191 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_3742 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_3742  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 326 aa  647    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.466202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4123  helix-turn-helix domain-containing protein  92.02 
 
 		 326 aa  595  1e-169  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.54391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3365  helix-turn-helix domain-containing protein  44.79 
 
 		 286 aa  192  9e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818505 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0600  helix-turn-helix domain-containing protein  36.49 
 
 		 291 aa  160  4e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2072  hypothetical protein  40.48 
 
 		 282 aa  154  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.255323  normal  0.752202 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0234  helix-turn-helix domain-containing protein  36.95 
 
 		 285 aa  150  4e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24740  Helix-turn-helix protein  38.41 
 
 		 283 aa  145  1e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6481  putative transcriptional regulator, XRE family  34.26 
 
 		 291 aa  141  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.787196  normal  0.247273 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1944  helix-turn-helix domain protein  33.67 
 
 		 293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00923208  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1133  helix-turn-helix domain-containing protein  35.09 
 
 		 291 aa  138  1e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.924131  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1446  transcriptional regulator, XRE family  34.07 
 
 		 276 aa  137  2e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0731579  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0041  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6648  helix-turn-helix domain-containing protein  38.46 
 
 		 287 aa  130  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.754069  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5680  transcriptional regulator, XRE family  36.14 
 
 		 282 aa  131  2.0000000000000002e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4270  helix-turn-helix domain protein  37.93 
 
 		 290 aa  130  3e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  34.86 
 
 		 293 aa  129  5.0000000000000004e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.254759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0418  transcriptional regulator, XRE family  32.4 
 
 		 293 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0229  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 301 aa  126  5e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.981725 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7552  hypothetical protein  35.14 
 
 		 287 aa  125  9e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4696  helix-turn-helix domain protein  34.89 
 
 		 285 aa  122  7e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1328  helix-turn-helix domain-containing protein  35.51 
 
 		 289 aa  122  9.999999999999999e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1803  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  31.62 
 
 		 279 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2479  helix-turn-helix domain-containing protein  33.45 
 
 		 285 aa  120  3e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.292547 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2126  transcriptional regulator, XRE family  36.33 
 
 		 284 aa  119  9e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000982759  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0875  helix-turn-helix domain protein  34.13 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4058  hypothetical protein  38 
 
 		 287 aa  118  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.174475 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1502  XRE family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1305  transcriptional regulator, XRE family  34.73 
 
 		 278 aa  116  5e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0383802  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1229  helix-turn-helix domain-containing protein  35.14 
 
 		 290 aa  116  5e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.282504 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1598  hypothetical protein  33.1 
 
 		 283 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3500  transcriptional regulator, XRE family  31.96 
 
 		 287 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0907  helix-turn-helix domain-containing protein  36 
 
 		 291 aa  115  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.960814  normal  0.106337 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0216  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  33.92 
 
 		 278 aa  113  5e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7827  putative transcriptional regulator, XRE family  31.1 
 
 		 291 aa  113  6e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2091  hypothetical protein  35.09 
 
 		 295 aa  110  3e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.222911  normal  0.0505226 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5762  helix-turn-helix domain-containing protein  32.77 
 
 		 291 aa  109  8.000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0974  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  30.74 
 
 		 284 aa  108  1e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7293  hypothetical protein  32.5 
 
 		 288 aa  108  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.805915  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1963  helix-turn-helix domain protein  35.25 
 
 		 288 aa  108  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00297567  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3446  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 288 aa  106  6e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1172  helix-turn-helix domain-containing protein  36.03 
 
 		 296 aa  105  7e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  33.78 
 
 		 289 aa  105  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7488  hypothetical protein  33.56 
 
 		 303 aa  105  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.151706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2232  hypothetical protein  34.62 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0989029  normal  0.199583 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1293  helix-turn-helix domain-containing protein  36.84 
 
 		 288 aa  104  2e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.663558  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2512  hypothetical protein  34.04 
 
 		 288 aa  104  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.164807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2306  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  28.11 
 
 		 292 aa  103  3e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5627  hypothetical protein  32.89 
 
 		 301 aa  103  3e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.596158 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6214  helix-turn-helix domain protein  31.97 
 
 		 303 aa  103  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0199858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0424  transcriptional regulator, XRE family  31.14 
 
 		 282 aa  103  4e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2659  helix-turn-helix domain protein  33.33 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000121562  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4247  helix-turn-helix domain-containing protein  36.01 
 
 		 410 aa  103  5e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.710263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2207  transcriptional regulator, XRE family  30.5 
 
