More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1952 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1952  riboflavin synthase subunit alpha  100 
 
 		 206 aa  421  1e-117  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000576135  normal  0.348603 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2024  riboflavin synthase subunit alpha  99.51 
 
 		 206 aa  420  1e-117  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0115302  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2040  riboflavin synthase subunit alpha  100 
 
 		 206 aa  421  1e-117  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000661862  normal  0.015006 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2296  riboflavin synthase subunit alpha  95.63 
 
 		 206 aa  402  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2020  riboflavin synthase subunit alpha  92.72 
 
 		 209 aa  394  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.025182  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2225  riboflavin synthase subunit alpha  88.83 
 
 		 207 aa  377  1e-104  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00109556  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2333  riboflavin synthase subunit alpha  88.83 
 
 		 207 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0365218  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2181  riboflavin synthase subunit alpha  88.83 
 
 		 207 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000128558  normal  0.0219696 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2145  riboflavin synthase subunit alpha  87.86 
 
 		 207 aa  373  1e-103  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0110513  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2495  riboflavin synthase subunit alpha  81.59 
 
 		 204 aa  342  2e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634088  hitchhiker  0.00287874 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2118  riboflavin synthase subunit alpha  79.6 
 
 		 210 aa  337  9e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00247576  normal  0.0673441 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2267  riboflavin synthase subunit alpha  79.21 
 
 		 205 aa  334  3.9999999999999995e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00496217  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2036  riboflavin synthase subunit alpha  78.22 
 
 		 203 aa  328  2e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0357361  hitchhiker  0.00120392 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2030  riboflavin synthase subunit alpha  71.14 
 
 		 204 aa  306  1.0000000000000001e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1703  riboflavin synthase subunit alpha  69.15 
 
 		 204 aa  290  1e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.043412  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1762  riboflavin synthase subunit alpha  66.17 
 
 		 202 aa  275  4e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.117708  normal  0.0239338 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1713  riboflavin synthase subunit alpha  54.73 
 
 		 217 aa  221  6e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2674  riboflavin synthase subunit alpha  55.94 
 
 		 211 aa  219  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2390  riboflavin synthase subunit alpha  55.94 
 
 		 211 aa  217  1e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.203472  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1681  riboflavin synthase subunit alpha  54.95 
 
 		 216 aa  216  1e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.665855  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1917  riboflavin synthase subunit alpha  53.96 
 
 		 213 aa  214  8e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1748  riboflavin synthase subunit alpha  53.96 
 
 		 213 aa  214  8e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000886899  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1522  riboflavin synthase subunit alpha  53.96 
 
 		 213 aa  214  8e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.301438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1559  riboflavin synthase subunit alpha  53.96 
 
 		 213 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.403477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1784  riboflavin synthase subunit alpha  53.47 
 
 		 212 aa  213  9.999999999999999e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00999549 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1536  riboflavin synthase subunit alpha  53.96 
 
 		 213 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.354258  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01633  riboflavin synthase subunit alpha  53.96 
 
 		 213 aa  212  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1978  riboflavin synthase, alpha subunit  53.96 
 
 		 213 aa  212  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000209039  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1860  riboflavin synthase subunit alpha  53.96 
 
 		 213 aa  212  1.9999999999999998e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000205404  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1967  riboflavin synthase subunit alpha  53.96 
 
 		 213 aa  212  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.756733  hitchhiker  0.00000222488 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2375  riboflavin synthase subunit alpha  53.96 
 
 		 213 aa  213  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00364593  normal  0.0367503 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01623  hypothetical protein  53.96 
 
 		 213 aa  212  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1876  riboflavin synthase subunit alpha  53.96 
 
 		 213 aa  212  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000224926  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1535  riboflavin synthase subunit alpha  53.96 
 
 		 213 aa  212  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0455024  hitchhiker  0.00124186 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1742  riboflavin synthase subunit alpha  53.96 
 
 		 213 aa  212  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000343227  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1383  riboflavin synthase subunit alpha  54.46 
 
 		 203 aa  210  1e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.850296  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1751  riboflavin synthase subunit alpha  52.48 
 
 		 218 aa  207  6e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311618  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1857  riboflavin synthase subunit alpha  52.48 
 
 		 218 aa  206  1e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.462262  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02237  riboflavin synthase subunit alpha  51.74 
 
 		 203 aa  207  1e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2577  riboflavin synthase subunit alpha  52.48 
 
 		 218 aa  206  1e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2190  riboflavin synthase subunit alpha  53.27 
 
 		 216 aa  207  1e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00893234  hitchhiker  0.00000497991 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003523  lumazine protein  52.24 
 
 		 203 aa  200  9.999999999999999e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.942929  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0812  riboflavin synthase subunit alpha  50 
 
 		 202 aa  199  1.9999999999999998e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1940  riboflavin synthase subunit alpha  48.76 
 
 		 205 aa  194  5.000000000000001e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2099  riboflavin synthase subunit alpha  47.78 
 
 		 204 aa  186  2e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2867  riboflavin synthase subunit alpha  43.43 
 
 		 209 aa  178  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.999273 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2113  riboflavin synthase subunit alpha  45.85 
 
 		 235 aa  177  1e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.187169 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0087  riboflavin synthase subunit alpha  46.08 
 
 		 207 aa  176  3e-43  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0316788  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2115  riboflavin synthase subunit alpha  42.93 
 
 		 205 aa  173  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.757101  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4731  riboflavin synthase subunit alpha  44.95 
 
