More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_0433 on replicon NC_009665
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009665  Shew185_0433  pseudouridine synthase  100 
 
 		 305 aa  631  1e-180  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0459  pseudouridine synthase  98.03 
 
 		 305 aa  624  1e-178  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3881  pseudouridine synthase  98.36 
 
 		 305 aa  623  1e-177  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.792189  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0445  pseudouridine synthase  98.68 
 
 		 303 aa  621  1e-177  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0519  pseudouridine synthase  85.9 
 
 		 305 aa  557  1e-157  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3712  pseudouridine synthase  81.64 
 
 		 305 aa  531  1e-150  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0418  pseudouridine synthase  82.06 
 
 		 308 aa  526  1e-148  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3537  pseudouridine synthase  80.73 
 
 		 308 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.966501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0506  pseudouridine synthase  70.07 
 
 		 309 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0482  pseudouridine synthase  67.88 
 
 		 312 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4073  pseudouridine synthase  63.04 
 
 		 312 aa  424  1e-118  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3557  pseudouridine synthase  64.05 
 
 		 326 aa  427  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.656396  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0572  pseudouridine synthase  60 
 
 		 306 aa  410  1e-113  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0549  pseudouridine synthase  59.74 
 
 		 312 aa  384  1e-105  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3348  pseudouridine synthase  53.02 
 
 		 313 aa  346  3e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0242654 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1531  pseudouridine synthase  49.3 
 
 		 303 aa  296  4e-79  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.216028 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0257  pseudouridine synthase  46.44 
 
 		 293 aa  280  2e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0319588  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2953  pseudouridine synthase  44.84 
 
 		 293 aa  258  1e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1330  pseudouridine synthase  44.48 
 
 		 293 aa  256  4e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0166738  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1895  pseudouridine synthase  44.72 
 
 		 302 aa  241  7.999999999999999e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2937  pseudouridine synthase  42.41 
 
 		 302 aa  232  5e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.519419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2906  pseudouridine synthase  42.16 
 
 		 303 aa  228  1e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.932753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1453  pseudouridine synthase  42.76 
 
 		 293 aa  223  4e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3964  pseudouridine synthase  43.84 
 
 		 297 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4738  pseudouridine synthase  41.2 
 
 		 303 aa  218  1e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20160  RNA pseudouridine synthase family protein  41.5 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2605  pseudouridine synthase  39.02 
 
 		 314 aa  211  1e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38090  putative pseudouridylate synthase  41.91 
 
 		 300 aa  209  6e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0112741 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3244  RNA pseudouridine synthase family protein  43.07 
 
 		 275 aa  208  1e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4309  pseudouridine synthase  42.5 
 
 		 310 aa  206  4e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2674  pseudouridine synthase  37.98 
 
 		 307 aa  205  1e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0930515 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1629  pseudouridine synthase  42.46 
 
 		 294 aa  202  8e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3629  pseudouridine synthase  42.46 
 
 		 301 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1652  pseudouridine synthase  41.4 
 
 		 294 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.192086  normal  0.562298 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1777  pseudouridine synthase  36.93 
 
 		 304 aa  198  9e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2133  pseudouridine synthase  40.21 
 
 		 313 aa  196  3e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112549  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2349  RNA pseudouridine synthase family protein  40.55 
 
 		 296 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189292  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  40.79 
 
 		 303 aa  195  8.000000000000001e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.727795 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1623  pseudouridine synthase  40 
 
 		 292 aa  189  5e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449518  normal  0.260522 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1212  pseudouridine synthase  37.29 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.415796  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0617  pseudouridine synthase  40.77 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4251  pseudouridine synthase  35.64 
 
 		 305 aa  185  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00270285  normal  0.0267319 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0745  pseudouridine synthase  35.64 
 
 		 326 aa  182  4.0000000000000006e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5332  pseudouridine synthase  38.65 
 
 		 302 aa  182  7e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.776192  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0431  pseudouridine synthase  38.72 
 
 		 317 aa  182  8.000000000000001e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.344664  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0639  pseudouridine synthase  35.71 
 
 		 362 aa  173  3.9999999999999995e-42  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.898355 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02575  pseudouridylate synthase  43.54 
 
