More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_0519 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_0519  pseudouridine synthase  100 
 
 		 305 aa  636    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0459  pseudouridine synthase  85.9 
 
 		 305 aa  557  1e-158  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3881  pseudouridine synthase  85.57 
 
 		 305 aa  555  1e-157  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.792189  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0445  pseudouridine synthase  86.14 
 
 		 303 aa  555  1e-157  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0433  pseudouridine synthase  85.9 
 
 		 305 aa  557  1e-157  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3712  pseudouridine synthase  78.36 
 
 		 305 aa  507  1e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0418  pseudouridine synthase  78.74 
 
 		 308 aa  499  1e-140  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3537  pseudouridine synthase  78.07 
 
 		 308 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.966501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0506  pseudouridine synthase  70.96 
 
 		 309 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0482  pseudouridine synthase  68.54 
 
 		 312 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4073  pseudouridine synthase  63.37 
 
 		 312 aa  418  1e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3557  pseudouridine synthase  64.69 
 
 		 326 aa  420  1e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.656396  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0572  pseudouridine synthase  61.31 
 
 		 306 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0549  pseudouridine synthase  57.05 
 
 		 312 aa  372  1e-102  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3348  pseudouridine synthase  53.92 
 
 		 313 aa  345  4e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0242654 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1531  pseudouridine synthase  50 
 
 		 303 aa  301  7.000000000000001e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.216028 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0257  pseudouridine synthase  47.77 
 
 		 293 aa  290  2e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0319588  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1330  pseudouridine synthase  47 
 
 		 293 aa  273  2.0000000000000002e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0166738  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2953  pseudouridine synthase  46.29 
 
 		 293 aa  271  9e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2937  pseudouridine synthase  42.07 
 
 		 302 aa  235  8e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.519419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1895  pseudouridine synthase  41.69 
 
 		 302 aa  230  2e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2906  pseudouridine synthase  42.76 
 
 		 303 aa  229  4e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.932753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1453  pseudouridine synthase  43.25 
 
 		 293 aa  226  3e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20160  RNA pseudouridine synthase family protein  43.06 
 
 		 301 aa  219  3e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2605  pseudouridine synthase  40.27 
 
 		 314 aa  217  2e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4738  pseudouridine synthase  40.14 
 
 		 303 aa  215  8e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4309  pseudouridine synthase  42.5 
 
 		 310 aa  215  9e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3964  pseudouridine synthase  42.47 
 
 		 297 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3244  RNA pseudouridine synthase family protein  43.45 
 
 		 275 aa  210  2e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38090  putative pseudouridylate synthase  41.54 
 
 		 300 aa  209  5e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0112741 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2133  pseudouridine synthase  43.17 
 
 		 313 aa  208  1e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112549  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  41.28 
 
 		 303 aa  203  3e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.727795 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1652  pseudouridine synthase  42.11 
 
 		 294 aa  202  4e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.192086  normal  0.562298 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2349  RNA pseudouridine synthase family protein  41.11 
 
 		 296 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189292  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1629  pseudouridine synthase  42.81 
 
 		 294 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3629  pseudouridine synthase  42.81 
 
 		 301 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2674  pseudouridine synthase  36.59 
 
 		 307 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0930515 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1777  pseudouridine synthase  36.59 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1623  pseudouridine synthase  39.3 
 
 		 292 aa  195  7e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449518  normal  0.260522 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0617  pseudouridine synthase  37.01 
 
 		 314 aa  191  2e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0745  pseudouridine synthase  35.64 
 
 		 326 aa  186  3e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1212  pseudouridine synthase  36.95 
 
 		 299 aa  186  4e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.415796  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0431  pseudouridine synthase  37.59 
 
 		 317 aa  182  5.0000000000000004e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.344664  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4251  pseudouridine synthase  34.49 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00270285  normal  0.0267319 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5332  pseudouridine synthase  38.25 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.776192  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0639  pseudouridine synthase  37.08 
 
 		 362 aa  174  1.9999999999999998e-42  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.898355 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02575  pseudouridylate synthase  43.54 
 
 		 206 aa  172  5.999999999999999e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4820  pseudouridine synthase  37.94 
 
