210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2531 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2531  coproporphyrinogen III oxidase  100 
 
 		 300 aa  620  1e-176  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3848  coproporphyrinogen III oxidase  76.98 
 
 		 292 aa  462  1e-129  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0674  coproporphyrinogen III oxidase  75.93 
 
 		 297 aa  457  9.999999999999999e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2337  coproporphyrinogen III oxidase  73.72 
 
 		 291 aa  442  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.164246 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0682  coproporphyrinogen III oxidase  73.04 
 
 		 291 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0548  coproporphyrinogen III oxidase  72.35 
 
 		 291 aa  423  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1752  coproporphyrinogen III oxidase  67.69 
 
 		 286 aa  395  1e-109  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0768431  normal  0.108805 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2240  coproporphyrinogen III oxidase  54.05 
 
 		 304 aa  298  1e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.181677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0699  coproporphyrinogen III oxidase  50.83 
 
 		 290 aa  280  2e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.127965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3246  coproporphyrinogen III oxidase  50 
 
 		 295 aa  275  9e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.630237  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0279  coproporphyrinogen III oxidase  50.51 
 
 		 300 aa  269  5e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0734  coproporphyrinogen III oxidase  48.98 
 
 		 318 aa  266  4e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.518161 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2621  coproporphyrinogen III oxidase  49.66 
 
 		 300 aa  265  5.999999999999999e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.975549 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2944  coproporphyrinogen III oxidase  50.68 
 
 		 307 aa  264  2e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2296  coproporphyrinogen III oxidase  49.67 
 
 		 295 aa  262  6e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.803269 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2954  coproporphyrinogen III oxidase  46.36 
 
 		 315 aa  260  2e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.343803  normal  0.536677 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3050  coproporphyrinogen III oxidase  48.34 
 
 		 303 aa  259  6e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.199484 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2169  coproporphyrinogen III oxidase  46.86 
 
 		 304 aa  257  2e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1549  coproporphyrinogen III oxidase  46.86 
 
 		 303 aa  257  2e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.605078  normal  0.252724 
 
 
-
 
NC_004310  BR1550  coproporphyrinogen III oxidase  47.04 
 
 		 303 aa  255  7e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.203239  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2786  coproporphyrinogen III oxidase  47.37 
 
 		 303 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.893641  normal  0.534406 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3221  coproporphyrinogen III oxidase  49.33 
 
 		 304 aa  254  1.0000000000000001e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.256547  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1616  coproporphyrinogen III oxidase  46.38 
 
 		 304 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.978036  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1498  coproporphyrinogen III oxidase  46.38 
 
 		 303 aa  250  2e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0647  coproporphyrinogen III oxidase  46.8 
 
 		 307 aa  247  1e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.425021 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2536  coproporphyrinogen III oxidase  49.16 
 
 		 287 aa  244  9.999999999999999e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.60563  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0684  coproporphyrinogen III oxidase  46.46 
 
 		 307 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.092351 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6063  coproporphyrinogen III oxidase  45.42 
 
 		 299 aa  242  6e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.32246 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0673  coproporphyrinogen III oxidase  46.13 
 
 		 307 aa  242  6e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.496843 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4671  coproporphyrinogen III oxidase  45.7 
 
 		 310 aa  240  2e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.370983 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1347  coproporphyrinogen III oxidase  55.07 
 
 		 286 aa  232  5e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.280799  normal  0.025775 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0454  coproporphyrinogen III oxidase  44.37 
 
 		 306 aa  232  6e-60  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0060  coproporphyrinogen III oxidase  46.03 
 
 		 301 aa  232  7.000000000000001e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.889116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1398  coproporphyrinogen III oxidase  50.17 
 
 		 286 aa  231  1e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.682731  normal  0.262285 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2685  Coproporphyrinogen oxidase  43.06 
 
 		 305 aa  226  3e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0507108  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0591  coproporphyrinogen III oxidase  39.32 
 
 		 284 aa  226  4e-58  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.463475  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2620  Coproporphyrinogen oxidase  38.58 
 
 		 348 aa  225  6e-58  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.528464  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0446  coproporphyrinogen III oxidase  37.88 
 
 		 282 aa  224  1e-57  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0752426  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4240  coproporphyrinogen III oxidase  42.57 
 
 		 323 aa  224  2e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.723108  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0982  coproporphyrinogen III oxidase  47.28 
 
 		 307 aa  223  3e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0313583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2334  coproporphyrinogen III oxidase  46.86 
 
 		 306 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.193122  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2213  coproporphyrinogen III oxidase  46.86 
 
 		 306 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6599  coproporphyrinogen III oxidase  43.73 
 
 		 299 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.173551  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3053  coproporphyrinogen III oxidase  38.27 
 
 		 344 aa  221  9.999999999999999e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.375519 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0038  coproporphyrinogen III oxidase  41.87 
 
 		 304 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.381478  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1684  coproporphyrinogen III oxidase  46.44 
 
 		 323 aa  219  3e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.254442  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2296  coproporphyrinogen III oxidase  46.44 
 
 		 323 aa  219  3e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.643346  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3729  coproporphyrinogen III oxidase  41.08 
 
 		 303 aa  220  3e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.186137  hitchhiker  0.00821912 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4581  coproporphyrinogen III oxidase  39.18 
 
