261 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A3270 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011353  ECH74115_3480  fimbrial usher protein  55.74 
 
 		 860 aa  991    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0233  fimbrial usher protein  53.78 
 
 		 885 aa  991    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.516859  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4146  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  53.55 
 
 		 846 aa  899    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02262  predicted outer membrane export usher protein  54.67 
 
 		 881 aa  985    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4723  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  54.87 
 
 		 844 aa  913    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.66956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3270  fimbrial usher protein  100 
 
 		 881 aa  1823    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.142463  normal  0.0139544 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0215  fimbrial usher protein  53.66 
 
 		 885 aa  989    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00519356  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3089  fimbrial usher protein  99.32 
 
 		 881 aa  1812    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4673  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  44.5 
 
 		 828 aa  717    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0232  fimbrial usher protein  53.55 
 
 		 885 aa  987    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3153  fimbrial usher protein  99.43 
 
 		 881 aa  1816    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.804519  normal  0.112503 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0695  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  43.96 
 
 		 826 aa  708    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0252  fimbrial usher protein  44.08 
 
 		 826 aa  711    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00772695  hitchhiker  0.00000864074 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2496  fimbrial usher protein  54.92 
 
 		 882 aa  969    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.111704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0403  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  50.62 
 
 		 835 aa  835    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2632  fimbrial usher family protein  54.79 
 
 		 881 aa  986    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0217  fimbrial usher protein  54 
 
 		 885 aa  996    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0273463  normal  0.609825 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2717  fimbrial usher family protein  55.7 
 
 		 880 aa  979    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.405081  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0614  fimbrial usher protein  44.44 
 
 		 826 aa  725    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02223  hypothetical protein  55.45 
 
 		 579 aa  661    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3172  fimbrial usher protein  99.43 
 
 		 881 aa  1815    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.287175  normal  0.39987 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1315  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  55.99 
 
 		 881 aa  983    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0825  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  42.67 
 
 		 845 aa  649    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2489  fimbrial usher family protein  55.82 
 
 		 880 aa  981    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3184  fimbrial usher protein  40.12 
 
 		 829 aa  566  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3261  fimbrial usher protein  40.24 
 
 		 829 aa  568  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.313341 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3198  fimbrial usher protein  40.12 
 
 		 829 aa  567  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0052  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  38.57 
 
 		 832 aa  566  1e-160  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3247  fimbrial usher protein  40 
 
 		 829 aa  566  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.239063  normal  0.0404863 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3363  fimbrial usher protein  40.24 
 
 		 829 aa  568  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0678454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4106  fimbrial usher protein  38.62 
 
 		 830 aa  566  1e-160  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0653  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.5 
 
 		 832 aa  524  1e-147  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.802851 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02916  predicted outer membrane usher protein  37.14 
 
 		 822 aa  521  1e-146  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.593882  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0654  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.14 
 
 		 821 aa  520  1e-146  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3509  fimbrial usher protein  37.42 
 
 		 834 aa  522  1e-146  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00630946  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02866  hypothetical protein  37.14 
 
 		 812 aa  521  1e-146  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.419634  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3222  fimbrial usher protein  37.14 
 
 		 833 aa  518  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000448746  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0808  fimbrial usher protein  35.44 
 
 		 816 aa  508  9.999999999999999e-143  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.404851  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1611  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.41 
 
 		 829 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0173282 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0766  fimbrial usher family protein  36.1 
 
 		 833 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0744  fimbrial usher family protein  36.1 
 
 		 833 aa  504  1e-141  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4772  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.67 
 
 		 828 aa  505  1e-141  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.460753 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2937  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.1 
 
 		 819 aa  505  1e-141  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1547  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.41 
 
 		 817 aa  502  1e-140  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.160729  normal  0.526328 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1147  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.61 
 
 		 828 aa  502  1e-140  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1627  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.61 
 
 		 828 aa  502  1e-140  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1602  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.18 
 
 		 828 aa  501  1e-140  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.334862 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00678  predicted outer membrane protein  35.49 
 
 		 816 aa  498  1e-139  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0635  fimbrial usher family protein  35.85 
 
 		 833 aa  499  1e-139  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1524  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.03 
 
 		 828 aa  498  1e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2918  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.73 
 
 		 818 aa  494  9.999999999999999e-139  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.528881  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00667  hypothetical protein  35.44 
 
