More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4557 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4557  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 		 239 aa  494  1e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.877029  hitchhiker  0.000201157 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 230 aa  90.5  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  32.95 
 
 		 229 aa  84.7  0.000000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.5 
 
 		 234 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 237 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.09 
 
 		 237 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.86 
 
 		 243 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.86 
 
 		 243 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 227 aa  78.6  0.00000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 241 aa  77.8  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  30.29 
 
 		 228 aa  75.5  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 235 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.5 
 
 		 226 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 239 aa  73.6  0.000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 235 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 235 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 239 aa  72.8  0.000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 235 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 235 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 239 aa  72.8  0.000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 235 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  29.14 
 
 		 228 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 235 aa  72  0.000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.68 
 
 		 239 aa  70.9  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.23 
 
 		 239 aa  70.5  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  24.52 
 
 		 266 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 239 aa  70.1  0.00000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0681  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 234 aa  68.2  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0670228  normal  0.546641 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0775  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 237 aa  68.2  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 241 aa  68.2  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.27 
 
 		 231 aa  67  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 227 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  24.4 
 
 		 251 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  24.4 
 
 		 251 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  24.4 
 
 		 251 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  24.4 
 
 		 251 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  24.4 
 
 		 251 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.17 
 
 		 224 aa  65.9  0.0000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3550  cAMP-regulatory protein  19.7 
 
 		 217 aa  65.5  0.0000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3784  cAMP-regulatory protein  19.7 
 
 		 210 aa  65.1  0.0000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0916512  hitchhiker  0.00483948 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0293  cAMP-regulatory protein  19.7 
 
 		 210 aa  65.1  0.0000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160804  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3663  cAMP-regulatory protein  19.7 
 
 		 210 aa  64.7  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3737  cAMP-regulatory protein  19.7 
 
 		 210 aa  64.7  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0176942 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3827  cAMP-regulatory protein  19.7 
 
 		 210 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3663  cAMP-regulatory protein  19.7 
 
 		 210 aa  64.7  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.185514  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3771  cAMP-regulatory protein  19.7 
 
 		 210 aa  64.7  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.275024  normal  0.523362 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3834  cAMP-regulatory protein  19.7 
 
 		 210 aa  64.7  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.429858  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0369  cAMP-regulatory protein  19.7 
 
 		 210 aa  64.3  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03208  DNA-binding transcriptional dual regulator  19.7 
 
 		 210 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0221065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0355  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  19.7 
 
 		 210 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000236327  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002279  cyclic AMP receptor protein  19.7 
 
 		 210 aa  63.9  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3733  cAMP-regulatory protein  19.7 
 
 		 210 aa  63.9  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3639  cAMP-regulatory protein  19.7 
 
 		 210 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269957 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0355  cAMP-regulatory protein  19.7 
 
 		 210 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0526852  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4667  cAMP-regulatory protein  19.7 
 
 		 210 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00224827  normal  0.233908 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3554  cAMP-regulatory protein  19.7 
 
 		 210 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03160  hypothetical protein  19.7 
 
 		 210 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0202429  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  22.93 
 
 		 225 aa  63.9  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0388  cAMP-regulatory protein  21.5 
 
 		 212 aa  63.9  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0189183  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  23.67 
 
 		 225 aa  63.5  0.000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2191  cAMP-regulatory protein  19.7 
 
 		 210 aa  62.8  0.000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00075  cAMP-regulatory protein  19.7 
 
 		 210 aa  62.8  0.000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.66 
 
 		 225 aa  62.8  0.000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3945  cAMP-regulatory protein  19.19 
 
 		 210 aa  62.4  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0248  cAMP-regulatory protein  19.19 
 
 		 210 aa  62.4  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3702  cAMP-regulatory protein  19.19 
 
 		 210 aa  62.4  0.000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0548  cAMP-regulatory protein  20.71 
 
 		 210 aa  62.4  0.000000006  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.549862  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3029  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 228 aa  62.4  0.000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  26.76 
 
 		 239 aa  62  0.000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4580  cAMP-regulatory protein  19.19 
 
 		 210 aa  62  0.000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0550419  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6150  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22 
 
 		 226 aa  61.6  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3853  cAMP-regulatory protein  19.19 
 
 		 210 aa  61.2  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.84 
 
 		 225 aa  61.2  0.00000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2737  cAMP-regulatory protein  19.19 
 
 		 210 aa  61.2  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 		 226 aa  61.6  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  24.34 
 
 		 231 aa  61.2  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4032  cAMP-regulatory protein  19.19 
 
 		 210 aa  61.6  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.203601  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3071  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.71 
 
 		 224 aa  60.5  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00222127  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3747  cAMP-regulatory protein  20.71 
 
 		 211 aa  60.1  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0179283  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0578  cAMP-regulatory protein  20.71 
 
 		 211 aa  60.1  0.00000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.001638  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  23.01 
 
 		 224 aa  60.5  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3690  cAMP-regulatory protein  20.71 
 
 		 211 aa  60.1  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0119951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0755  cAMP-regulatory protein  18.69 
 
 		 211 aa  60.1  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.276204 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3873  cAMP-regulatory protein  20.71 
 
 		 211 aa  60.1  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000159716  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.74 
 
 		 224 aa  60.1  0.00000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  24.47 
 
 		 239 aa  60.1  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5944  cyclic nucleotide-binding  22.77 
 
 		 228 aa  59.7  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.22 
 
 		 227 aa  59.3  0.00000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 224 aa  59.3  0.00000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 224 aa  59.3  0.00000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.36 
 
 		 225 aa  59.3  0.00000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 224 aa  59.3  0.00000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0585  cAMP-regulatory protein  18.69 
 
 		 211 aa  58.9  0.00000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000009188  normal  0.481967 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3509  cAMP-regulatory protein  20.2 
 
 		 211 aa  58.9  0.00000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000247338  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0662  cAMP-regulatory protein  20.2 
 
 		 211 aa  58.9  0.00000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000339306  hitchhiker  0.000137041 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.43 
 
 		 219 aa  58.9  0.00000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3004  cAMP-regulatory protein  18.69 
 
 		 211 aa  58.9  0.00000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000032723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3873  cAMP-regulatory protein  20.2 
 
 		 211 aa  58.9  0.00000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000105148  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0624  cAMP-regulatory protein  20.2 
 
 		 211 aa  58.9  0.00000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0652  cAMP-regulatory protein  20.2 
 
 		 211 aa  58.9  0.00000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000433673  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>