281 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0052 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009801  EcE24377A_3509  fimbrial usher protein  44.28 
 
 		 834 aa  753    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00630946  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02916  predicted outer membrane usher protein  44.05 
 
 		 822 aa  746    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.593882  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0654  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  44.71 
 
 		 821 aa  745    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0052  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  100 
 
 		 832 aa  1718    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3261  fimbrial usher protein  46.64 
 
 		 829 aa  772    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.313341 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3363  fimbrial usher protein  46.64 
 
 		 829 aa  772    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0678454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3247  fimbrial usher protein  46.64 
 
 		 829 aa  773    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.239063  normal  0.0404863 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0252  fimbrial usher protein  42.81 
 
 		 826 aa  670    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00772695  hitchhiker  0.00000864074 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3222  fimbrial usher protein  44.47 
 
 		 833 aa  752    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000448746  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0695  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  42.81 
 
 		 826 aa  670    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4723  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  41.96 
 
 		 844 aa  640    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.66956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4106  fimbrial usher protein  99.64 
 
 		 830 aa  1706    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4673  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  44.66 
 
 		 828 aa  725    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3198  fimbrial usher protein  46.64 
 
 		 829 aa  772    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3184  fimbrial usher protein  46.76 
 
 		 829 aa  773    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0653  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  44.52 
 
 		 832 aa  757    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.802851 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02866  hypothetical protein  44.71 
 
 		 812 aa  746    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.419634  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0614  fimbrial usher protein  42.68 
 
 		 826 aa  674    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00678  predicted outer membrane protein  40.76 
 
 		 816 aa  633  1e-180  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0744  fimbrial usher family protein  41.9 
 
 		 833 aa  632  1e-180  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0825  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  41.36 
 
 		 845 aa  634  1e-180  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2937  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  41.77 
 
 		 819 aa  632  1e-180  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0635  fimbrial usher family protein  41.65 
 
 		 833 aa  631  1e-179  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0766  fimbrial usher family protein  41.77 
 
 		 833 aa  631  1e-179  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0403  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  40.45 
 
 		 835 aa  626  1e-178  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0808  fimbrial usher protein  39.05 
 
 		 816 aa  623  1e-177  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.404851  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2918  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  40.07 
 
 		 818 aa  620  1e-176  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.528881  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00667  hypothetical protein  41.04 
 
 		 792 aa  615  9.999999999999999e-175  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4146  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  40.32 
 
 		 846 aa  602  1e-170  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0215  fimbrial usher protein  38.71 
 
 		 885 aa  587  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00519356  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0217  fimbrial usher protein  38.71 
 
 		 885 aa  585  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0273463  normal  0.609825 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0233  fimbrial usher protein  38.6 
 
 		 885 aa  585  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.516859  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0232  fimbrial usher protein  38.48 
 
 		 885 aa  582  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2496  fimbrial usher protein  37.96 
 
 		 882 aa  572  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.111704  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3480  fimbrial usher protein  38.12 
 
 		 860 aa  572  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02262  predicted outer membrane export usher protein  37.96 
 
 		 881 aa  569  1e-161  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2717  fimbrial usher family protein  37.88 
 
 		 880 aa  569  1e-161  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.405081  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2632  fimbrial usher family protein  38.08 
 
 		 881 aa  570  1e-161  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2489  fimbrial usher family protein  38 
 
 		 880 aa  572  1e-161  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1315  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.96 
 
 		 881 aa  571  1e-161  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3089  fimbrial usher protein  38.57 
 
 		 881 aa  567  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3172  fimbrial usher protein  38.69 
 
 		 881 aa  568  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.287175  normal  0.39987 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3153  fimbrial usher protein  38.69 
 
 		 881 aa  568  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.804519  normal  0.112503 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3270  fimbrial usher protein  38.57 
 
 		 881 aa  566  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.142463  normal  0.0139544 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1602  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.12 
 
 		 828 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.334862 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1147  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.24 
 
 		 828 aa  510  1e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1627  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.24 
 
 		 828 aa  510  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1524  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.15 
 
 		 828 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1547  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.39 
 
 		 817 aa  504  1e-141  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.160729  normal  0.526328 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4772  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.88 
 
 		 828 aa  502  1e-140  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.460753 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1611  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.81 
 