 		 235 aa  172  3.9999999999999995e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2775  riboflavin synthase subunit alpha  41.92 
 
 		 209 aa  170  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.499359  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2916  riboflavin synthase subunit alpha  41.92 
 
 		 209 aa  169  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.619819  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3429  riboflavin synthase subunit alpha  44.95 
 
 		 238 aa  165  4e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.399055  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1243  riboflavin synthase, alpha subunit  43.9 
 
 		 210 aa  164  6.9999999999999995e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1865  riboflavin synthase subunit alpha  41.35 
 
 		 218 aa  164  6.9999999999999995e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.470997  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4077  riboflavin synthase subunit alpha  44.95 
 
 		 238 aa  164  8e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.578538 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5723  riboflavin synthase subunit alpha  41.92 
 
 		 234 aa  162  3e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.01775  normal  0.65514 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3144  riboflavin synthase subunit alpha  42.29 
 
 		 236 aa  158  6e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.212447  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4434  riboflavin synthase subunit alpha  43.43 
 
 		 237 aa  158  7e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.563917  normal  0.0752647 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3729  riboflavin synthase subunit alpha  42.42 
 
 		 237 aa  157  8e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.794278  normal  0.402908 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4568  riboflavin synthase subunit alpha  42.42 
 
 		 237 aa  157  8e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3795  riboflavin synthase subunit alpha  42.42 
 
 		 237 aa  157  8e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.488761  normal  0.214246 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3686  riboflavin synthase subunit alpha  41.92 
 
 		 237 aa  153  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0704066  normal  0.536312 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5522  riboflavin synthase subunit alpha  41.92 
 
 		 237 aa  153  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.189133  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_8148  predicted protein  43.09 
 
 		 188 aa  152  5e-36  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.564807  normal  0.0620362 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2300  riboflavin synthase subunit alpha  39.41 
 
 		 237 aa  149  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.745499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1078  riboflavin synthase subunit alpha  40.1 
 
 		 205 aa  141  6e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1372  riboflavin synthase subunit alpha  39.5 
 
 		 199 aa  136  2e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.336061  normal  0.17313 
 
 
-
 
NC_002620  TC0685  riboflavin synthase subunit alpha  39.6 
 
 		 198 aa  135  3.0000000000000003e-31  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.187161  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1595  riboflavin synthase subunit alpha  39.13 
 
 		 213 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000438085  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18150  riboflavin synthase, alpha subunit  38.92 
 
 		 200 aa  131  6.999999999999999e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3865  riboflavin synthase, alpha subunit  38.31 
 
 		 198 aa  129  3e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0478326 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1254  riboflavin synthase subunit alpha  39.67 
 
 		 209 aa  129  4.0000000000000003e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1073  riboflavin synthase subunit alpha  38.59 
 
 		 215 aa  128  5.0000000000000004e-29  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1522  riboflavin synthase, alpha subunit  41.21 
 
 		 217 aa  127  1.0000000000000001e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0474  riboflavin synthase, alpha subunit  36.76 
 
 		 218 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000469056 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3023  riboflavin synthase subunit alpha  37.25 
 
 		 214 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.20126  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1304  riboflavin synthase, alpha subunit  39.57 
 
 		 216 aa  127  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.851086  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1036  riboflavin synthase subunit alpha  39.46 
 
 		 219 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00015592  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0298  riboflavin synthase, alpha subunit  36.76 
 
 		 218 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2299  riboflavin synthase subunit alpha  37.81 
 
 		 221 aa  126  3e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.433385  hitchhiker  0.00000264198 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1017  riboflavin synthase subunit alpha  36.32 
 
 		 217 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.743536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4279  riboflavin synthase, alpha subunit  39.15 
 
 		 203 aa  124  7e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.596839  normal  0.0272577 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0021  riboflavin synthase, alpha subunit  38.31 
 
 		 207 aa  124  7e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3478  riboflavin synthase, alpha subunit  36.5 
 
 		 200 aa  124  1e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0244211  normal  0.131699 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1187  riboflavin synthase subunit alpha  36.65 
 
 		 204 aa  123  2e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3159  riboflavin synthase subunit alpha  38.92 
 
 		 218 aa  123  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00317838  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0937  riboflavin synthase, alpha subunit  36.82 
 
 		 217 aa  123  2e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1212  riboflavin synthase subunit alpha  38.92 
 
 		 218 aa  123  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.254692 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3158  riboflavin synthase subunit alpha  38.92 
 
 		 218 aa  123  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00280959  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10000  riboflavin synthase, alpha subunit  36.89 
 
 		 215 aa  122  3e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2777  riboflavin synthase subunit alpha  38.92 
 
 		 218 aa  122  3e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0829317  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1181  riboflavin synthase subunit alpha  36.13 
 
 		 204 aa  122  4e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2996  riboflavin synthase, alpha subunit  37.81 
 
 		 202 aa  122  4e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.427798  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1981  riboflavin synthase subunit alpha  38.04 
 
 		 216 aa  122  5e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1273  riboflavin synthase subunit alpha  35.32 
 
 		 251 aa  122  5e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.373271  normal  0.402844 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1227  riboflavin synthase subunit alpha  36.76 
 
 		 214 aa  121  6e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00725897 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0547  riboflavin synthase subunit alpha  36.18 
 
 		 217 aa  121  8e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1625  riboflavin synthase subunit alpha  36.59 
 
 		 216 aa  121  9e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00676611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0397  riboflavin synthase subunit alpha  38.31 
 
 		 216 aa  121  9e-27  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.174246  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>