More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3902 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3902  peptide chain release factor H  100 
 
 		 218 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0189567 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2459  peptide chain release factor H  46.92 
 
 		 199 aa  182  4.0000000000000006e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.321859  normal  0.956081 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0233  peptide chain release factor-like protein  43.93 
 
 		 204 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0263  peptide chain release factor-like protein  43.93 
 
 		 204 aa  172  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0268  peptide chain release factor-like protein  43.93 
 
 		 204 aa  172  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0290  peptide chain release factor-like protein  43.93 
 
 		 204 aa  172  5e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.127156 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3597  peptide chain release factor-like protein  44.04 
 
 		 207 aa  171  6.999999999999999e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0364  peptide chain release factor-like protein  42.79 
 
 		 204 aa  167  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.429875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0349  peptide chain release factor-like protein  42.79 
 
 		 204 aa  167  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0354  peptide chain release factor-like protein  42.79 
 
 		 204 aa  167  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0345  peptide chain release factor-like protein  42.79 
 
 		 204 aa  167  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.196976  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0356  peptide chain release factor-like protein  42.33 
 
 		 204 aa  165  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000967755 
 
 
-
 
NC_003296  RS01750  peptide chain release factor-like protein  43.46 
 
 		 207 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.132154  normal  0.46874 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72200  peptide chain release factor-like protein  42.06 
 
 		 204 aa  162  3e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3439  peptide chain release factor-like protein  44.04 
 
 		 207 aa  160  1e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.3707  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4861  peptide chain release factor-like protein  39.63 
 
 		 204 aa  149  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0755731 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0332  putative peptide chain release factor  37.07 
 
 		 248 aa  145  4.0000000000000006e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0662498 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3371  peptide chain release factor H  43.33 
 
 		 178 aa  141  9e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0281  peptide chain release factor-like protein  49.32 
 
 		 166 aa  140  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.568314 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3456  peptide chain release factor-like protein  35.19 
 
 		 229 aa  140  9.999999999999999e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0652118  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00231  peptide chain release factor 2  48.65 
 
 		 166 aa  139  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00234  hypothetical protein  48.65 
 
 		 166 aa  139  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7272  peptide chain release factor-like protein  32.06 
 
 		 210 aa  123  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000014386  normal  0.97905 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0760  peptide chain release factor H  32.71 
 
 		 206 aa  115  3.9999999999999997e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0242  peptide chain release factor-like protein  31.31 
 
 		 219 aa  112  4.0000000000000004e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3282  peptide chain release factor H  33.64 
 
 		 204 aa  103  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.434629  normal  0.0508518 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2039  class I peptide chain release factor  30.48 
 
 		 202 aa  92  6e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0075  peptide chain release factor 2  28.84 
 
 		 282 aa  82.8  0.000000000000003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00578068  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1124  class I peptide chain release factor domain-containing protein  35.44 
 
 		 207 aa  80.9  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0196  peptide chain release factor 1  46.08 
 
 		 357 aa  81.3  0.00000000000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.284546  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3177  peptide chain release factor 2  31.22 
 
 		 375 aa  81.3  0.00000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.482998  normal  0.204125 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0921  peptide chain release factor 2  31.07 
 
 		 349 aa  79  0.00000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.181333  normal  0.893084 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0467  PE-PGRS family protein  36.05 
 
 		 377 aa  78.6  0.00000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1449  peptide chain release factor 2  29.94 
 
 		 359 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.768033 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1072  peptide chain release factor 2  29.94 
 
 		 357 aa  78.6  0.00000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1030  peptide chain release factor 2 protein  30.51 
 
 		 300 aa  77.8  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.235991  normal  0.771675 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2773  peptide chain release factor 2  30.3 
 
 		 355 aa  77.8  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0864  peptide chain release factor 2  39.42 
 
 		 366 aa  77.4  0.0000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0550001  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0230  peptide chain release factor 2  30.04 
 
 		 330 aa  77.8  0.0000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.413245  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1356  peptide chain release factor 2  28.96 
 
 		 369 aa  77.8  0.0000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0131185  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2570  peptide chain release factor 2  28.26 
 
 		 417 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0324776  normal  0.0245297 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0486  peptide chain release factor 2  29.83 
 
 		 349 aa  77  0.0000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.289866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1471  peptide chain release factor 2  30.39 
 
 		 349 aa  77.4  0.0000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0895  hypothetical protein  29.94 
 
 		 367 aa  76.6  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0852209 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0960  hypothetical protein  29.94 
 
 		 367 aa  77  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0655613 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1562  peptide chain release factor 2  25 
 
 		 280 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0271557  normal  0.252687 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1036  peptide chain release factor 2  29.94 
 
 		 357 aa  77.4  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.178506 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3845  peptide chain release factor 2  27.57 
 
 		 375 aa  77  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16430  peptide chain release factor 2  40.21 
 
 		 331 aa  77.4  0.0000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000953459  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2265  peptide chain release factor 2  31.94 
 