 		 286 aa  172  9e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1621  pseudouridine synthase  37.26 
 
 		 285 aa  171  1e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153149 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1278  pseudouridine synthase  40.46 
 
 		 287 aa  170  3e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175088 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1251  pseudouridine synthase  39.69 
 
 		 287 aa  168  1e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.375028  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0554  pseudouridine synthase  35.79 
 
 		 299 aa  167  1e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1268  pseudouridine synthase  39.69 
 
 		 287 aa  168  1e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0672  pseudouridine synthase  35.27 
 
 		 309 aa  166  4e-40  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.526087  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13329  hypothetical protein  36.13 
 
 		 305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03250  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  32.8 
 
 		 348 aa  159  7e-38  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.243016  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4011  pseudouridine synthase  39.91 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3559  pseudouridine synthase  34 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0932  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  35.15 
 
 		 254 aa  136  4e-31  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  33.47 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08910  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  31.85 
 
 		 316 aa  125  1e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.267328  normal  0.027473 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27171  pseudouridine synthase  25.98 
 
 		 338 aa  95.5  9e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2426  pseudouridine synthase  28.05 
 
 		 315 aa  95.1  1e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.181942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  34.7 
 
 		 211 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3978  pseudouridine synthase, RluA family  27.35 
 
 		 306 aa  92.8  7e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3242  pseudouridine synthase, RluA family  25.44 
 
 		 303 aa  91.7  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.341693  normal  0.607359 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  34.56 
 
 		 211 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4020  pseudouridine synthase, RluA family  26.95 
 
 		 306 aa  90.9  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  33.8 
 
 		 548 aa  87.4  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2192  pseudouridine synthase  34.43 
 
 		 226 aa  87  3e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  34.09 
 
 		 211 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2882  RluA family pseudouridine synthase  24.83 
 
 		 300 aa  87  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1692  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.07 
 
 		 211 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.251616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0655  pseudouridine synthase  30.3 
 
 		 241 aa  86.7  4e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10472  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2226  pseudouridine synthase, RluD  26.09 
 
 		 301 aa  85.9  7e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1600  pseudouridine synthase, RluA family  32.72 
 
 		 525 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.220651  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1232  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.29 
 
 		 211 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3067  pseudouridine synthase  29.48 
 
 		 256 aa  83.6  0.000000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3875  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.96 
 
 		 211 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0462638  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  26.55 
 
 		 323 aa  82.8  0.000000000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  32.88 
 
 		 211 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  26.55 
 
 		 318 aa  82.4  0.000000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4330  pseudouridine synthase, RluA family  26.11 
 
 		 323 aa  82.4  0.000000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  31.6 
 
 		 311 aa  82  0.00000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35140  Pseudouridylate synthase RluA  33.7 
 
 		 211 aa  81.6  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.484686  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5191  pseudouridine synthase, RluA family  24.71 
 
 		 308 aa  82  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000721787 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.43 
 
 		 218 aa  81.3  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  31.6 
 
 		 311 aa  81.3  0.00000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.32 
 
 		 308 aa  81.3  0.00000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22000  pseudouridine synthase RluA  33.49 
 
 		 211 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.921344  hitchhiker  0.0000000000442265 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.71 
 
 		 221 aa  80.1  0.00000000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00972645  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1879  pseudouridine synthase RluA  33.02 
 
 		 211 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.79 
 
 		 308 aa  80.1  0.00000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000579613  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0375  RluA family pseudouridine synthase  28.22 
 
 		 299 aa  79  0.00000000000009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000429003  hitchhiker  0.000000000105454 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2639  pseudouridine synthase  32.13 
 
 		 299 aa  78.6  0.0000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.465483  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1813  pseudouridine synthase, RluA family  30.09 
 
 		 526 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000000964916  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0175  pseudouridine synthase, RluA family  31 
 
 		 318 aa  78.6  0.0000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  30.77 
 
 		 218 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  34.26 
 
 		 215 aa  78.6  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0410  pseudouridine synthase  27.6 
 
 		 246 aa  78.2  0.0000000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.503733  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>