More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4292 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_4292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
254 aa  509  1e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.487626 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.54 
 
 
250 aa  325  6e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.8 
 
 
251 aa  320  9.999999999999999e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.14536 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7421  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.58 
 
 
253 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0308  putative short-chain dehydrogenase/reductase  54.66 
 
 
255 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.150139  normal  0.18902 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3424  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.16 
 
 
252 aa  239  2.9999999999999997e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.686314  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.6 
 
 
252 aa  234  1.0000000000000001e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  41.98 
 
 
254 aa  179  4e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.56 
 
 
254 aa  178  9e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0537  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.6 
 
 
256 aa  177  1e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0339  short chain dehydrogenase  41.83 
 
 
245 aa  175  6e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  39.2 
 
 
255 aa  174  9e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3895  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.04 
 
 
248 aa  174  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.589012  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2383  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.84 
 
 
253 aa  173  1.9999999999999998e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
272 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.382394  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6414  gluconate 5-dehydrogenase  35.48 
 
 
254 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0118789  normal  0.389185 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2430  short chain dehydrogenase  41.6 
 
 
248 aa  170  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
261 aa  169  3e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.718128 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1909  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.52 
 
 
253 aa  167  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00371976  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  40.08 
 
 
258 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2406  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  44.72 
 
 
241 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4511  gluconate 5-dehydrogenase  35.86 
 
 
254 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2133  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.68 
 
 
241 aa  166  4e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.617453 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.64 
 
 
251 aa  166  4e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1693  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.85 
 
 
253 aa  164  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.523034  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2643  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.85 
 
 
253 aa  164  1.0000000000000001e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.802213  normal  0.105966 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1803  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.85 
 
 
253 aa  164  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.711857  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
252 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0481  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.28 
 
 
241 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
257 aa  163  2.0000000000000002e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  36.61 
 
 
257 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3725  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
269 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.725023  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3288  gluconate 5-dehydrogenase  35.74 
 
 
254 aa  162  6e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.978364  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
252 aa  162  7e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2032  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.71 
 
 
253 aa  161  8.000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1971  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.71 
 
 
253 aa  161  8.000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
264 aa  161  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2202  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.9 
 
 
253 aa  161  1e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0773662  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3231  short chain dehydrogenase  40.24 
 
 
245 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.304941  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
255 aa  160  2e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1913  short chain dehydrogenase  41.37 
 
 
248 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.874214  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1926  short chain dehydrogenase  41.37 
 
 
248 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00605891  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1193  short chain dehydrogenase  41.37 
 
 
248 aa  159  3e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2074  short chain dehydrogenase  41.37 
 
 
248 aa  159  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.157248  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0862  short chain dehydrogenase  41.37 
 
 
248 aa  159  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.140204  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1636  short chain dehydrogenase  41.37 
 
 
248 aa  159  3e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.140639  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0299  short chain dehydrogenase  41.37 
 
 
248 aa  159  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.71932  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3295  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.11 
 
 
253 aa  159  5e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.291132 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4345  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.02 
 
 
253 aa  159  6e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.108758  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.02 
 
 
253 aa  159  6e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.564431  normal  0.112699 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
257 aa  158  7e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.41 
 
 
253 aa  158  7e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0380  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
266 aa  158  8e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.461648 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4719  short chain dehydrogenase  40.87 
 
 
252 aa  158  9e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.358577 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0848  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.9 
 
 
253 aa  157  1e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0873  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.9 
 
 
253 aa  157  1e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3168  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.71 
 
 
253 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3233  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.71 
 
 
253 aa  157  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000782926 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2989  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.9 
 
 
253 aa  157  1e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0709919  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3349  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.31 
 
 
253 aa  157  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.143786 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4196  short chain dehydrogenase  41.27 
 
 
252 aa  157  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3248  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.71 
 
 
253 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000371746 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
265 aa  157  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.56 
 
 
255 aa  157  2e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2990  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.9 
 
 
253 aa  156  3e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.916776  normal  0.048185 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
257 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.600374  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0468  gluconate 5-dehydrogenase  39.11 
 
 
251 aa  156  3e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.175213  normal  0.323536 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3185  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.31 
 
 
253 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.358502  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000923  5-keto-D-gluconate 5-reductase  36.69 
 
 
253 aa  156  4e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
260 aa  155  5.0000000000000005e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3515  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.34 
 
 
255 aa  155  6e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3083  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
259 aa  155  7e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192229  normal  0.191447 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
267 aa  155  7e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0843841 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.51 
 
 
248 aa  155  7e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9124  gluconate 5-dehydrogenase  37.35 
 
 
256 aa  155  8e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.991877  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6443  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
253 aa  155  8e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.246968  normal  0.169503 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4111  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.5 
 
 
253 aa  154  9e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000566262 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3164  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.5 
 
 
253 aa  154  9e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46750  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 
257 aa  153  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.658343  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5468  short chain dehydrogenase  42.62 
 
 
241 aa  153  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.107727 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0919  putative oxidoreductase  38.1 
 
 
257 aa  154  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.902502  normal  0.888241 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
257 aa  153  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3552  short chain dehydrogenase  42.62 
 
 
241 aa  153  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 
255 aa  154  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
257 aa  153  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4815  short chain dehydrogenase  42.62 
 
 
241 aa  153  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.889502 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
257 aa  152  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00108701 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1819  glucose 1-dehydrogenase  38.4 
 
 
261 aa  152  4e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00010189  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
251 aa  152  5e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
256 aa  152  5e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.624972 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2006  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.02 
 
 
265 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.243411  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.08 
 
 
255 aa  152  7e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0260  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.29 
 
 
252 aa  151  8e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.734052  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2353  gluconate 5-dehydrogenase  40.4 
 
 
262 aa  151  8e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 
254 aa  151  8.999999999999999e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0349  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.4 
 
 
257 aa  151  1e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.202503  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22070  short chain dehydrogenase  39.37 
 
 
252 aa  151  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.99 
 
 
254 aa  151  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 
255 aa  151  1e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.649375  normal  0.270956 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 
255 aa  150  1e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>