More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4020 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_4020  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
296 aa  589  1e-167  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.36894  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3692  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.98 
 
 
296 aa  281  7.000000000000001e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5508  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  57.29 
 
 
303 aa  278  9e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2671  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.98 
 
 
296 aa  275  5e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0893912  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4002  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.98 
 
 
296 aa  275  5e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4254  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  55.67 
 
 
296 aa  275  9e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2394  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.3 
 
 
296 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.734944 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2353  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.64 
 
 
296 aa  265  5e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.404178  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.97 
 
 
295 aa  251  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5837  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.95 
 
 
297 aa  243  3e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.769717  normal  0.144839 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2378  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.11 
 
 
301 aa  243  3e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000915118 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1182  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.31 
 
 
295 aa  240  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.311336  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.83 
 
 
301 aa  240  2e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1564  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.34 
 
 
298 aa  238  9e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0049  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.28 
 
 
310 aa  236  2e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.14 
 
 
295 aa  235  7e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.14 
 
 
301 aa  234  2.0000000000000002e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0881  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.82 
 
 
298 aa  231  1e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.15 
 
 
296 aa  231  1e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.56 
 
 
296 aa  230  2e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1573  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.93 
 
 
298 aa  228  7e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.14 
 
 
301 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000309254 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.73 
 
 
294 aa  226  3e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0122  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.17 
 
 
297 aa  226  3e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.48 
 
 
307 aa  226  3e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0506  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.15 
 
 
312 aa  226  5.0000000000000005e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076181  normal  0.0104693 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2718  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.55 
 
 
292 aa  225  6e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.41 
 
 
291 aa  225  6e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0198  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.97 
 
 
302 aa  225  9e-58  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0227  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.97 
 
 
302 aa  223  4e-57  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.01 
 
 
294 aa  223  4e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3802  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.46 
 
 
305 aa  222  6e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.813564  normal 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4117  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.12 
 
 
285 aa  222  6e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00851806  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2120  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.37 
 
 
283 aa  222  6e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3860  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.18 
 
 
299 aa  221  8e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.680226 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03172  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.97 
 
 
302 aa  221  9.999999999999999e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.430653  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2180  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.54 
 
 
296 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.15285  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.66 
 
 
294 aa  220  1.9999999999999999e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3555  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.78 
 
 
297 aa  221  1.9999999999999999e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.194341  normal  0.813668 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.98 
 
 
301 aa  219  6e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  43.01 
 
 
293 aa  219  6e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.01 
 
 
286 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0925  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.82 
 
 
301 aa  218  1e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.377982 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1488  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.11 
 
 
306 aa  216  5e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.23 
 
 
287 aa  216  5e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0713  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.73 
 
 
304 aa  215  8e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.36 
 
 
291 aa  215  8e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.41 
 
 
291 aa  215  9e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.01 
 
 
294 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.96 
 
 
291 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15930  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.64 
 
 
299 aa  212  5.999999999999999e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.75 
 
 
288 aa  209  3e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.14 
 
 
297 aa  210  3e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.15 
 
 
306 aa  209  4e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2734  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.45 
 
 
306 aa  209  5e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0547  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.54 
 
 
308 aa  208  8e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3501  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.21 
 
 
299 aa  207  1e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.42914 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.56 
 
 
291 aa  208  1e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3546  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.23 
 
 
299 aa  207  2e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3842  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.49 
 
 
281 aa  206  3e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.04 
 
 
283 aa  206  3e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.4 
 
 
287 aa  206  5e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0435  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.29 
 
 
297 aa  205  6e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0611  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.92 
 
 
301 aa  205  6e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.148434  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1217  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.92 
 
 
301 aa  205  6e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0352302  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1777  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.92 
 
 
297 aa  205  8e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309718  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.56 
 
 
296 aa  204  2e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  41.67 
 
 
296 aa  202  5e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2712  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.68 
 
 
291 aa  202  6e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.55 
 
 
292 aa  202  7e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.0356517 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2455  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45 
 
 
287 aa  201  8e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.48 
 
 
285 aa  201  9.999999999999999e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.58 
 
 
293 aa  201  9.999999999999999e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.14 
 
 
287 aa  201  9.999999999999999e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0620  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.52 
 
 
296 aa  201  9.999999999999999e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.326399 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0753  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.69 
 
 
296 aa  201  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0764  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.02 
 
 
299 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1072  TDP-rhamnose synthetase, NAD(P)-binding  44.9 
 
 
300 aa  200  3e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.01 
 
 
281 aa  200  3e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1396  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.42 
 
 
301 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0683  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase oxidoreductase protein  45.24 
 
 
305 aa  198  7.999999999999999e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2630  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.64 
 
 
295 aa  198  9e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3993  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.76 
 
 
292 aa  197  1.0000000000000001e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.268063  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1741  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.96 
 
 
320 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0776  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.36 
 
 
295 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.61 
 
 
296 aa  197  3e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00037704  normal  0.832838 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1080  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.93 
 
 
301 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.945649  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2318  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.36 
 
 
306 aa  195  7e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.101593 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4165  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41 
 
 
296 aa  195  8.000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.187685  normal  0.0599581 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.29 
 
 
288 aa  195  1e-48  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0840  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.83 
 
 
291 aa  194  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0754  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.33 
 
 
298 aa  193  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4057  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.37 
 
 
297 aa  193  3e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.558933 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.76 
 
 
300 aa  193  3e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.004454 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.86 
 
 
290 aa  193  3e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4077  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.39 
 
 
283 aa  193  3e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.362561  normal  0.125461 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.58 
 
 
298 aa  192  5e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0515  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.76 
 
 
291 aa  192  5e-48  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.61 
 
 
294 aa  192  7e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0431465 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1996  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.62 
 
 
290 aa  192  7e-48  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0138572  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>