More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_13810 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013165  Shel_13810  transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  619  1e-176  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07270  transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0147  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 296 aa  93.2  4e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3260  LysR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 305 aa  87  4e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.444883 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4576  LysR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 306 aa  86.7  5e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00764055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0367  transcriptional regulator  28.23 
 
 		 339 aa  86.3  6e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0891  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 304 aa  86.3  6e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1878  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 304 aa  86.3  6e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1724  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 304 aa  86.3  6e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0275  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 339 aa  86.3  6e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2155  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 304 aa  86.3  6e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1177  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 304 aa  86.3  6e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0370  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 305 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.825103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1624  transcriptional regulator CysB  25.78 
 
 		 324 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.239161  normal  0.11593 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2950  LysR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 305 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.954303 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2117  LysR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 305 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.052237  normal  0.387945 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1778  transcriptional regulator, LysR family  26.49 
 
 		 297 aa  79  0.00000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3534  LysR substrate-binding protein  26.12 
 
 		 292 aa  78.2  0.0000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6279  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 305 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.853618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1537  transcriptional regulator CysB  25.39 
 
 		 324 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000242596  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2649  transcriptional regulator CysB  24.9 
 
 		 324 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5863  Transcriptional regulator  26.87 
 
 		 299 aa  78.2  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2863  LysR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 305 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.97885  normal  0.374459 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1805  transcriptional regulator CysB  25.29 
 
 		 324 aa  77  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110232  normal  0.0101242 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1587  transcriptional regulator CysB  24.9 
 
 		 324 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.296126  normal  0.104148 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1662  transcriptional regulator CysB  24.9 
 
 		 324 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0319237  unclonable  0.0000181404 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1731  transcriptional regulator CysB  24.9 
 
 		 324 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00171097  normal  0.293254 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2723  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.13 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.63808  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2937  transcriptional regulator, LysR family  25.13 
 
 		 305 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2773  LysR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 305 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2839  transcriptional regulator CysB  24.8 
 
 		 324 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.462693  hitchhiker  0.00000219555 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2248  transcriptional regulator CysB  25.2 
 
 		 325 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.841929  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2434  LysR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 301 aa  75.5  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  22.85 
 
 		 305 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2919  LysR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 305 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.344488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1857  transcriptional regulator CysB  24.6 
 
 		 327 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00369362  decreased coverage  0.00000000217707 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2487  transcriptional regulator CysB  24.6 
 
 		 327 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.343529  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2494  transcriptional regulator CysB  24.6 
 
 		 327 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 311 aa  73.9  0.000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0004  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 309 aa  73.9  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2607  transcriptional regulator CysB  24.6 
 
 		 327 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00558949  decreased coverage  0.000632462 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2958  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.835393 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1324  transcriptional regulator CysB  25.2 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.121135 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3860  LysR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 306 aa  72.8  0.000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.722283  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 290 aa  72.8  0.000000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 300 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01793  transcriptional regulator CysB  24.8 
 
 		 324 aa  71.6  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 310 aa  72  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 300 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2096  transcriptional regulator CysB  24.22 
 
 		 324 aa  72  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00807982  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0681  transcriptional regulator, LysR family  21.28 
 
 		 291 aa  71.2  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000325091  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 300 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 300 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0594  putative transcriptional regulator  27.75 
 
 		 305 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1497  transcriptional regulator CysB  24.34 
 
 		 324 aa  70.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000166035  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4060  hypothetical protein  30.39 
 
 		 311 aa  71.6  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0282036  normal  0.215669 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 311 aa  70.5  0.00000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 300 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  21.76 
 
 		 300 aa  70.5  0.00000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  21.76 
 
 		 300 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  24.81 
 
 		 296 aa  70.1  0.00000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1013  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 300 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1494  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 300 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2202  transcriptional regulator, LysR family  26.6 
 
 		 293 aa  69.7  0.00000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06400  LysR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 308 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.369757  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003883  regulatory protein CysB  24.34 
 
 		 324 aa  69.3  0.00000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.803514  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2385  LysR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 313 aa  69.3  0.00000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  25.74 
 
 		 316 aa  69.3  0.00000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0160  transcriptional regulator, LysR family  25.59 
 
 		 291 aa  68.9  0.00000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0212  LysR family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 306 aa  68.9  0.00000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4431  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 307 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203311  normal  0.0207668 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26640  transcriptional regulator  30.92 
 
 		 294 aa  68.2  0.0000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.139135  normal  0.755388 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3652  transcriptional regulator, LysR family  21.05 
 
 		 301 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2428  transcriptional regulator CysB  22.69 
 
 		 323 aa  68.9  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 297 aa  68.2  0.0000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0354  LysR family transcriptional regulator  22.63 
 
 		 310 aa  68.2  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0858  transcriptional regulator, LysR family  24.76 
 
 		 309 aa  68.2  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000521501  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  25.62 
 
 		 293 aa  67.8  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1667  transcriptional regulator CysB  22.04 
 
 		 324 aa  67.8  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00185974  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  23.45 
 
 		 301 aa  67.8  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1450  transcriptional regulator CysB  23.2 
 
 		 325 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000786748  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4382  LysR family transcriptional regulator  22.41 
 
 		 300 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  24.43 
 
 		 296 aa  67.4  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1689  transcriptional regulator CysB  23.32 
 
 		 324 aa  67  0.0000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.372652  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  21.56 
 
 		 300 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23140  transcriptional regulator CysB  23.41 
 
 		 324 aa  67  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2833  LysR family transcriptional regulator  22.07 
 
 		 293 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2815  LysR family transcriptional regulator  22.07 
 
 		 293 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1255  LysR family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 304 aa  67  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.515451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2801  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  23.55 
 
 		 294 aa  66.6  0.0000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25320  transcriptional regulator  27.06 
 
 		 301 aa  66.6  0.0000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.771365 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2958  LysR family transcriptional regulator  22.07 
 
 		 293 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3126  LysR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 296 aa  66.6  0.0000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.211157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1624  transcriptional regulator CysB  26.56 
 
 		 324 aa  66.6  0.0000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.483368  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1848  LysR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 314 aa  66.2  0.0000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  20.82 
 
 		 300 aa  65.9  0.0000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1543  transcriptional regulator, LysR family  22.07 
 
 		 293 aa  66.2  0.0000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1943  transcriptional regulator, LysR family  26.1 
 
 		 304 aa  66.2  0.0000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.474659  normal  0.293166 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  24.3 
 
 		 300 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2476  transcriptional regulator CysB-like protein  23.48 
 
 		 308 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>