More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE1657 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE1657  transcription antitermination protein NusB  100 
 
 		 136 aa  273  6e-73  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0522  NusB antitermination factor  40.3 
 
 		 154 aa  104  4e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.518761  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1279  NusB antitermination factor  36.09 
 
 		 155 aa  99.8  1e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0274165  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2179  NusB antitermination factor  41.79 
 
 		 145 aa  95.1  3e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000219887  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1228  NusB antitermination factor  37.12 
 
 		 140 aa  94  6e-19  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1230  NusB antitermination factor  38.81 
 
 		 145 aa  92.4  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000275849 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1521  NusB antitermination factor  37.21 
 
 		 145 aa  91.7  3e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000719098  normal  0.286205 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3020  NusB antitermination factor  39.42 
 
 		 145 aa  91.3  4e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.532849  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1059  transcription antitermination protein NusB  35.77 
 
 		 142 aa  91.3  4e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1069  NusB antitermination factor  35.38 
 
 		 143 aa  91.3  4e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000269454  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1708  NusB antitermination factor  36.09 
 
 		 147 aa  91.3  4e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.12686 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1628  NusB antitermination factor  38.17 
 
 		 138 aa  90.5  6e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1053  transcription antitermination protein NusB  35.77 
 
 		 142 aa  90.1  1e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0107  transcription antitermination protein NusB  37.01 
 
 		 142 aa  89.4  1e-17  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2325  transcription antitermination protein NusB  37.69 
 
 		 133 aa  89.4  1e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000000736737  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1692  N utilization substance protein B  38.46 
 
 		 138 aa  89  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.360418  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0942  transcription antitermination protein NusB  36.64 
 
 		 130 aa  89.4  2e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0063504 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4292  transcription antitermination protein NusB  36.64 
 
 		 130 aa  89.4  2e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4202  transcription antitermination protein NusB  36.64 
 
 		 130 aa  88.2  3e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000627912 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4312  transcription antitermination protein NusB  36.64 
 
 		 130 aa  88.2  3e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08000  transcription antitermination factor NusB  35.94 
 
 		 183 aa  88.2  3e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000357479 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4255  transcription antitermination protein NusB  36.64 
 
 		 130 aa  88.6  3e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4086  transcription antitermination protein NusB  36.64 
 
 		 130 aa  88.2  3e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0398427  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3924  transcription antitermination protein NusB  36.64 
 
 		 130 aa  88.2  3e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3935  transcription antitermination protein NusB  36.64 
 
 		 130 aa  88.2  3e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0242683  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12553  transcription antitermination protein NusB  36.43 
 
 		 156 aa  88.2  3e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0342122 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4406  transcription antitermination protein NusB  36.64 
 
 		 130 aa  88.2  3e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2598  NusB antitermination factor  36.64 
 
 		 156 aa  88.2  4e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.292091  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0246  transcription antitermination protein NusB  38.76 
 
 		 130 aa  87.8  5e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3465  transcription antitermination protein NusB  38.28 
 
 		 134 aa  87  7e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2875  transcription antitermination protein NusB  36.84 
 
 		 130 aa  86.7  9e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0967797  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0579  transcription antitermination protein NusB  36.64 
 
 		 179 aa  86.3  1e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1578  transcription antitermination protein NusB  36.64 
 
 		 138 aa  86.3  1e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000076307  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3299  transcription antitermination protein NusB  37.5 
 
 		 134 aa  85.5  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000241409  decreased coverage  0.0000953408 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4034  transcription antitermination protein NusB  35.88 
 
 		 130 aa  85.9  2e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1563  NusB antitermination factor  34.85 
 
 		 149 aa  85.5  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2774  transcription antitermination protein NusB  37.5 
 
 		 134 aa  85.5  2e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000145309  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1215  transcription antitermination protein NusB  37.5 
 
 		 134 aa  85.5  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000478736  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3154  transcription antitermination protein NusB  37.5 
 
 		 134 aa  85.5  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000167856  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3156  transcription antitermination protein NusB  37.5 
 
 		 134 aa  85.5  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000155816  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1100  transcription antitermination protein NusB  37.5 
 
 		 134 aa  85.5  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000596608  normal  0.728168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1166  transcription antitermination protein NusB  37.5 
 
 		 134 aa  85.5  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00313304  normal  0.241653 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1100  transcription antitermination protein NusB  37.5 
 
 		 134 aa  85.5  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000020777  normal  0.579105 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1386  transcription antitermination protein NusB  35.94 
 
 		 134 aa  84.7  4e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000224744  unclonable  0.0000000173343 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1191  transcription antitermination protein NusB  35.11 
 
 		 134 aa  84.3  4e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000719059  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3255  NusB antitermination factor  32.85 
 
 		 142 aa  84.3  5e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.489842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0985  NusB antitermination factor  32.85 
 
 		 142 aa  84.3  5e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0784851  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0283  NusB antitermination factor  33.58 
 
 		 150 aa  84  6e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.102265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1039  transcription antitermination protein NusB  33.85 
 
