158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_6857 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_6857  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 274 aa  544  1e-154  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0788983  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1172  helix-turn-helix domain-containing protein  34.55 
 
 		 296 aa  113  3e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4152  helix-turn-helix domain protein  31.03 
 
 		 302 aa  105  5e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3446  XRE family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 288 aa  105  9e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2479  helix-turn-helix domain-containing protein  30.54 
 
 		 285 aa  103  3e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.292547 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1293  helix-turn-helix domain-containing protein  33.81 
 
 		 288 aa  103  3e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.663558  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7552  hypothetical protein  29.29 
 
 		 287 aa  100  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7488  hypothetical protein  33.45 
 
 		 303 aa  99.8  4e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.151706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0041  XRE family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 293 aa  97.1  3e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6481  putative transcriptional regulator, XRE family  30.91 
 
 		 291 aa  96.3  5e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.787196  normal  0.247273 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6648  helix-turn-helix domain-containing protein  33.57 
 
 		 287 aa  95.9  6e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.754069  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4158  hypothetical protein  33.52 
 
 		 212 aa  94.4  2e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5680  transcriptional regulator, XRE family  33.08 
 
 		 282 aa  94  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7827  putative transcriptional regulator, XRE family  28.37 
 
 		 291 aa  93.6  3e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24740  Helix-turn-helix protein  30.77 
 
 		 283 aa  93.6  3e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0875  helix-turn-helix domain protein  34.06 
 
 		 292 aa  92.8  5e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0715  transcriptional regulator, XRE family  27.11 
 
 		 287 aa  92.4  7e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0229  XRE family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 301 aa  90.1  3e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.981725 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7293  hypothetical protein  31.32 
 
 		 288 aa  90.5  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.805915  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5627  hypothetical protein  38.42 
 
 		 301 aa  90.5  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.596158 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4696  helix-turn-helix domain protein  30.28 
 
 		 285 aa  89.7  4e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2512  hypothetical protein  30.51 
 
 		 288 aa  89.4  6e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.164807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  36.14 
 
 		 293 aa  88.6  9e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.254759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1277  helix-turn-helix domain protein  33.21 
 
 		 301 aa  88.6  1e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.525262  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1328  helix-turn-helix domain-containing protein  28.52 
 
 		 289 aa  87.8  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4247  helix-turn-helix domain-containing protein  30.68 
 
 		 410 aa  87.4  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.710263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5395  transcriptional regulator, XRE family  36.21 
 
 		 282 aa  85.9  6e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.128681  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1502  XRE family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 296 aa  85.9  7e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0566  hypothetical protein  31.47 
 
 		 294 aa  84.7  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4245  transcriptional regulator, XRE family  24.83 
 
 		 288 aa  84.7  0.000000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.116487 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1746  helix-turn-helix domain-containing protein  36.69 
 
 		 280 aa  84.3  0.000000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.600914  normal  0.883752 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1598  hypothetical protein  29.43 
 
 		 283 aa  84  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6214  helix-turn-helix domain protein  30.71 
 
 		 303 aa  84.7  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0199858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1305  transcriptional regulator, XRE family  30.92 
 
 		 278 aa  84  0.000000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0383802  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0216  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  30.47 
 
 		 278 aa  82.4  0.000000000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2072  hypothetical protein  27.7 
 
 		 282 aa  82  0.000000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.255323  normal  0.752202 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2659  helix-turn-helix domain protein  31.2 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000121562  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0373  transcriptional regulator, XRE family  34.53 
 
 		 287 aa  81.6  0.00000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1229  helix-turn-helix domain-containing protein  30.32 
 
 		 290 aa  80.9  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.282504 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2207  transcriptional regulator, XRE family  28.82 
 
 		 328 aa  81.3  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.693665  normal  0.596706 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0442  helix-turn-helix domain protein  30.88 
 
 		 284 aa  80.9  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2702  XRE family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 282 aa  80.5  0.00000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1160  helix-turn-helix domain-containing protein  28.77 
 
 		 281 aa  80.1  0.00000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.190961  unclonable  0.0000000484081 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0107  helix-turn-helix domain protein  27.84 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14260  Helix-turn-helix protein  26.24 
 
 		 291 aa  80.1  0.00000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6121  transcriptional regulator, XRE family  28.44 
 
 		 285 aa  79.7  0.00000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1248  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  33.89 
 
 		 267 aa  79.3  0.00000000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2126  transcriptional regulator, XRE family  29.33 
 
 		 284 aa  79.3  0.00000000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000982759  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1963  helix-turn-helix domain protein  38.75 
 
 		 288 aa  79.3  0.00000000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00297567  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3623  helix-turn-helix domain-containing protein  30.53 
 
 		 290 aa  79.3  0.00000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1970  helix-turn-helix domain protein  32.46 
 
