56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3425 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3425  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 276 aa  571  1.0000000000000001e-162  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3278  hypothetical protein  54.14 
 
 		 274 aa  298  7e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0154434  hitchhiker  0.000533264 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3432  hypothetical protein  50 
 
 		 175 aa  181  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0913  putative lipoprotein  54.29 
 
 		 141 aa  151  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.403622  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2466  hypothetical protein  61.9 
 
 		 192 aa  150  1e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0901  hypothetical protein  52.48 
 
 		 141 aa  150  3e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.746833  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0840  putative lipoprotein  53.57 
 
 		 141 aa  149  4e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0819  hypothetical protein  58.47 
 
 		 131 aa  148  9e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2534  hypothetical protein  47.13 
 
 		 153 aa  145  5e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0868  hypothetical protein  63.21 
 
 		 148 aa  145  6e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1956  hypothetical protein  57.66 
 
 		 131 aa  143  3e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.784413  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1881  hypothetical protein  57.14 
 
 		 133 aa  139  6e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.779874 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1125  hypothetical protein  54.29 
 
 		 162 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0743661  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0592  hypothetical protein  56.19 
 
 		 131 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3390  hypothetical protein  57.45 
 
 		 131 aa  123  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.420538 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1600  hypothetical protein  63.41 
 
 		 133 aa  120  1.9999999999999998e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.039384  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2027  hypothetical protein  40.37 
 
 		 163 aa  119  6e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000490439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.15 
 
 		 217 aa  90.5  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.19 
 
 		 205 aa  90.9  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0733  cold shock domain-contain protein  40.62 
 
 		 203 aa  87  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4295  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.55 
 
 		 206 aa  85.9  7e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.19 
 
 		 204 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3373  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.94 
 
 		 185 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3697  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.5 
 
 		 203 aa  82.4  0.000000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0580  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.94 
 
 		 197 aa  82  0.000000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3678  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.56 
 
 		 188 aa  82  0.000000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0680  cold-shock DNA-binding domain protein  57.35 
 
 		 219 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0689  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.35 
 
 		 219 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3544  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.94 
 
 		 192 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0441  cold-shock protein, DNA-binding  53.16 
 
 		 239 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00249195  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0659  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.88 
 
 		 217 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.17 
 
 		 186 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0104717 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1327  cold-shock DNA-binding domain protein  41 
 
 		 209 aa  69.3  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1356  cold-shock DNA-binding domain protein  41 
 
 		 211 aa  68.9  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000728005 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2865  hypothetical protein  46.05 
 
 		 196 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00327413  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2151  cold-shock domain-contain protein  41.86 
 
 		 225 aa  65.1  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  26.67 
 
 		 237 aa  60.8  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.326591  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0927  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.78 
 
 		 205 aa  59.3  0.00000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.49 
 
 		 203 aa  52.8  0.000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.984456 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1832  cold-shock DNA-binding domain protein  35 
 
 		 204 aa  52.4  0.000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0537  cold-shock DNA-binding protein family protein  28.03 
 
 		 195 aa  52  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.120085  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0148  cold shock DNA-binding domain-containing protein  34.62 
 
 		 201 aa  51.2  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1486  cold-shock protein  45.76 
 
 		 176 aa  50.8  0.00003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00940094  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2482  cold-shock DNA-binding domain protein  37.5 
 
 		 204 aa  50.4  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3336  hypothetical protein  37.31 
 
 		 238 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.928903  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2851  hypothetical protein  37.7 
 
 		 207 aa  48.5  0.0001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3355  cold-shock DNA-binding protein family protein  27.27 
 
 		 193 aa  47.4  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0292  guanine-specific ribonuclease  20.96 
 
 		 247 aa  47.4  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.135359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0321  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  24.85 
 
 		 253 aa  46.2  0.0006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0827995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01099  integral membrane protein  40.74 
 
 		 60 aa  45.4  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0894512  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06258  integral membrane protein  40.74 
 
 		 60 aa  45.4  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0533489  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1412  cold-shock DNA-binding domain protein  33.82 
 
 		 204 aa  45.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2176  hypothetical protein  36.99 
 
 		 240 aa  43.1  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.979062  normal  0.0387048 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0545  cold-shock DNA-binding domain protein  23.83 
 
 		 168 aa  43.1  0.005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.803384  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0875  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.73 
 
 		 177 aa  42.7  0.006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.377088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0400  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.75 
 
 		 223 aa  42  0.01  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.666449  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>