 		 829 aa  498  1e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0173282 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2061  MrfC  35.56 
 
 		 813 aa  480  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.230274  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1654  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.68 
 
 		 813 aa  482  1e-134  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.148437  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1897  fimbrial usher protein  35.43 
 
 		 813 aa  477  1e-133  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.377011  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1910  fimbrial usher protein  35.52 
 
 		 813 aa  478  1e-133  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02223  hypothetical protein  40.33 
 
 		 579 aa  424  1e-117  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04794  porin PapC  31.76 
 
 		 820 aa  370  1e-101  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1053  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.96 
 
 		 837 aa  315  2.9999999999999996e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2874  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.43 
 
 		 840 aa  311  2.9999999999999997e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3463  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.16 
 
 		 865 aa  303  8.000000000000001e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.93384  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00138  predicted outer membrane usher protein  27.79 
 
 		 866 aa  302  2e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.242509  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00137  hypothetical protein  27.79 
 
 		 861 aa  302  2e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.206495  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0142  putative outer membrane usher protein  27.42 
 
 		 866 aa  297  5e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0236514  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0207  putative outer membrane usher protein  26.9 
 
 		 888 aa  287  5e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2231  outer membrane usher protein  30.36 
 
 		 833 aa  287  7e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.269054  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1023  outer membrane usher protein  30.36 
 
 		 850 aa  286  8e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2970  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.88 
 
 		 880 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2031  outer membrane usher protein YcbS  30.24 
 
 		 833 aa  286  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.617204  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2088  fimbrial usher protein  30.24 
 
 		 833 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2450  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.39 
 
 		 851 aa  286  2.0000000000000002e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0595  outer membrane usher protein SfmD  28.85 
 
 		 870 aa  284  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.232455 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0150  putative outer membrane usher protein  26.51 
 
 		 866 aa  284  6.000000000000001e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0557898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0656  outer membrane usher protein SfmD  28.61 
 
 		 870 aa  283  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4844  outer membrane usher protein fimD  27.83 
 
 		 856 aa  282  2e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0592  outer membrane usher protein SfmD  28.91 
 
 		 870 aa  281  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0701442  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0599  fimbrial usher protein  28.73 
 
 		 870 aa  281  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0484781 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2281  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.01 
 
 		 876 aa  281  5e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4543  outer membrane usher protein fimD  27.01 
 
 		 863 aa  281  5e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0863199  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0591  outer membrane usher protein SfmD  28.93 
 
 		 870 aa  281  5e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.053453 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4241  outer membrane usher protein FimD  28.4 
 
 		 839 aa  280  9e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04148  hypothetical protein  26.9 
 
 		 878 aa  280  1e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04186  outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis  26.9 
 
 		 878 aa  280  1e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3974  putative outer membrane usher protein  26.85 
 
 		 866 aa  280  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.183336  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6927  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.14 
 
 		 886 aa  278  3e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.425262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5823  outer membrane usher protein fimD  26.78 
 
 		 878 aa  278  3e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50645  normal  0.941906 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3520  putative outer membrane usher protein  26.74 
 
 		 866 aa  278  4e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.315338  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3680  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.78 
 
 		 878 aa  276  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1666  fimbrial usher family protein  27.65 
 
 		 871 aa  276  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.504139 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4094  long polar fimbrial operon protein LpfC  28.35 
 
 		 840 aa  276  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.118889 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3032  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.77 
 
 		 930 aa  275  3e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4024  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.02 
 
 		 866 aa  272  2e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.469528 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1133  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.62 
 
 		 844 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.127861 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0990  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.28 
 
 		 833 aa  270  1e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709661 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4252  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.33 
 
 		 850 aa  269  2e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.22475 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0194  outer membrane usher protein FimD  27.69 
 
 		 848 aa  269  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.931496 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2703  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.9 
 
 		 866 aa  268  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0538339  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0190  outer membrane usher protein FimD  27.66 
 
 		 848 aa  268  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.536682  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0832  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.92 
 
 		 853 aa  268  2.9999999999999995e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.646384  normal  0.17108 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4959  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.25 
 
 		 867 aa  268  4e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.45862 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2377  outer membrane usher protein fimD homolog  26.77 
 
 		 866 aa  268  4e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.108506  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>