More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4116 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4116  CRP/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 		 205 aa  424  1e-118  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 241 aa  78.6  0.00000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 239 aa  76.6  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.96 
 
 		 239 aa  77  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 241 aa  75.5  0.0000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1379  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 245 aa  75.5  0.0000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.231738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 239 aa  75.1  0.0000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 239 aa  74.3  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  25.25 
 
 		 239 aa  73.2  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 		 239 aa  73.9  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0976  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.73 
 
 		 258 aa  73.6  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1058  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 258 aa  73.6  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 		 239 aa  73.6  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 234 aa  71.2  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.1084 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2357  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.35 
 
 		 212 aa  70.5  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.63 
 
 		 232 aa  68.9  0.00000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1643  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.74 
 
 		 227 aa  67.4  0.0000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5783  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 		 212 aa  66.6  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00268451  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  25.52 
 
 		 231 aa  66.2  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  25.76 
 
 		 247 aa  64.7  0.0000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3408  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.56 
 
 		 243 aa  64.3  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.02 
 
 		 225 aa  63.9  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 		 231 aa  64.7  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 235 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3062  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24 
 
 		 232 aa  64.3  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 235 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.08 
 
 		 226 aa  63.9  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 235 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1827  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.46 
 
 		 229 aa  63.2  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.02 
 
 		 224 aa  63.2  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  26.63 
 
 		 229 aa  63.5  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 235 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 235 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0596  catabolite gene activator Crp  22.4 
 
 		 214 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 226 aa  62.8  0.000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00075  cAMP-regulatory protein  23.66 
 
 		 210 aa  61.6  0.000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0293  cAMP-regulatory protein  23.66 
 
 		 210 aa  61.2  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160804  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0248  cAMP-regulatory protein  23.12 
 
 		 210 aa  60.8  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 225 aa  61.2  0.00000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3945  cAMP-regulatory protein  23.12 
 
 		 210 aa  60.8  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3702  cAMP-regulatory protein  23.12 
 
 		 210 aa  60.8  0.00000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2737  cAMP-regulatory protein  23.12 
 
 		 210 aa  60.8  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 230 aa  61.2  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3784  cAMP-regulatory protein  23.12 
 
 		 210 aa  60.8  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0916512  hitchhiker  0.00483948 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 278 aa  60.5  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  27.84 
 
 		 251 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22000  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.27 
 
 		 235 aa  60.5  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.457493  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3663  cAMP-regulatory protein  23.12 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  27.84 
 
 		 251 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  27.84 
 
 		 251 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3737  cAMP-regulatory protein  23.12 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0176942 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 235 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3771  cAMP-regulatory protein  23.12 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.275024  normal  0.523362 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3853  cAMP-regulatory protein  22.58 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0755  cAMP-regulatory protein  23.2 
 
 		 211 aa  60.5  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.276204 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3663  cAMP-regulatory protein  23.12 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.185514  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002279  cyclic AMP receptor protein  23.66 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  27.84 
 
 		 251 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3834  cAMP-regulatory protein  23.12 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.429858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4580  cAMP-regulatory protein  22.58 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0550419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  27.84 
 
 		 251 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  26.83 
 
 		 225 aa  60.1  0.00000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3004  cAMP-regulatory protein  24.73 
 
 		 211 aa  60.5  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000032723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4632  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 234 aa  60.5  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.91 
 
 		 225 aa  59.7  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  26.59 
 
 		 266 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2191  cAMP-regulatory protein  23.66 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4032  cAMP-regulatory protein  22.58 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.203601  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0369  cAMP-regulatory protein  23.12 
 
 		 210 aa  59.3  0.00000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1971  transcriptional regulator  24.16 
 
 		 237 aa  59.3  0.00000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.644199 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46100  cAMP-regulatory protein  20.77 
 
 		 215 aa  58.9  0.00000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3550  cAMP-regulatory protein  21.55 
 
 		 217 aa  59.3  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03208  DNA-binding transcriptional dual regulator  22.58 
 
 		 210 aa  58.9  0.00000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0221065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0355  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.58 
 
 		 210 aa  58.9  0.00000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000236327  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2085  cyclic nucleotide binding protein  22.38 
 
 		 238 aa  58.9  0.00000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.59 
 
 		 226 aa  58.9  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4667  cAMP-regulatory protein  22.58 
 
 		 210 aa  58.9  0.00000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00224827  normal  0.233908 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3639  cAMP-regulatory protein  22.58 
 
 		 210 aa  58.9  0.00000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269957 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3733  cAMP-regulatory protein  22.58 
 
 		 210 aa  58.9  0.00000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03160  hypothetical protein  22.58 
 
 		 210 aa  58.9  0.00000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0202429  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0355  cAMP-regulatory protein  22.58 
 
 		 210 aa  58.9  0.00000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0526852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3554  cAMP-regulatory protein  22.58 
 
 		 210 aa  58.9  0.00000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3827  cAMP-regulatory protein  22.58 
 
 		 210 aa  58.9  0.00000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3690  cAMP-regulatory protein  24.19 
 
 		 211 aa  58.5  0.00000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0119951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 248 aa  58.5  0.00000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0578  cAMP-regulatory protein  24.19 
 
 		 211 aa  58.5  0.00000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.001638  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3873  cAMP-regulatory protein  24.19 
 
 		 211 aa  58.5  0.00000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000159716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3747  cAMP-regulatory protein  24.19 
 
 		 211 aa  58.5  0.00000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0179283  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4779  cAMP-regulatory protein  21.31 
 
 		 214 aa  58.5  0.00000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.345439 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0585  cAMP-regulatory protein  24.19 
 
 		 211 aa  58.2  0.00000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000009188  normal  0.481967 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2884  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 218 aa  58.2  0.00000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.161359  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.83 
 
 		 243 aa  58.2  0.00000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0388  cAMP-regulatory protein  22.46 
 
 		 212 aa  58.2  0.00000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0189183  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1862  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.27 
 
 		 250 aa  57.8  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0720375  normal  0.182435 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1262  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 222 aa  57.4  0.0000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.247212  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.12 
 
 		 226 aa  57.4  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08370  cAMP-regulatory protein  21.31 
 
 		 214 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000340418 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2797  cAMP-regulatory protein  23.91 
 
 		 198 aa  57.8  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.207531  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  26.17 
 
 		 228 aa  57  0.0000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.65 
 
 		 223 aa  57  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>