139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3375 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3375  thioredoxin domain-containing protein  100 
 
 		 120 aa  250  6e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0578  thioredoxin domain-containing protein  94.17 
 
 		 120 aa  237  4e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3546  hypothetical protein  76.72 
 
 		 117 aa  198  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0658  thioredoxin domain-containing protein  70 
 
 		 115 aa  166  9e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0689  thioredoxin domain-containing protein  68.18 
 
 		 121 aa  166  1e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0534025  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0688  thioredoxin domain-containing protein  70 
 
 		 115 aa  165  2e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0678  thioredoxin domain-containing protein  67.89 
 
 		 119 aa  161  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0503  thioredoxin domain-containing protein  54.87 
 
 		 113 aa  132  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0732  hypothetical protein  70 
 
 		 80 aa  124  6e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3583  thioredoxin domain-containing protein  50 
 
 		 110 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0886  thiol-disulfide isomerase and thioredoxins  31.78 
 
 		 110 aa  82.8  0.000000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1211  hypothetical protein  39.33 
 
 		 122 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0342  thioredoxin-like  33.33 
 
 		 106 aa  77  0.00000000000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000844877  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2226  thiol-disulfide isomerase and thioredoxin  31.43 
 
 		 108 aa  72.8  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000281908  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00581  Thioredoxin domain-containing protein  37.08 
 
 		 289 aa  54.7  0.0000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0044  thioredoxin  37.14 
 
 		 139 aa  51.2  0.000005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0519  thioredoxin  29.55 
 
 		 280 aa  50.8  0.000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0504  thioredoxin  37.35 
 
 		 145 aa  50.1  0.000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0235096 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3683  thioredoxin-related  31.11 
 
 		 329 aa  50.1  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.418332  normal  0.641891 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0588  thioredoxin  27.55 
 
 		 141 aa  49.3  0.00002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.99153  normal  0.710013 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2062  thioredoxin domain-containing protein  24.75 
 
 		 111 aa  48.9  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000000228901  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1535  thioredoxin  33.72 
 
 		 269 aa  49.3  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000141662  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0360  thioredoxin  27.47 
 
 		 109 aa  48.5  0.00003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0520  thioredoxin  36.14 
 
 		 145 aa  48.1  0.00004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.609436  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0739  thioredoxin  30.95 
 
 		 104 aa  47.8  0.00005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.186683  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0675  thioredoxin domain-containing protein  32.1 
 
 		 297 aa  47.8  0.00006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.357396  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0796  thioredoxin  31.33 
 
 		 281 aa  47  0.00008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0505807  normal  0.147714 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4527  thioredoxin domain-containing protein  34.44 
 
 		 140 aa  46.6  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.509304  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4614  thioredoxin domain-containing protein  34.44 
 
 		 140 aa  46.6  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2633  thioredoxin 2  27.17 
 
 		 144 aa  46.6  0.0001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0747279  normal  0.647766 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0618  thioredoxin  30.14 
 
 		 146 aa  46.6  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.300495 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4910  thioredoxin domain-containing protein  34.44 
 
 		 140 aa  46.6  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3067  thioredoxin 2  31.82 
 
 		 139 aa  46.2  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110629 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2211  thioredoxin  32.93 
 
 		 108 aa  46.6  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1048  thioredoxin domain-containing protein  27.78 
 
 		 331 aa  46.6  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.157412  normal  0.991017 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0726  thioredoxin  31.33 
 
 		 281 aa  46.6  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0681266  normal  0.772091 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0052  thioredoxin  33.85 
 
 		 135 aa  45.8  0.0002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.263175  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3396  putative thioredoxin  29.49 
 
 		 104 aa  45.4  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.950013  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1979  thioredoxin  29.76 
 
 		 123 aa  45.8  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.379887  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1647  thioredoxin  29.76 
 
 		 123 aa  45.8  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.019473  hitchhiker  0.00109876 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3369  thioredoxin  27.78 
 
 		 145 aa  46.2  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0651  thioredoxin  31.17 
 
 		 145 aa  46.2  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2559  hypothetical protein  25.22 
 
 		 118 aa  45.4  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1700  glutaredoxin 2  28.09 
 
 		 89 aa  45.4  0.0002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.947077  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2612  hypothetical protein  25.22 
 
 		 118 aa  45.4  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3746  thioredoxin 2  32 
 
 		 139 aa  46.2  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0426418  normal  0.35545 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0664  Thioredoxin domain protein  27.27 
 
 		 282 aa  46.2  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.000000362321  hitchhiker  0.00000255831 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0690  thioredoxin 2  31.17 
 
 		 144 aa  45.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.555698  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2376  thioredoxin-related  29.13 
 