 		 206 aa  172  6.999999999999999e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4820  pseudouridine synthase  36.8 
 
 		 286 aa  168  1e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0554  pseudouridine synthase  35.44 
 
 		 299 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1621  pseudouridine synthase  36.16 
 
 		 285 aa  165  8e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153149 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03250  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  33.44 
 
 		 348 aa  165  1.0000000000000001e-39  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.243016  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13329  hypothetical protein  36.53 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1278  pseudouridine synthase  40 
 
 		 287 aa  163  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175088 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1251  pseudouridine synthase  39.26 
 
 		 287 aa  161  1e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.375028  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1268  pseudouridine synthase  39.26 
 
 		 287 aa  161  1e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0672  pseudouridine synthase  34.93 
 
 		 309 aa  161  2e-38  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.526087  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4011  pseudouridine synthase  39.91 
 
 		 305 aa  159  8e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3559  pseudouridine synthase  32.72 
 
 		 304 aa  136  6.0000000000000005e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0932  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  36.07 
 
 		 254 aa  135  9.999999999999999e-31  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  31.36 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08910  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  32.45 
 
 		 316 aa  119  4.9999999999999996e-26  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.267328  normal  0.027473 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27171  pseudouridine synthase  27.38 
 
 		 338 aa  100  4e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2426  pseudouridine synthase  28.46 
 
 		 315 aa  97.1  3e-19  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.181942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3242  pseudouridine synthase, RluA family  26.06 
 
 		 303 aa  95.9  7e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.341693  normal  0.607359 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  34.7 
 
 		 211 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  34.7 
 
 		 211 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3978  pseudouridine synthase, RluA family  27.06 
 
 		 306 aa  94  3e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4020  pseudouridine synthase, RluA family  25.79 
 
 		 306 aa  94  3e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  33.79 
 
 		 211 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2226  pseudouridine synthase, RluD  26.09 
 
 		 301 aa  87.4  3e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  26.58 
 
 		 318 aa  86.7  4e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2192  pseudouridine synthase  32.06 
 
 		 226 aa  87  4e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  26.16 
 
 		 323 aa  86.3  5e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4330  pseudouridine synthase, RluA family  26.16 
 
 		 323 aa  86.3  6e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1232  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.56 
 
 		 211 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1692  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.79 
 
 		 211 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.251616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2882  RluA family pseudouridine synthase  24.57 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5191  pseudouridine synthase, RluA family  25.1 
 
 		 308 aa  84  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000721787 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1600  pseudouridine synthase, RluA family  29.69 
 
 		 525 aa  83.2  0.000000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.220651  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3245  pseudouridine synthase  29.35 
 
 		 232 aa  82  0.00000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3875  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 211 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0462638  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  32.88 
 
 		 211 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0655  pseudouridine synthase  28.26 
 
 		 241 aa  80.9  0.00000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10472  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4321  RluA family pseudouridine synthase  25.42 
 
 		 350 aa  79.3  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  31.25 
 
 		 264 aa  79  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2529  pseudouridine synthase  30.9 
 
 		 578 aa  79  0.00000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  29.87 
 
 		 311 aa  78.6  0.0000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  29.87 
 
 		 311 aa  78.6  0.0000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3067  pseudouridine synthase  27.95 
 
 		 256 aa  78.6  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  31.35 
 
 		 239 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35140  Pseudouridylate synthase RluA  32.22 
 
 		 211 aa  77.8  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.484686  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22000  pseudouridine synthase RluA  32.55 
 
 		 211 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.921344  hitchhiker  0.0000000000442265 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  31.94 
 
 		 548 aa  77.8  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3012  RluA family pseudouridine synthase  28.99 
 
 		 311 aa  77.8  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.17598  normal  0.601739 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  30.74 
 
 		 320 aa  77.8  0.0000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  30.56 
 
 		 225 aa  77  0.0000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  31.19 
 
 		 218 aa  77  0.0000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  29.81 
 
 		 221 aa  76.6  0.0000000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00972645  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2639  pseudouridine synthase  31.22 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.465483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  33.16 
 
 		 224 aa  76.6  0.0000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>