188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_20570 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_20570  Helix-turn-helix protein  100 
 
 		 289 aa  579  1e-164  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.936379 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20620  Helix-turn-helix protein  47.55 
 
 		 281 aa  225  7e-58  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0588198  normal  0.440077 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14260  Helix-turn-helix protein  40.07 
 
 		 291 aa  186  4e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12010  predicted transcription factor, MBF1 like protein  39.79 
 
 		 284 aa  182  5.0000000000000004e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2702  XRE family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 282 aa  155  9e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2430  transcriptional regulator, XRE family  35.61 
 
 		 276 aa  146  4.0000000000000006e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1598  hypothetical protein  33.45 
 
 		 283 aa  115  6.9999999999999995e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0041  XRE family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24740  Helix-turn-helix protein  33.69 
 
 		 283 aa  114  2.0000000000000002e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  31.41 
 
 		 293 aa  112  6e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.254759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6481  putative transcriptional regulator, XRE family  29.97 
 
 		 291 aa  110  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.787196  normal  0.247273 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1963  helix-turn-helix domain protein  33.21 
 
 		 288 aa  110  3e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00297567  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4247  helix-turn-helix domain-containing protein  31.06 
 
 		 410 aa  102  1e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.710263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7827  putative transcriptional regulator, XRE family  26.81 
 
 		 291 aa  100  3e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2126  transcriptional regulator, XRE family  28.93 
 
 		 284 aa  99  8e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000982759  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1746  helix-turn-helix domain-containing protein  32.94 
 
 		 280 aa  98.2  1e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.600914  normal  0.883752 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1160  helix-turn-helix domain-containing protein  34.33 
 
 		 281 aa  98.6  1e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.190961  unclonable  0.0000000484081 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6121  transcriptional regulator, XRE family  29.5 
 
 		 285 aa  98.6  1e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1414  transcriptional regulator, XRE family  29.27 
 
 		 268 aa  97.4  2e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0188268  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5395  transcriptional regulator, XRE family  29.09 
 
 		 282 aa  96.3  5e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.128681  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0907  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 291 aa  95.1  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.960814  normal  0.106337 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3365  helix-turn-helix domain-containing protein  33.57 
 
 		 286 aa  95.5  1e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818505 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5053  helix-turn-helix domain protein  33.09 
 
 		 310 aa  94.7  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.983736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1502  XRE family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 296 aa  93.6  3e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6214  helix-turn-helix domain protein  30.55 
 
 		 303 aa  92.8  6e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0199858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1293  helix-turn-helix domain-containing protein  28.72 
 
 		 288 aa  92.4  7e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.663558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1729  helix-turn-helix domain-containing protein  31.75 
 
 		 280 aa  92.4  8e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.095212  normal  0.0102473 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2512  hypothetical protein  29.64 
 
 		 288 aa  91.7  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.164807  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2479  helix-turn-helix domain-containing protein  31.02 
 
 		 285 aa  91.3  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.292547 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0234  helix-turn-helix domain-containing protein  28.01 
 
 		 285 aa  90.5  3e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4415  helix-turn-helix domain-containing protein  29.68 
 
 		 283 aa  89.7  5e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.241665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0398  putative DNA-binding protein  32.49 
 
 		 296 aa  89  8e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7552  hypothetical protein  28.57 
 
 		 287 aa  88.6  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6313  hypothetical protein  31.47 
 
 		 294 aa  88.2  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.637076  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2072  hypothetical protein  26.57 
 
 		 282 aa  87.4  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.255323  normal  0.752202 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0875  helix-turn-helix domain protein  29.1 
 
 		 292 aa  87.4  3e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1229  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 		 290 aa  87  3e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.282504 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0229  XRE family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 301 aa  86.7  4e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.981725 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  31.77 
 
 		 289 aa  86.7  5e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0566  hypothetical protein  29.69 
 
 		 294 aa  86.3  6e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0715  transcriptional regulator, XRE family  26.13 
 
 		 287 aa  85.5  9e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2659  helix-turn-helix domain protein  27.34 
 
 		 300 aa  85.1  0.000000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000121562  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6434  helix-turn-helix domain protein  28.77 
 
 		 279 aa  85.1  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.147514  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5680  transcriptional regulator, XRE family  29.5 
 
 		 282 aa  84  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2542  putative transcriptional regulator, XRE family  30.65 
 
 		 277 aa  84  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.259314  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1270  helix-turn-helix domain-containing protein  31.34 
 
 		 281 aa  84  0.000000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6648  helix-turn-helix domain-containing protein  30.56 
 
 		 287 aa  83.2  0.000000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.754069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3446  XRE family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 288 aa  83.2  0.000000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1803  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  28.3 
 
 		 279 aa  82.8  0.000000000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2306  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  29.23 
 
 		 292 aa  82.8  0.000000000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1328  helix-turn-helix domain-containing protein  27.44 
 
 		 289 aa  82.8  0.000000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4123  helix-turn-helix domain-containing protein  30.71 
 