 		 134 aa  84  7e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000044365  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1020  transcription antitermination protein NusB  35.94 
 
 		 134 aa  84  7e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0554704  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0058  NusB antitermination factor  34.56 
 
 		 154 aa  83.6  8e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.233824  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0847  transcription antitermination protein NusB  38.64 
 
 		 141 aa  83.6  8e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1295  NusB antitermination factor  36.72 
 
 		 143 aa  83.6  8e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0457508  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2652  transcription antitermination protein NusB  35.16 
 
 		 163 aa  83.6  8e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0417  NusB antitermination factor  36.03 
 
 		 169 aa  83.6  9e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2438  transcription antitermination factor NusB  33.59 
 
 		 154 aa  83.6  9e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.841246  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2727  NusB antitermination factor  36.5 
 
 		 143 aa  83.2  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1215  NusB antitermination factor  34.62 
 
 		 142 aa  82  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1449  transcription antitermination factor NusB  34.69 
 
 		 156 aa  82  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.393092  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4282  NusB antitermination factor  34.33 
 
 		 144 aa  82.4  0.000000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.683816 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2922  NusB antitermination factor  35.07 
 
 		 142 aa  82  0.000000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2830  NusB antitermination factor  35.07 
 
 		 142 aa  82  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0145632  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2738  NusB antitermination factor  35.07 
 
 		 142 aa  82  0.000000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0276393  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0505  NusB antitermination factor  35.56 
 
 		 171 aa  82  0.000000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.615101  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11450  transcription antitermination protein NusB  35.11 
 
 		 159 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0546593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1049  transcription antitermination protein NusB  35.11 
 
 		 159 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0502  NusB antitermination factor  36.03 
 
 		 165 aa  81.3  0.000000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2075  NusB antitermination factor  31.62 
 
 		 154 aa  80.5  0.000000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.248305  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1277  transcription antitermination protein NusB  35.16 
 
 		 134 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000199863  unclonable  0.0000000000534165 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1148  transcription antitermination protein NusB  36.15 
 
 		 133 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000166968  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2359  transcription antitermination protein NusB  44.87 
 
 		 162 aa  80.5  0.000000000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.600142  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2400  transcription antitermination protein NusB  44.87 
 
 		 162 aa  80.5  0.000000000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.199761 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2406  transcription antitermination protein NusB  44.87 
 
 		 162 aa  80.5  0.000000000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.798177  normal  0.0506261 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3751  transcription antitermination protein NusB  34.11 
 
 		 164 aa  80.5  0.000000000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.110762 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0030  NusB antitermination factor  33.83 
 
 		 165 aa  80.1  0.000000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1444  NusB antitermination factor  37.3 
 
 		 145 aa  80.5  0.000000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1532  transcription termination/antitermination factor NusB  40.16 
 
 		 138 aa  79.3  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.318402  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4458  transcription antitermination protein NusB  35.88 
 
 		 165 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1061  transcription antitermination factor NusB  28.03 
 
 		 143 aa  79.7  0.00000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000379385  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2394  NusB antitermination factor  32.12 
 
 		 145 aa  79.7  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0459  NusB antitermination factor  37.5 
 
 		 168 aa  79.7  0.00000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.730016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0564  hypothetical protein  32.31 
 
 		 134 aa  79.7  0.00000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000187667  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1089  NusB antitermination factor  30.15 
 
 		 143 aa  79  0.00000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.441067  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2438  NusB antitermination factor  32.86 
 
 		 156 aa  79.3  0.00000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1988  NusB antitermination factor  34.56 
 
 		 164 aa  79  0.00000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3853  transcription antitermination protein NusB  38.06 
 
 		 159 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5015  transcription antitermination protein NusB  37.4 
 
 		 166 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.395212 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1679  NusB antitermination factor  35.29 
 
 		 163 aa  78.6  0.00000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1315  transcription antitermination protein NusB  36.22 
 
 		 140 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1424  NusB antitermination factor  31.34 
 
 		 147 aa  78.6  0.00000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.132746  normal  0.0757739 
 
 
-
 
NC_002936  DET1278  N utilization substance protein B  28.03 
 
 		 143 aa  77.8  0.00000000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.279513  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0831  transcription antitermination protein NusB  34.88 
 
 		 144 aa  77.8  0.00000000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000197838  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0694  N utilization substance protein B  35.88 
 
 		 165 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0584  transcription antitermination protein NusB  33.86 
 
 		 159 aa  77.4  0.00000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.708112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2937  NusB antitermination factor  34.92 
 
 		 171 aa  77.8  0.00000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0096  transcription antitermination protein NusB  40.96 
 
 		 141 aa  77.8  0.00000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3504  NusB antitermination factor  31.06 
 
 		 148 aa  77.4  0.00000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000202631  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1166  transcription antitermination protein NusB  32.81 
 
 		 135 aa  77  0.00000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000379162  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1860  NusB antitermination factor  35.11 
 
 		 153 aa  76.6  0.00000000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04396  transcription antitermination protein NusB  32.2 
 
 		 156 aa  76.3  0.0000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.371265  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>