 		 328 aa  102  9e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.693665  normal  0.596706 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4681  transcriptional regulator, XRE family  32.99 
 
 		 278 aa  101  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.52911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6313  hypothetical protein  36.51 
 
 		 294 aa  101  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.637076  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5053  helix-turn-helix domain protein  32.53 
 
 		 310 aa  101  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.983736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  32.47 
 
 		 278 aa  100  4e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.606963  normal  0.022428 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1970  helix-turn-helix domain protein  34.05 
 
 		 299 aa  99.8  5e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00381006  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2968  XRE family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 278 aa  99.8  6e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227824 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5737  helix-turn-helix domain-containing protein  32.73 
 
 		 276 aa  99.8  6e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.598241 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4152  helix-turn-helix domain protein  32.98 
 
 		 302 aa  98.6  1e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1160  helix-turn-helix domain-containing protein  31.93 
 
 		 281 aa  98.6  1e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.190961  unclonable  0.0000000484081 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1270  helix-turn-helix domain-containing protein  32.63 
 
 		 281 aa  98.2  2e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37910  hypothetical protein  36.36 
 
 		 308 aa  98.2  2e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.281107 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0392  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  29.41 
 
 		 281 aa  96.7  4e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0566  hypothetical protein  33.71 
 
 		 294 aa  96.3  6e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5395  transcriptional regulator, XRE family  32.68 
 
 		 282 aa  96.3  6e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.128681  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2702  XRE family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 282 aa  95.5  1e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0977  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  30.33 
 
 		 282 aa  94.7  2e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.820681  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1746  helix-turn-helix domain-containing protein  34.93 
 
 		 280 aa  94.4  2e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.600914  normal  0.883752 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0398  putative DNA-binding protein  35.41 
 
 		 296 aa  94  3e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1296  transcriptional regulator, XRE family  29.1 
 
 		 286 aa  92.8  6e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0373  transcriptional regulator, XRE family  36.15 
 
 		 287 aa  93.2  6e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4987  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 285 aa  93.2  6e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.815997  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1780  XRE family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 292 aa  91.7  2e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.154146 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3103  helix-turn-helix domain-containing protein  29.92 
 
 		 284 aa  91.3  2e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.28133  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5238  helix-turn-helix domain protein  36.62 
 
 		 306 aa  90.9  2e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000759311 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1729  helix-turn-helix domain-containing protein  36.84 
 
 		 280 aa  90.1  4e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.095212  normal  0.0102473 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1835  helix-turn-helix domain protein  28.86 
 
 		 284 aa  90.1  4e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.660299  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2430  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 		 276 aa  89.7  5e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4578  transcriptional regulator, XRE family  30.1 
 
 		 290 aa  89.7  6e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8469  transcriptional regulator, XRE family  32.55 
 
 		 319 aa  89.7  7e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.487946 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1005  transcriptional regulator, XRE family  32.28 
 
 		 309 aa  89  9e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0644  helix-turn-helix domain-containing protein  33.57 
 
 		 297 aa  88.6  1e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2127  helix-turn-helix domain protein  32.5 
 
 		 287 aa  89  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0442  helix-turn-helix domain protein  34.4 
 
 		 284 aa  88.2  2e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6434  helix-turn-helix domain protein  29.2 
 
 		 279 aa  87.8  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.147514  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0715  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 		 287 aa  87  4e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0030  helix-turn-helix domain protein  33.77 
 
 		 302 aa  86.7  5e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0089  hypothetical protein  35.81 
 
 		 276 aa  85.5  0.000000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3623  helix-turn-helix domain-containing protein  33.2 
 
 		 290 aa  85.1  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0632  helix-turn-helix domain-containing protein  32.05 
 
 		 285 aa  84.3  0.000000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1651  transcriptional regulator, XRE family  29.93 
 
 		 272 aa  84  0.000000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.115849  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6121  transcriptional regulator, XRE family  26.57 
 
 		 285 aa  82.8  0.000000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0090  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  32.08 
 
 		 283 aa  82.4  0.000000000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4245  transcriptional regulator, XRE family  26.23 
 
 		 288 aa  82.4  0.000000000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.116487 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5446  helix-turn-helix domain protein  26.64 
 
 		 270 aa  82.4  0.000000000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.284222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36660  predicted transcriptional regulator with C-terminal CBS domains  28.33 
 
 		 293 aa  82  0.00000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0372485  normal  0.380414 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1277  helix-turn-helix domain protein  32.18 
 
 		 301 aa  82  0.00000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.525262  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3240  transcriptional regulator, XRE family  32.71 
 
 		 313 aa  82  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.780317 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>