 		 299 aa  78.6  0.0000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00381006  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0907  helix-turn-helix domain-containing protein  32.72 
 
 		 291 aa  77.4  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.960814  normal  0.106337 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1729  helix-turn-helix domain-containing protein  36.09 
 
 		 280 aa  77.4  0.0000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.095212  normal  0.0102473 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8469  transcriptional regulator, XRE family  31.89 
 
 		 319 aa  77  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.487946 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0520  helix-turn-helix domain protein  37.14 
 
 		 285 aa  76.6  0.0000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2306  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  26.6 
 
 		 292 aa  75.9  0.0000000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0977  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  30.82 
 
 		 282 aa  75.9  0.0000000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.820681  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1780  XRE family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 292 aa  75.9  0.0000000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.154146 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2091  hypothetical protein  31.96 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.222911  normal  0.0505226 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4490  transcriptional regulator, XRE family  27.47 
 
 		 284 aa  75.5  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37910  hypothetical protein  31.39 
 
 		 308 aa  75.1  0.000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.281107 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1351  putative DNA-binding protein  29.06 
 
 		 299 aa  74.3  0.000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.298494  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1656  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  27.24 
 
 		 267 aa  74.3  0.000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20570  Helix-turn-helix protein  28.24 
 
 		 289 aa  74.7  0.000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.936379 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5737  helix-turn-helix domain-containing protein  30.64 
 
 		 276 aa  73.9  0.000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.598241 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3103  helix-turn-helix domain-containing protein  31.46 
 
 		 284 aa  73.2  0.000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.28133  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0392  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  28.4 
 
 		 281 aa  72.8  0.000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0579  transcriptional regulator, XRE family  29.73 
 
 		 290 aa  72.8  0.000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0574085  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5446  helix-turn-helix domain protein  25.27 
 
 		 270 aa  72.8  0.000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.284222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  26.29 
 
 		 278 aa  72.4  0.000000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.606963  normal  0.022428 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1270  helix-turn-helix domain-containing protein  28.87 
 
 		 281 aa  72  0.000000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5053  helix-turn-helix domain protein  31.44 
 
 		 310 aa  72  0.000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.983736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  28.62 
 
 		 289 aa  72  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2232  hypothetical protein  30.93 
 
 		 295 aa  72  0.00000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0989029  normal  0.199583 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2968  XRE family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 278 aa  72  0.00000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227824 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0414  helix-turn-helix domain protein  33.75 
 
 		 284 aa  72  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0254314  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  29.73 
 
 		 286 aa  70.9  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.678881  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0030  helix-turn-helix domain protein  35.59 
 
 		 302 aa  70.9  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3358  hypothetical protein  34.12 
 
 		 274 aa  70.1  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0307286  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0234  helix-turn-helix domain-containing protein  27.37 
 
 		 285 aa  70.5  0.00000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  29.19 
 
 		 286 aa  69.3  0.00000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0178303  normal  0.0304655 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6434  helix-turn-helix domain protein  27.17 
 
 		 279 aa  69.3  0.00000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.147514  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0263  putative DNA-binding protein  33.33 
 
 		 115 aa  68.9  0.00000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5238  helix-turn-helix domain protein  28.62 
 
 		 306 aa  68.9  0.00000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000759311 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0512  helix-turn-helix domain-containing protein  32.95 
 
 		 270 aa  68.6  0.0000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.89469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3781  transcriptional regulator, XRE family  31.15 
 
 		 279 aa  68.2  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1626  hypothetical protein  30.8 
 
 		 262 aa  68.2  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4681  transcriptional regulator, XRE family  27.74 
 
 		 278 aa  67.8  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.52911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0488  transcriptional regulator, XRE family  31.1 
 
 		 267 aa  67.8  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4058  hypothetical protein  30.63 
 
 		 287 aa  66.6  0.0000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.174475 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3500  transcriptional regulator, XRE family  25.89 
 
 		 287 aa  66.2  0.0000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0098  hypothetical protein  29.32 
 
 		 255 aa  66.2  0.0000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0255741  hitchhiker  0.000835874 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1414  transcriptional regulator, XRE family  35.45 
 
 		 268 aa  66.2  0.0000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0188268  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2430  transcriptional regulator, XRE family  24.43 
 
 		 276 aa  65.9  0.0000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1874  transcriptional regulator, XRE family  30.11 
 
 		 267 aa  65.5  0.0000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1415  hypothetical protein  32.75 
 
 		 255 aa  65.5  0.0000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0574374 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4505  helix-turn-helix domain-containing protein  28.65 
 
 		 262 aa  65.5  0.0000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.832195  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1296  transcriptional regulator, XRE family  28.73 
 
 		 286 aa  65.5  0.0000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1803  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  30 
 
 		 279 aa  65.5  0.0000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4780  hypothetical protein  28.57 
 
 		 269 aa  65.1  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>