 		 321 aa  77  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.021133  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0912  peptide chain release factor 2  32.2 
 
 		 375 aa  76.6  0.0000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.779276  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09920  peptide chain release factor 1  28.1 
 
 		 361 aa  76.6  0.0000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0721  hypothetical protein  33.11 
 
 		 376 aa  76.3  0.0000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1766  peptide chain release factor 2  29.8 
 
 		 300 aa  75.9  0.0000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.015531 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1884  peptide chain release factor 2  28.81 
 
 		 459 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.344526  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1847  peptide chain release factor 2  29.8 
 
 		 300 aa  75.9  0.0000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.194461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1053  peptide chain release factor 1  41.76 
 
 		 362 aa  75.5  0.0000000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.520226  normal  0.650406 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1411  peptide chain release factor 1  41.76 
 
 		 362 aa  75.5  0.0000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.768001  normal  0.731774 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1815  peptide chain release factor 2  33.56 
 
 		 402 aa  75.5  0.0000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0233065 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0144  peptide chain release factor 1  47.62 
 
 		 363 aa  75.5  0.0000000000007  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.372762  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0838  peptide chain release factor 2  35.11 
 
 		 325 aa  75.1  0.0000000000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.725639 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2533  peptide chain release factor 2  27.27 
 
 		 375 aa  75.1  0.0000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.123616 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3265  peptide chain release factor 2  30.26 
 
 		 386 aa  75.1  0.0000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.337928  hitchhiker  0.000000190914 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2135  peptide chain release factor 2  26.44 
 
 		 391 aa  75.1  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.215067 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2314  peptide chain release factor 2  28.9 
 
 		 375 aa  75.1  0.0000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00391464  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1216  peptide chain release factor 2  39.32 
 
 		 347 aa  75.1  0.0000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000777998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5960  peptide chain release factor 2  26.44 
 
 		 391 aa  75.1  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3194  hypothetical protein  41.84 
 
 		 367 aa  75.1  0.0000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16510  putative peptide chain release factor 2  35.11 
 
 		 332 aa  75.1  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2117  peptide chain release factor 2  26.44 
 
 		 391 aa  75.1  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.223622  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1153  peptide chain release factor 2  26.44 
 
 		 248 aa  74.7  0.0000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.449488  normal  0.0907567 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2027  peptide chain release factor 2  26.44 
 
 		 248 aa  75.1  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1500  hypothetical protein  34.35 
 
 		 293 aa  74.7  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2575  peptide chain release factor 2  26.03 
 
 		 367 aa  74.7  0.0000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.677402  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3970  peptide chain release factor 2  32.65 
 
 		 366 aa  73.9  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000632573  unclonable  0.000000000161468 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0980  peptide chain release factor 1  28.37 
 
 		 356 aa  73.9  0.000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000659041  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0804  peptide chain release factor 2  31.29 
 
 		 376 aa  74.3  0.000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2278  peptide chain release factor 2  35.04 
 
 		 372 aa  74.7  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0421  peptide chain release factor 2  29.1 
 
 		 371 aa  74.3  0.000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3112  peptide chain release factor 2  29.94 
 
 		 248 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.826864  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1699  peptide chain release factor 2  29.94 
 
 		 367 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.822154  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1762  peptide chain release factor 2  29.09 
 
 		 369 aa  74.3  0.000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.602525  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1310  peptide chain release factor 2  34.35 
 
 		 329 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.496606  hitchhiker  0.00990577 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2722  peptide chain release factor 2, programmed frameshift  29.94 
 
 		 248 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1059  peptide chain release factor 2  35.11 
 
 		 280 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.304083  normal  0.661851 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5423  peptide chain release factor 2  26.44 
 
 		 391 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1786  peptide chain release factor 2  35.04 
 
 		 317 aa  74.3  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000314162  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3275  peptide chain release factor 2  37.4 
 
 		 322 aa  74.3  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.314712  normal  0.99195 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2644  peptide chain release factor 2  29.94 
 
 		 367 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0730498  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2428  peptide chain release factor 2  32.6 
 
 		 362 aa  74.7  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2138  peptide chain release factor 2  32.6 
 
 		 364 aa  74.3  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2206  peptide chain release factor 2, programmed  29.94 
 
 		 248 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2154  peptide chain release factor 2  29.94 
 
 		 406 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0694962  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1479  peptide chain release factor 2, programmed  29.94 
 
 		 248 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1437  peptide chain release factor 2  35.11 
 
 		 382 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.33798  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2590  peptide chain release factor 2, programmed  29.94 
 
 		 367 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2216  peptide chain release factor 2 (bRF-2)  43.48 
 
 		 344 aa  73.6  0.000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00549966  hitchhiker  0.00000471368 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0705  peptide chain release factor 2, programmed frameshift  32.93 
 
 		 366 aa  73.6  0.000000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3791  hypothetical protein  29.8 
 
 		 367 aa  73.9  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.914403  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1069  peptide chain release factor 2  31.19 
 
 		 347 aa  73.6  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.624401 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>