More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_1623 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_1623  pseudouridine synthase  100 
 
 		 292 aa  584  1e-166  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449518  normal  0.260522 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38090  putative pseudouridylate synthase  63.08 
 
 		 300 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0112741 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3244  RNA pseudouridine synthase family protein  63.9 
 
 		 275 aa  328  8e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1453  pseudouridine synthase  60.28 
 
 		 293 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2133  pseudouridine synthase  58.48 
 
 		 313 aa  323  2e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112549  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2349  RNA pseudouridine synthase family protein  59.93 
 
 		 296 aa  322  3e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189292  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20160  RNA pseudouridine synthase family protein  59.3 
 
 		 301 aa  315  7e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1652  pseudouridine synthase  58.27 
 
 		 294 aa  312  4.999999999999999e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.192086  normal  0.562298 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3629  pseudouridine synthase  58.99 
 
 		 301 aa  311  7.999999999999999e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1629  pseudouridine synthase  57.3 
 
 		 294 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3964  pseudouridine synthase  55.16 
 
 		 297 aa  296  2e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2906  pseudouridine synthase  51.57 
 
 		 303 aa  285  5e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.932753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2605  pseudouridine synthase  51.38 
 
 		 314 aa  281  8.000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2674  pseudouridine synthase  49.83 
 
 		 307 aa  271  1e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0930515 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1777  pseudouridine synthase  50.53 
 
 		 304 aa  266  2.9999999999999995e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4251  pseudouridine synthase  50.35 
 
 		 305 aa  262  4e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00270285  normal  0.0267319 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2937  pseudouridine synthase  49.47 
 
 		 302 aa  262  4e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.519419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1895  pseudouridine synthase  49.29 
 
 		 302 aa  257  2e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0257  pseudouridine synthase  47.72 
 
 		 293 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0319588  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4309  pseudouridine synthase  48.97 
 
 		 310 aa  242  7e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02575  pseudouridylate synthase  60.68 
 
 		 206 aa  239  2.9999999999999997e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4738  pseudouridine synthase  48.25 
 
 		 303 aa  234  2.0000000000000002e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1212  pseudouridine synthase  47.2 
 
 		 299 aa  225  7e-58  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.415796  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2953  pseudouridine synthase  46.89 
 
 		 293 aa  224  9e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1531  pseudouridine synthase  45.52 
 
 		 303 aa  223  2e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.216028 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  45.17 
 
 		 303 aa  222  7e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.727795 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1330  pseudouridine synthase  47.45 
 
 		 293 aa  220  3e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0166738  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5332  pseudouridine synthase  44.88 
 
 		 302 aa  213  2.9999999999999995e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.776192  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3348  pseudouridine synthase  39.72 
 
 		 313 aa  204  2e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0242654 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0572  pseudouridine synthase  40.21 
 
 		 306 aa  203  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0745  pseudouridine synthase  41.36 
 
 		 326 aa  201  9.999999999999999e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0506  pseudouridine synthase  41.05 
 
 		 309 aa  199  3e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0482  pseudouridine synthase  40.41 
 
 		 312 aa  199  5e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3557  pseudouridine synthase  37.54 
 
 		 326 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.656396  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0639  pseudouridine synthase  40.77 
 
 		 362 aa  196  3e-49  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.898355 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4073  pseudouridine synthase  39.65 
 
 		 312 aa  195  6e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0519  pseudouridine synthase  39.3 
 
 		 305 aa  195  7e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0549  pseudouridine synthase  38.81 
 
 		 312 aa  194  2e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0617  pseudouridine synthase  40.56 
 
 		 314 aa  194  2e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3881  pseudouridine synthase  38.95 
 
 		 305 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.792189  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0459  pseudouridine synthase  38.95 
 
 		 305 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0554  pseudouridine synthase  40.22 
 
 		 299 aa  189  5e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03250  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  40 
 
 		 348 aa  189  5e-47  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.243016  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0433  pseudouridine synthase  40 
 
 		 305 aa  189  5e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0445  pseudouridine synthase  39.44 
 
 		 303 aa  188  8e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3537  pseudouridine synthase  39.56 
 
 		 308 aa  187  2e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.966501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0418  pseudouridine synthase  39.56 
 