 		 347 aa  219  3.9999999999999997e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2319  coproporphyrinogen III oxidase  46.86 
 
 		 307 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.936275 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4996  coproporphyrinogen III oxidase  38.29 
 
 		 347 aa  219  5e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000411147  normal  0.314593 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5623  coproporphyrinogen III oxidase  46.03 
 
 		 307 aa  218  1e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3764  coproporphyrinogen III oxidase  41.2 
 
 		 310 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.323401  hitchhiker  0.00503136 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1299  coproporphyrinogen III oxidase  46.03 
 
 		 307 aa  217  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0514179 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1730  coproporphyrinogen III oxidase  46.89 
 
 		 307 aa  217  2e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.918171 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0042  coproporphyrinogen III oxidase  39.46 
 
 		 306 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0059194  normal  0.559288 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0038  coproporphyrinogen III oxidase  39.8 
 
 		 302 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.893663  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0033  coproporphyrinogen III oxidase  39.8 
 
 		 302 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3804  coproporphyrinogen III oxidase  42.36 
 
 		 298 aa  216  4e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.154629 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00028  coproporphyrinogen III oxidase  39.87 
 
 		 310 aa  216  4e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.14394  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1970  coproporphyrinogen III oxidase  45.68 
 
 		 308 aa  216  5e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3261  coproporphyrinogen III oxidase  45.19 
 
 		 307 aa  215  7e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.77176  normal  0.974311 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0037  coproporphyrinogen III oxidase  39.8 
 
 		 302 aa  215  8e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000149114 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0035  coproporphyrinogen III oxidase  40.97 
 
 		 302 aa  215  8e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.132201  hitchhiker  0.00964681 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0033  coproporphyrinogen III oxidase  40.97 
 
 		 302 aa  215  8e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.011595 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0116  coproporphyrinogen III oxidase  42.35 
 
 		 304 aa  215  9e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.998466  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1214  coproporphyrinogen III oxidase  44.07 
 
 		 256 aa  214  9.999999999999999e-55  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0037  coproporphyrinogen III oxidase  39.46 
 
 		 323 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.430398  hitchhiker  0.000152839 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0993  coproporphyrinogen III oxidase  44.63 
 
 		 310 aa  214  9.999999999999999e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1900  coproporphyrinogen III oxidase  41.64 
 
 		 334 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.646946  normal  0.321427 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1383  coproporphyrinogen III oxidase  43.48 
 
 		 326 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.461453  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1013  coproporphyrinogen III oxidase  45.19 
 
 		 326 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0030  coproporphyrinogen III oxidase  43.08 
 
 		 310 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.210418  n/a   
 
 
-
 
NC_009048  PICST_64368  Oxygen-repressed protein  45.2 
 
 		 323 aa  214  1.9999999999999998e-54  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.956921 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1229  coproporphyrinogen III oxidase  43.65 
 
 		 307 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1238  coproporphyrinogen III oxidase  43.65 
 
 		 307 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1225  Coproporphyrinogen oxidase  46.03 
 
 		 299 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2573  coproporphyrinogen III oxidase  46.03 
 
 		 299 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1886  coproporphyrinogen III oxidase  43.65 
 
 		 307 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.668105  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1243  coproporphyrinogen III oxidase  46.03 
 
 		 299 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0041  coproporphyrinogen III oxidase  40.62 
 
 		 302 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0219573  hitchhiker  0.00000553459 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1073  coproporphyrinogen III oxidase  43.65 
 
 		 307 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.828058  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0794  coproporphyrinogen III oxidase  43.65 
 
 		 307 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0356  coproporphyrinogen III oxidase  43.65 
 
 		 307 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.791354  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0030  coproporphyrinogen III oxidase  44.21 
 
 		 302 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.378098  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2591  coproporphyrinogen III oxidase  45.61 
 
 		 299 aa  213  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30642  predicted protein  44.03 
 
 		 368 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.00137682  normal  0.0422052 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0022  coproporphyrinogen III oxidase  43.4 
 
 		 304 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0449808  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0757  coproporphyrinogen III oxidase  44.21 
 
 		 310 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0073  coproporphyrinogen III oxidase  42.42 
 
 		 303 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.188544  hitchhiker  0.000371882 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3464  coproporphyrinogen III oxidase  45.87 
 
 		 306 aa  212  5.999999999999999e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3211  Coproporphyrinogen oxidase  45.87 
 
 		 311 aa  212  5.999999999999999e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0403  coproporphyrinogen III oxidase  40.95 
 
 		 362 aa  212  7e-54  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0775561  normal  0.510221 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2722  coproporphyrinogen III oxidase  43.18 
 
 		 299 aa  211  7.999999999999999e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02336  coproporphyrinogen III oxidase  45.61 
 
 		 299 aa  211  9e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02298  hypothetical protein  45.61 
 
 		 299 aa  211  9e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0038  coproporphyrinogen III oxidase  44.21 
 
 		 302 aa  211  1e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0092  coproporphyrinogen III oxidase  42.09 
 
 		 303 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.469648  hitchhiker  0.0000233392 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2066  coproporphyrinogen III oxidase  44.35 
 
 		 310 aa  211  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.87254  normal  0.434562 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1263  coproporphyrinogen III oxidase  42.47 
 
 		 304 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.28422  normal  0.0654459 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>