More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1242 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1242  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  600  1.0000000000000001e-171  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.310475 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1342  LysR family transcriptional regulator  81.14 
 
 		 292 aa  477  1e-133  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00332672  hitchhiker  0.00012242 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1136  LysR family transcriptional regulator  65.98 
 
 		 292 aa  397  9.999999999999999e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1149  LysR family transcriptional regulator  52.8 
 
 		 291 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.229306  normal  0.0812943 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1185  transcriptional regulator, LysR family  52.05 
 
 		 295 aa  306  2.0000000000000002e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3184  LysR family transcriptional regulator  51.89 
 
 		 295 aa  305  8.000000000000001e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3183  LysR family transcriptional regulator  51.55 
 
 		 295 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3327  LysR family transcriptional regulator  51.55 
 
 		 295 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0421  LysR family transcriptional regulator  50.18 
 
 		 291 aa  298  7e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1825  transcriptional regulator, LysR family protein  49.14 
 
 		 315 aa  293  2e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.401328  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003833  putative transcriptional regulator  54.24 
 
 		 292 aa  289  4e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01849  transcriptional regulator  52.4 
 
 		 290 aa  281  1e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3337  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 301 aa  182  7e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3742  putative transcriptional regulator  36.73 
 
 		 292 aa  181  1e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4052  LysR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 292 aa  181  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  39 
 
 		 297 aa  172  5e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 304 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 297 aa  172  7.999999999999999e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 326 aa  168  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 311 aa  165  6.9999999999999995e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0141  LysR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 305 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2976  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 313 aa  162  8.000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288954 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 297 aa  158  8e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 295 aa  158  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3141  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 302 aa  155  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  32.34 
 
 		 302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3576  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 293 aa  153  4e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.322821  normal  0.0297722 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 300 aa  152  5e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4390  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 293 aa  152  8e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 304 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 302 aa  152  8.999999999999999e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0716  LysR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 296 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 296 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 301 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 297 aa  149  8e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  37.34 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  37.34 
 
 		 294 aa  145  5e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0355  transcriptional regulator, LysR family  33.72 
 
 		 298 aa  145  7.0000000000000006e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4323  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 284 aa  144  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2275  regulatory protein LysR  35.69 
 
 		 301 aa  142  8e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.288787  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26860  LysR family transcriptional regulator  36.53 
 
 		 296 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1142  LysR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 294 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1303  LysR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 294 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1150  LysR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 294 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.529975  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04791  putative transcription regulator protein  37.82 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.781761  normal  0.0562945 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2083  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 294 aa  136  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.163485  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2212  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 294 aa  136  4e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0943  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 294 aa  136  4e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.167297  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3172  transcriptional regulator, LysR family  34.75 
 
 		 287 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2531  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 294 aa  136  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0697  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 294 aa  136  4e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 292 aa  134  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3353  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 287 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.686915 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3238  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 287 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00156229 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3189  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 287 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3252  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 287 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993156 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0788  transcriptional regulator, LysR family  35.21 
 
 		 297 aa  133  3e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.232962  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0195  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 323 aa  133  3.9999999999999996e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1024  transcriptional regulator, LysR family  33.83 
 
 		 292 aa  132  5e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3300  LysR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5696  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.542935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3798  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 290 aa  130  3e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3257  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 288 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000024832  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2393  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 294 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2710  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 299 aa  128  9.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0557153  normal  0.0592619 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2275  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1232  HTH-type transcription regulator, LysR family  29.48 
 
 		 287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0922  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.534573  normal  0.0707168 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4116  transcriptional regulator, LysR family  36.29 
 
 		 294 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4003  transcriptional regulator, LysR family  36.29 
 
 		 294 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.684934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2378  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 294 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2730  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  34.96 
 
 		 292 aa  126  5e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0216  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 303 aa  126  5e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1745  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 294 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2357  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 294 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2306  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 283 aa  126  6e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.16135  normal  0.168565 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0155  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 307 aa  125  7e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3411  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 296 aa  125  7e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1442  LysR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 292 aa  125  7e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1330  LysR family substrate binding transcriptional regulator  34.96 
 
 		 292 aa  125  7e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0169  transcriptional regulator, LysR family  33.83 
 
 		 309 aa  125  9e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 304 aa  123  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0137  LysR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 307 aa  122  5e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4156  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 301 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3586  transcriptional regulator, LysR family  36.02 
 
 		 294 aa  119  6e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.59 
 
 		 294 aa  119  6e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.434273  normal  0.433607 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3727  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 301 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.837668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1712  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 301 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1422  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 295 aa  116  5e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.295916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 309 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0601  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 304 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0402  LysR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3489  LysR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 291 aa  112  5e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05259  transcriptional regulator  28.68 
 
 		 297 aa  112  8.000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>