 		 308 aa  186  4e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3712  pseudouridine synthase  40 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13329  hypothetical protein  45.37 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1621  pseudouridine synthase  39.72 
 
 		 285 aa  180  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153149 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0672  pseudouridine synthase  42.03 
 
 		 309 aa  179  2.9999999999999997e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.526087  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4011  pseudouridine synthase  42.7 
 
 		 305 aa  178  8e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4820  pseudouridine synthase  42.8 
 
 		 286 aa  173  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0932  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  40.16 
 
 		 254 aa  171  1e-41  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0431  pseudouridine synthase  43.33 
 
 		 317 aa  168  9e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.344664  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3559  pseudouridine synthase  40.08 
 
 		 304 aa  161  1e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  40.14 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1278  pseudouridine synthase  38.3 
 
 		 287 aa  149  7e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175088 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1251  pseudouridine synthase  37.59 
 
 		 287 aa  142  6e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.375028  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1268  pseudouridine synthase  37.59 
 
 		 287 aa  142  6e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08910  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  36.89 
 
 		 316 aa  130  2.0000000000000002e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.267328  normal  0.027473 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3242  pseudouridine synthase, RluA family  29.54 
 
 		 303 aa  105  6e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.341693  normal  0.607359 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4020  pseudouridine synthase, RluA family  31.62 
 
 		 306 aa  104  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3978  pseudouridine synthase, RluA family  33.47 
 
 		 306 aa  104  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5191  pseudouridine synthase, RluA family  30.67 
 
 		 308 aa  102  7e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000721787 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2426  pseudouridine synthase  33.75 
 
 		 315 aa  99.8  5e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.181942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  32.99 
 
 		 331 aa  95.9  6e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2882  RluA family pseudouridine synthase  31.47 
 
 		 300 aa  95.5  9e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  37.1 
 
 		 541 aa  93.2  4e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2226  pseudouridine synthase, RluD  31.99 
 
 		 301 aa  92.4  9e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  32.69 
 
 		 211 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  34.78 
 
 		 211 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2106  pseudouridine synthase  32.73 
 
 		 315 aa  89.4  7e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4330  pseudouridine synthase, RluA family  30.8 
 
 		 323 aa  89  8e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.43 
 
 		 308 aa  89  9e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  34.3 
 
 		 211 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4321  RluA family pseudouridine synthase  30.68 
 
 		 350 aa  88.6  1e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2180  pseudouridine synthase, RluA family  34.62 
 
 		 327 aa  87.4  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  30.5 
 
 		 323 aa  87  3e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  34.45 
 
 		 211 aa  87  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  31.35 
 
 		 226 aa  86.7  4e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  34.93 
 
 		 215 aa  86.7  4e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3875  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.21 
 
 		 211 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0462638  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1232  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.3 
 
 		 211 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  29.18 
 
 		 318 aa  85.9  8e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  30.45 
 
 		 328 aa  85.5  9e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0195  pseudouridine synthase, RluD  32.54 
 
 		 299 aa  85.1  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0653986  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_8859  predicted protein  32.74 
 
 		 168 aa  84.7  0.000000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00776718  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1328  pseudouridine synthase RluA-like  31.95 
 
 		 238 aa  84  0.000000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.182697  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2314  pseudouridine synthase, RluD  33.94 
 
 		 334 aa  84  0.000000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.651442  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0087  RluA family pseudouridine synthase  34.53 
 
 		 344 aa  83.6  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.73 
 
 		 324 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.466312 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  32.74 
 
 		 318 aa  83.6  0.000000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  33.64 
 
 		 356 aa  82.8  0.000000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22000  pseudouridine synthase RluA  33.82 
 
 		 211 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.921344  hitchhiker  0.0000000000442265 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  30.87 
 
 		 225 aa  82.4  0.000000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0207  pseudouridine synthase, RluA family  35.07 
 
 		 302 aa  82.4  0.000000000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11940  Pseudouridine synthase  34.11 
 
 		 336 aa  81.6  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4953  pseudouridine synthase, RluA family  29.66 
 
 		 369 aa  81.6  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1879  pseudouridine synthase RluA  33.82 
 
 		 211 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>