 		 286 aa  44.7  0.0004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.036483  normal  0.757224 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2371  thioredoxin domain-containing protein  29.11 
 
 		 303 aa  45.1  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.880736 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1332  thioredoxin  28.89 
 
 		 159 aa  44.7  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.636016  normal  0.90337 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4857  thioredoxin  29.87 
 
 		 149 aa  44.3  0.0005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0651815  n/a   
 
 
-
 
NC_011682  PHATRDRAFT_56519  predicted protein  30.77 
 
 		 700 aa  44.3  0.0005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.532885  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0928  thioredoxin  25.93 
 
 		 147 aa  44.3  0.0006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2843  thioredoxin 2  28.77 
 
 		 139 aa  44.3  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2977  thioredoxin 2  28.77 
 
 		 139 aa  44.3  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0978039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2759  thioredoxin 2  28.77 
 
 		 139 aa  44.3  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00143779  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0471  Thioredoxin domain  26.25 
 
 		 105 aa  44.3  0.0006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1199  thioredoxin  29 
 
 		 268 aa  44.3  0.0006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0450617 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2861  thioredoxin 2  28.77 
 
 		 139 aa  44.3  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.350907  normal  0.503198 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2865  thioredoxin 2  28.77 
 
 		 139 aa  44.3  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0216262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0889  glutaredoxin 2  26.97 
 
 		 91 aa  43.9  0.0007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.816837  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1254  thioredoxin  29.87 
 
 		 144 aa  43.9  0.0008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1954  Thioredoxin domain protein  28.26 
 
 		 313 aa  43.5  0.0009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0686118  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1925  Thioredoxin domain-containing protein  28.92 
 
 		 299 aa  43.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3283  thioredoxin  25 
 
 		 147 aa  43.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0303  thioredoxin  27.94 
 
 		 126 aa  43.5  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0743  thioredoxin  28.92 
 
 		 282 aa  42.7  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2864  thioredoxin domain-containing protein  34.48 
 
 		 272 aa  43.1  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.499317  normal  0.13279 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04950  thioredoxin  30.26 
 
 		 105 aa  43.1  0.001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0776  thioredoxin  30.67 
 
 		 138 aa  43.1  0.001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.116689 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3219  thioredoxin  28.92 
 
 		 282 aa  43.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02476  thioredoxin 2  28.79 
 
 		 139 aa  42.7  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.953967  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1086  thioredoxin  28.79 
 
 		 139 aa  42.7  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0403998  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0326  Thioredoxin domain protein  30.86 
 
 		 88 aa  42.4  0.002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1305  thioredoxin  25 
 
 		 235 aa  42.4  0.002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.277929  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02440  hypothetical protein  28.79 
 
 		 139 aa  42.7  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.934703  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0053  thioredoxin  26.19 
 
 		 146 aa  42.4  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000803765  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0818  thioredoxin  28.42 
 
 		 136 aa  42.4  0.002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1161  thioredoxin  28.21 
 
 		 146 aa  42.4  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.403386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2636  thioredoxin  26.92 
 
 		 280 aa  42.7  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_31831  Thioredoxin (Trx)  32.43 
 
 		 129 aa  42.4  0.002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.986588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28263  thioredoxin  29.49 
 
 		 338 aa  42.4  0.002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.135642  normal  0.918036 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2739  thioredoxin 2  28.79 
 
 		 139 aa  42.7  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.025352  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2869  thioredoxin 2  28.79 
 
 		 139 aa  42.7  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.162737  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1095  thioredoxin 2  28.79 
 
 		 139 aa  42.7  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0753217  normal  0.13577 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2735  thioredoxin 2  28.79 
 
 		 139 aa  42.7  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0139217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_2808  predicted protein  30.77 
 
 		 272 aa  42.4  0.002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2954  thioredoxin 2  28.79 
 
 		 139 aa  42.7  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0189312  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3819  thioredoxin 2  28.79 
 
 		 139 aa  42.7  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00147303  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1412  thioredoxin  40 
 
 		 104 aa  42.4  0.002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2914  thioredoxin  28.92 
 
 		 285 aa  42.4  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2111  thioredoxin, putative  28.4 
 
 		 108 aa  42  0.003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.394988  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0822  thioredoxin  26.14 
 
 		 310 aa  41.6  0.003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.606093  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1595  thioredoxin  29.03 
 
 		 287 aa  42  0.003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.385204  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1608  thioredoxin  30 
 
 		 131 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00442059  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0318  thioredoxin  33.75 
 
 		 287 aa  42  0.003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1645  glutaredoxin 2  30.34 
 
 		 89 aa  41.6  0.003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2559  YdfQ  25 
 
 		 122 aa  42  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  5.5439e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0172  thioredoxin  28.05 
 
 		 154 aa  41.6  0.004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>