More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_2020 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_2020  riboflavin synthase subunit alpha  100 
 
 
209 aa  426  1e-118  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.025182  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1952  riboflavin synthase subunit alpha  92.72 
 
 
206 aa  394  1e-109  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000576135  normal  0.348603 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2024  riboflavin synthase subunit alpha  92.23 
 
 
206 aa  394  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0115302  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2040  riboflavin synthase subunit alpha  92.72 
 
 
206 aa  394  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000661862  normal  0.015006 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2296  riboflavin synthase subunit alpha  90.78 
 
 
206 aa  385  1e-106  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2225  riboflavin synthase subunit alpha  89.81 
 
 
207 aa  381  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00109556  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2333  riboflavin synthase subunit alpha  89.81 
 
 
207 aa  383  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0365218  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2181  riboflavin synthase subunit alpha  89.81 
 
 
207 aa  383  1e-105  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000128558  normal  0.0219696 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2145  riboflavin synthase subunit alpha  88.83 
 
 
207 aa  377  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0110513  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2495  riboflavin synthase subunit alpha  79.6 
 
 
204 aa  335  1.9999999999999998e-91  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634088  hitchhiker  0.00287874 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2118  riboflavin synthase subunit alpha  76.12 
 
 
210 aa  326  2.0000000000000001e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00247576  normal  0.0673441 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2036  riboflavin synthase subunit alpha  75.74 
 
 
203 aa  322  3e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0357361  hitchhiker  0.00120392 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2267  riboflavin synthase subunit alpha  75.74 
 
 
205 aa  321  5e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00496217  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2030  riboflavin synthase subunit alpha  71.14 
 
 
204 aa  303  9.000000000000001e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1703  riboflavin synthase subunit alpha  68.66 
 
 
204 aa  290  2e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.043412  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1762  riboflavin synthase subunit alpha  64.18 
 
 
202 aa  270  1e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.117708  normal  0.0239338 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2674  riboflavin synthase subunit alpha  54.46 
 
 
211 aa  216  2e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1713  riboflavin synthase subunit alpha  53.23 
 
 
217 aa  215  2.9999999999999998e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1681  riboflavin synthase subunit alpha  53.37 
 
 
216 aa  215  5e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.665855  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2390  riboflavin synthase subunit alpha  53.11 
 
 
211 aa  214  5.9999999999999996e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.203472  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01633  riboflavin synthase subunit alpha  54.46 
 
 
213 aa  213  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1978  riboflavin synthase, alpha subunit  54.46 
 
 
213 aa  213  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000209039  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1876  riboflavin synthase subunit alpha  54.46 
 
 
213 aa  213  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000224926  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2375  riboflavin synthase subunit alpha  54.46 
 
 
213 aa  213  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00364593  normal  0.0367503 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1742  riboflavin synthase subunit alpha  54.46 
 
 
213 aa  213  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000343227  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01623  hypothetical protein  54.46 
 
 
213 aa  213  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1860  riboflavin synthase subunit alpha  54.46 
 
 
213 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000205404  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1535  riboflavin synthase subunit alpha  54.46 
 
 
213 aa  213  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0455024  hitchhiker  0.00124186 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1967  riboflavin synthase subunit alpha  54.46 
 
 
213 aa  213  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.756733  hitchhiker  0.00000222488 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1522  riboflavin synthase subunit alpha  53.47 
 
 
213 aa  211  7.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.301438  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1917  riboflavin synthase subunit alpha  53.47 
 
 
213 aa  211  7.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1748  riboflavin synthase subunit alpha  53.47 
 
 
213 aa  211  7.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000886899  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1536  riboflavin synthase subunit alpha  53.47 
 
 
213 aa  211  9e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.354258  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1559  riboflavin synthase subunit alpha  53.47 
 
 
213 aa  210  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.403477  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1784  riboflavin synthase subunit alpha  51.2 
 
 
212 aa  210  2e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00999549 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2190  riboflavin synthase subunit alpha  51.76 
 
 
216 aa  202  2e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00893234  hitchhiker  0.00000497991 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1751  riboflavin synthase subunit alpha  51.49 
 
 
218 aa  202  4e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311618  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2577  riboflavin synthase subunit alpha  51.49 
 
 
218 aa  200  9.999999999999999e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1383  riboflavin synthase subunit alpha  51.98 
 
 
203 aa  201  9.999999999999999e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.850296  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1857  riboflavin synthase subunit alpha  51.49 
 
 
218 aa  201  9.999999999999999e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.462262  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0812  riboflavin synthase subunit alpha  50 
 
 
202 aa  199  3e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02237  riboflavin synthase subunit alpha  48.76 
 
 
203 aa  199  3e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1940  riboflavin synthase subunit alpha  49.25 
 
 
205 aa  196  2.0000000000000003e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003523  lumazine protein  50.74 
 
 
203 aa  193  2e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.942929  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2867  riboflavin synthase subunit alpha  43.14 
 
 
209 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.999273 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2099  riboflavin synthase subunit alpha  46.57 
 
 
204 aa  183  2.0000000000000003e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2113  riboflavin synthase subunit alpha  47.09 
 
 
235 aa  179  4e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.187169 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2115  riboflavin synthase subunit alpha  42.16 
 
 
205 aa  178  4e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.757101  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2775  riboflavin synthase subunit alpha  41.06 
 
 
209 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.499359  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4731  riboflavin synthase subunit alpha  44.44 
 