 		 326 aa  82.8  0.000000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.54391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5038  helix-turn-helix domain protein  28.15 
 
 		 287 aa  82.4  0.000000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2091  hypothetical protein  30.65 
 
 		 295 aa  81.6  0.00000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.222911  normal  0.0505226 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1231  transcriptional regulator, XRE family  24.81 
 
 		 268 aa  82  0.00000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0892392  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5040  transcriptional regulator, XRE family  27.21 
 
 		 274 aa  82  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.727846 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0107  helix-turn-helix domain protein  29.55 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7488  hypothetical protein  29.04 
 
 		 303 aa  80.9  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.151706  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1296  transcriptional regulator, XRE family  28.31 
 
 		 286 aa  80.5  0.00000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1300  helix-turn-helix domain-containing protein  32.01 
 
 		 293 aa  80.1  0.00000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.61958  normal  0.109038 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3500  transcriptional regulator, XRE family  27.97 
 
 		 287 aa  80.1  0.00000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1349  hypothetical protein  31.02 
 
 		 293 aa  79.7  0.00000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.426132  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7293  hypothetical protein  27.53 
 
 		 288 aa  79.3  0.00000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.805915  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1172  helix-turn-helix domain-containing protein  27.27 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  27.24 
 
 		 286 aa  78.2  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0178303  normal  0.0304655 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5762  helix-turn-helix domain-containing protein  29.64 
 
 		 291 aa  78.2  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5446  helix-turn-helix domain protein  27.34 
 
 		 270 aa  77.8  0.0000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.284222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3742  helix-turn-helix domain-containing protein  29.46 
 
 		 326 aa  77.8  0.0000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.466202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4058  hypothetical protein  32.21 
 
 		 287 aa  77.8  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.174475 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0373  transcriptional regulator, XRE family  28.16 
 
 		 287 aa  77.4  0.0000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4696  helix-turn-helix domain protein  25 
 
 		 285 aa  78.2  0.0000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5737  helix-turn-helix domain-containing protein  26.09 
 
 		 276 aa  77.4  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.598241 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2232  hypothetical protein  29.5 
 
 		 295 aa  77.4  0.0000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0989029  normal  0.199583 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1970  helix-turn-helix domain protein  30 
 
 		 299 aa  76.3  0.0000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00381006  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3762  helix-turn-helix domain protein  26.16 
 
 		 284 aa  76.6  0.0000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4245  transcriptional regulator, XRE family  27.22 
 
 		 288 aa  75.9  0.0000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.116487 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37910  hypothetical protein  29.31 
 
 		 308 aa  75.9  0.0000000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.281107 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4158  hypothetical protein  29.44 
 
 		 212 aa  75.5  0.0000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1305  transcriptional regulator, XRE family  25.88 
 
 		 278 aa  75.5  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0383802  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2309  transcriptional regulator, XRE family  29.56 
 
 		 256 aa  74.7  0.000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3623  helix-turn-helix domain-containing protein  29.12 
 
 		 290 aa  73.9  0.000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0926  helix-turn-helix domain-containing protein  35.54 
 
 		 265 aa  73.6  0.000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0707  hypothetical protein  32.14 
 
 		 149 aa  73.2  0.000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6857  helix-turn-helix domain protein  33.33 
 
 		 274 aa  73.6  0.000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0788983  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1277  helix-turn-helix domain protein  29.88 
 
 		 301 aa  73.2  0.000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.525262  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0632  helix-turn-helix domain-containing protein  28.7 
 
 		 285 aa  72.4  0.000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  26.52 
 
 		 286 aa  71.6  0.00000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.678881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0216  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  26.32 
 
 		 278 aa  71.2  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4987  transcriptional regulator, XRE family  25.09 
 
 		 285 aa  71.2  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.815997  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1415  hypothetical protein  35.34 
 
 		 255 aa  70.5  0.00000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0574374 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0098  hypothetical protein  28.23 
 
 		 255 aa  70.5  0.00000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0255741  hitchhiker  0.000835874 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5627  hypothetical protein  28.46 
 
 		 301 aa  70.5  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.596158 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0392  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  27.82 
 
 		 281 aa  70.1  0.00000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2769  transcriptional regulator, XRE family  26.41 
 
 		 271 aa  70.1  0.00000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.310894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4578  transcriptional regulator, XRE family  27.49 
 
 		 290 aa  70.1  0.00000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1835  helix-turn-helix domain protein  27.21 
 
 		 284 aa  70.1  0.00000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.660299  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4751  helix-turn-helix domain-containing protein  25.5 
 
 		 276 aa  69.7  0.00000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0264271  normal  0.0594951 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5238  helix-turn-helix domain protein  27.5 
 
 		 306 aa  69.7  0.00000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000759311 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2207  transcriptional regulator, XRE family  24.6 
 
 		 328 aa  69.7  0.00000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.693665  normal  0.596706 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1378  hypothetical protein  34.59 
 
 		 255 aa  69.7  0.00000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.508501  hitchhiker  0.00296839 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>