 		 792 aa  482  1e-134  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2061  MrfC  35.32 
 
 		 813 aa  473  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.230274  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1654  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.32 
 
 		 813 aa  473  1e-132  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.148437  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1897  fimbrial usher protein  35.4 
 
 		 813 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.377011  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1910  fimbrial usher protein  35.2 
 
 		 813 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04794  porin PapC  31.48 
 
 		 820 aa  341  2.9999999999999998e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02222  hypothetical protein  54.49 
 
 		 298 aa  321  3.9999999999999996e-86  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4094  long polar fimbrial operon protein LpfC  29.89 
 
 		 840 aa  280  1e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.118889 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4241  outer membrane usher protein FimD  29.42 
 
 		 839 aa  279  2e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2231  outer membrane usher protein  29.5 
 
 		 833 aa  277  5e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.269054  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4917  outer membrane usher protein SfmD  28.82 
 
 		 809 aa  276  8e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.432694  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4951  outer membrane usher protein SfmD  28.92 
 
 		 809 aa  276  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C5003  outer membrane usher protein SfmD  28.92 
 
 		 809 aa  276  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2874  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.29 
 
 		 840 aa  276  1.0000000000000001e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4844  outer membrane usher protein SfmD  28.92 
 
 		 809 aa  275  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5006  outer membrane usher protein SfmD  28.8 
 
 		 809 aa  275  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2031  outer membrane usher protein YcbS  29.1 
 
 		 833 aa  275  4.0000000000000004e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.617204  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1023  outer membrane usher protein  29.38 
 
 		 850 aa  273  1e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2088  fimbrial usher protein  29.19 
 
 		 833 aa  272  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3463  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.02 
 
 		 865 aa  269  2e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.93384  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1053  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.86 
 
 		 837 aa  268  4e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0292471 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00138  predicted outer membrane usher protein  28.04 
 
 		 866 aa  267  7e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.242509  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00137  hypothetical protein  28.04 
 
 		 861 aa  266  1e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.206495  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0207  putative outer membrane usher protein  28.11 
 
 		 888 aa  265  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1071  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.94 
 
 		 877 aa  265  2e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.176017 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0599  fimbrial usher protein  26.87 
 
 		 870 aa  264  4.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0484781 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3391  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.59 
 
 		 859 aa  264  6e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0150  putative outer membrane usher protein  28.18 
 
 		 866 aa  263  1e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0557898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0142  putative outer membrane usher protein  27.92 
 
 		 866 aa  263  1e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0236514  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0595  outer membrane usher protein SfmD  26.87 
 
 		 870 aa  262  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.232455 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0592  outer membrane usher protein SfmD  27.26 
 
 		 870 aa  262  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0701442  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0591  outer membrane usher protein SfmD  27.26 
 
 		 870 aa  261  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.053453 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0656  outer membrane usher protein SfmD  26.64 
 
 		 870 aa  260  8e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0209  putative outer membrane usher protein  27.33 
 
 		 865 aa  257  8e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.747927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0990  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.75 
 
 		 833 aa  256  1.0000000000000001e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709661 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2970  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.78 
 
 		 880 aa  255  2.0000000000000002e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1817  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.3 
 
 		 851 aa  254  5.000000000000001e-66  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00513641 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04186  outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis  26.87 
 
 		 878 aa  253  1e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3680  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.87 
 
 		 878 aa  253  1e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04148  hypothetical protein  26.87 
 
 		 878 aa  253  1e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4543  outer membrane usher protein fimD  26.56 
 
 		 863 aa  253  2e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0863199  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0148  putative outer membrane usher protein  27.99 
 
 		 866 aa  252  3e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.234756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5161  fimbrial usher protein  27.08 
 
 		 844 aa  250  7e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.711297 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0024  outer membrane usher protein FimD  27.04 
 
 		 873 aa  250  9e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.267854  normal  0.163844 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1499  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.54 
 
 		 832 aa  250  1e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5823  outer membrane usher protein fimD  26.76 
 
 		 878 aa  250  1e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50645  normal  0.941906 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4252  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.11 
 
 		 850 aa  250  1e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.22475 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4844  outer membrane usher protein fimD  26.56 
 
 		 856 aa  249  1e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0025  outer membrane usher protein FimD  27.04 
 
 		 888 aa  249  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0588197  normal  0.0296149 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>