 
235 aa  175  5e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2916  riboflavin synthase subunit alpha  41.06 
 
 
209 aa  175  6e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.619819  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0087  riboflavin synthase subunit alpha  45.37 
 
 
207 aa  172  3.9999999999999995e-42  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0316788  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1865  riboflavin synthase subunit alpha  42.72 
 
 
218 aa  169  3e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.470997  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3429  riboflavin synthase subunit alpha  43.06 
 
 
238 aa  164  5.9999999999999996e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.399055  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5723  riboflavin synthase subunit alpha  41.55 
 
 
234 aa  164  1.0000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.01775  normal  0.65514 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4077  riboflavin synthase subunit alpha  43.06 
 
 
238 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.578538 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3144  riboflavin synthase subunit alpha  43.41 
 
 
236 aa  163  2.0000000000000002e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.212447  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1243  riboflavin synthase, alpha subunit  42.93 
 
 
210 aa  162  3e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4434  riboflavin synthase subunit alpha  43.43 
 
 
237 aa  159  3e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.563917  normal  0.0752647 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3729  riboflavin synthase subunit alpha  42.03 
 
 
237 aa  155  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.794278  normal  0.402908 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4568  riboflavin synthase subunit alpha  42.03 
 
 
237 aa  155  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3795  riboflavin synthase subunit alpha  42.03 
 
 
237 aa  155  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.488761  normal  0.214246 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2300  riboflavin synthase subunit alpha  40.58 
 
 
237 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.745499  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3686  riboflavin synthase subunit alpha  41.06 
 
 
237 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0704066  normal  0.536312 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5522  riboflavin synthase subunit alpha  41.06 
 
 
237 aa  150  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.189133  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_8148  predicted protein  43.09 
 
 
188 aa  149  3e-35  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.564807  normal  0.0620362 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1372  riboflavin synthase subunit alpha  39.5 
 
 
199 aa  138  6e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.336061  normal  0.17313 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1078  riboflavin synthase subunit alpha  39.02 
 
 
205 aa  137  2e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1595  riboflavin synthase subunit alpha  39.09 
 
 
213 aa  134  8e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000438085  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18150  riboflavin synthase, alpha subunit  38.92 
 
 
200 aa  132  3.9999999999999996e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0685  riboflavin synthase subunit alpha  37.56 
 
 
198 aa  130  1.0000000000000001e-29  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.187161  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3865  riboflavin synthase, alpha subunit  39.3 
 
 
198 aa  130  1.0000000000000001e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0478326 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1073  riboflavin synthase subunit alpha  39.13 
 
 
215 aa  127  1.0000000000000001e-28  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2996  riboflavin synthase, alpha subunit  38.35 
 
 
202 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.427798  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3023  riboflavin synthase subunit alpha  37.81 
 
 
214 aa  127  1.0000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.20126  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0474  riboflavin synthase, alpha subunit  35.5 
 
 
218 aa  126  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000469056 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0298  riboflavin synthase, alpha subunit  35.5 
 
 
218 aa  126  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1254  riboflavin synthase subunit alpha  39.13 
 
 
209 aa  127  2.0000000000000002e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1017  riboflavin synthase subunit alpha  36.04 
 
 
217 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.743536  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1036  riboflavin synthase subunit alpha  39.2 
 
 
219 aa  126  3e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00015592  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1304  riboflavin synthase, alpha subunit  37.68 
 
 
216 aa  125  4.0000000000000003e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.851086  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2299  riboflavin synthase subunit alpha  38.31 
 
 
221 aa  125  5e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.433385  hitchhiker  0.00000264198 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0177  riboflavin synthase subunit alpha  39.25 
 
 
210 aa  125  5e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.767417  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1522  riboflavin synthase, alpha subunit  41.21 
 
 
217 aa  125  5e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0021  riboflavin synthase, alpha subunit  37.81 
 
 
207 aa  124  7e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1187  riboflavin synthase subunit alpha  36.65 
 
 
204 aa  124  8.000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01419  riboflavin synthase subunit alpha  37.37 
 
 
220 aa  124  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000127826  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1181  riboflavin synthase subunit alpha  36.13 
 
 
204 aa  123  2e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4279  riboflavin synthase, alpha subunit  36.67 
 
 
203 aa  123  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.596839  normal  0.0272577 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3478  riboflavin synthase, alpha subunit  36.5 
 
 
200 aa  123  3e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0244211  normal  0.131699 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1227  riboflavin synthase subunit alpha  37.31 
 
 
214 aa  122  3e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00725897 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0937  riboflavin synthase, alpha subunit  36.82 
 
 
217 aa  122  5e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3457  riboflavin synthase subunit alpha  37.19 
 
 
220 aa  121  6e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00766476 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1273  riboflavin synthase subunit alpha  35.98 
 
 
251 aa  122  6e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.373271  normal  0.402844 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_972  riboflavin synthase, alpha subunit  40.22 
 
 
205 aa  121  7e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0666054  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2354  riboflavin synthase, alpha subunit  36.63 
 
 
215 aa  121  7e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0725923  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15720  riboflavin synthase, alpha subunit  34.93 
 
 
208 aa  121  7e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1981  riboflavin synthase subunit alpha  35.82 
 
 
216 aa  121  8e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0547  riboflavin synthase subunit alpha  37.19 
 
 
217 aa  121  9e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1684  Lumazine-binding protein  38.46 
 
 
196 aa  120  9.999999999999999e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.137212  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>