104  2e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000346246  normal  0.0306612 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2532  sensor histidine kinase  31.72 
 
 		 559 aa  104  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2670  sensor histidine kinase  31.72 
 
 		 559 aa  104  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2517  sensor histidine kinase  31.72 
 
 		 559 aa  104  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1289  signal transduction histidine kinase, LytS  31.72 
 
 		 559 aa  104  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02251  hypothetical protein  31.72 
 
 		 565 aa  104  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2114  histidine kinase  31.67 
 
 		 607 aa  103  3e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.156393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0386  hypothetical protein  39.24 
 
 		 359 aa  104  3e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3837  periplasmic senrsor signal transduction histidine kinase  31.55 
 
 		 384 aa  103  4e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2749  sensor histidine kinase  31.18 
 
 		 559 aa  103  5e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2170  signal transduction histidine kinase, LytS  34.83 
 
 		 581 aa  103  5e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.041747  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5566  sensor histidine kinase LytS  33.65 
 
 		 589 aa  103  5e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1152  signal transduction histidine kinase, LytS  35 
 
 		 394 aa  102  7e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5383  sensor histidine kinase LytS  32.27 
 
 		 522 aa  102  7e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.498572  normal  0.326696 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1319  membrane receptor, histidine kinase  36.57 
 
 		 560 aa  102  8e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5574  sensor histidine kinase LytS  33.65 
 
 		 589 aa  102  9e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0419  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.09 
 
 		 394 aa  102  9e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.287755  normal  0.0120323 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5622  sensor histidine kinase LytS  33.65 
 
 		 589 aa  102  9e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5296  sensor histidine kinase LytS  33.18 
 
 		 589 aa  102  1e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5138  sensor histidine kinase  33.18 
 
 		 589 aa  102  1e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5692  sensor histidine kinase LytS  33.18 
 
 		 589 aa  102  1e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0375  signal transduction histidine kinase, LytS  30.56 
 
 		 346 aa  102  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2386  signal transduction histidine kinase, LytS  32.38 
 
 		 360 aa  102  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>