More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1184 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_1184  DEAD/DEAH box helicase-like protein  100 
 
 
465 aa  931    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000204696  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1136  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  55.1 
 
 
447 aa  456  1e-127  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0962  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.08 
 
 
443 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0923709  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0998  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.65 
 
 
451 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1046  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.17 
 
 
443 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0103787  decreased coverage  0.0000000602754 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2944  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.35 
 
 
438 aa  442  1e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.477524  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3406  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.73 
 
 
443 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0661425  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0960  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.65 
 
 
451 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.25993  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3310  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.29 
 
 
443 aa  432  1e-120  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.899565  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0903  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.93 
 
 
429 aa  432  1e-120  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3531  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.51 
 
 
443 aa  434  1e-120  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.650391  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0248  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  51.49 
 
 
428 aa  404  1e-111  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0971  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.91 
 
 
410 aa  382  1e-105  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000971191  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0899  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  42.99 
 
 
537 aa  312  1e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2015  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.61 
 
 
493 aa  309  5.9999999999999995e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.73004  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3215  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.47 
 
 
477 aa  309  5.9999999999999995e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  45.02 
 
 
540 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2211  ATP-dependent RNA helicase protein  44.86 
 
 
495 aa  308  2.0000000000000002e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.32 
 
 
626 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2409  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.36 
 
 
493 aa  307  3e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.92601 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0420  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.06 
 
 
628 aa  307  3e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5658  DEAD/DEAH box helicase-like  42.19 
 
 
527 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44 
 
 
480 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5070  ATP-dependent RNA helicase rhlE, putative  42.15 
 
 
629 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.67 
 
 
630 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4980  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  43.26 
 
 
626 aa  306  6e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5283  DEAD/DEAH box helicase-like  44.42 
 
 
622 aa  306  6e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44 
 
 
486 aa  306  6e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44 
 
 
486 aa  306  6e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2582  DEAD/DEAH box helicase-like protein  44.81 
 
 
556 aa  306  6e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  44 
 
 
486 aa  306  6e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03540  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family  41.86 
 
 
557 aa  306  7e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.897279  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4853  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.29 
 
 
627 aa  305  8.000000000000001e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.282261  normal  0.0691248 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.93 
 
 
565 aa  305  9.000000000000001e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0458  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  41.67 
 
 
629 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.5 
 
 
479 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.5 
 
 
480 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0961  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.22 
 
 
509 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0175474  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2235  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.22 
 
 
511 aa  304  3.0000000000000004e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1101  DEAD/DEAH box helicase  43.16 
 
 
460 aa  304  3.0000000000000004e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.173172  normal  0.740894 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2355  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.22 
 
 
497 aa  304  3.0000000000000004e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651471  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  43.5 
 
 
484 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.23 
 
 
560 aa  303  5.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2316  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.22 
 
 
520 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2339  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.22 
 
 
520 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0312074 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1704  DEAD/DEAH box helicase-like  44.22 
 
 
520 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  44.81 
 
 
506 aa  301  2e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  42.43 
 
 
398 aa  300  3e-80  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0142  putative ATP-dependent RNA helicase (DEAD/DEAH box helicase)  42.33 
 
 
495 aa  300  3e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0954  DEAD/DEAH box helicase-like protein  43.42 
 
 
515 aa  299  7e-80  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.846245 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1098  DEAD/DEAH box helicase-like protein  43.42 
 
 
515 aa  299  7e-80  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1193  DEAD/DEAH box helicase  43.19 
 
 
481 aa  299  7e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.444937  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0323  DEAD/DEAH box helicase  43.19 
 
 
482 aa  299  8e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0723689  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1040  DEAD/DEAH box helicase  43.19 
 
 
482 aa  299  8e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.33431  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1917  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43.19 
 
 
482 aa  299  8e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0135106  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1352  putative ATP-dependent RNA helicase 2  43.19 
 
 
559 aa  299  8e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.051549  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05560  ATP-dependent RNA helicase  42.12 
 
 
639 aa  299  8e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.978664  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1201  DEAD/DEAH box helicase  43.19 
 
 
482 aa  299  8e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0820684  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0828  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43.19 
 
 
482 aa  299  8e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00138839  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7020  ATP-dependent RNA helicase  45.17 
 
 
469 aa  298  1e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.325131  normal  0.333376 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0528  putative ATP-dependent RNA helicase  42.33 
 
 
635 aa  298  1e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.358611  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43 
 
 
482 aa  298  1e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0981  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.12 
 
 
571 aa  298  1e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  43 
 
 
485 aa  298  2e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.67 
 
 
522 aa  297  2e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43 
 
 
485 aa  298  2e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1974  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.29 
 
 
438 aa  298  2e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000565888  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.16 
 
 
599 aa  297  2e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.164038 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.88 
 
 
581 aa  298  2e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  43 
 
 
485 aa  298  2e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  41.07 
 
 
445 aa  298  2e-79  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01497  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.25 
 
 
480 aa  298  2e-79  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  43 
 
 
485 aa  298  2e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3026  DEAD/DEAH box helicase-like protein  44.06 
 
 
496 aa  297  2e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  43 
 
 
485 aa  298  2e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1150  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.85 
 
 
418 aa  297  3e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1250  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.6 
 
 
489 aa  297  3e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1433  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43.85 
 
 
418 aa  297  3e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.858886  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0791  putative ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.45 
 
 
624 aa  297  3e-79  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000437602  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.48 
 
 
443 aa  296  4e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0480  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.82 
 
 
471 aa  296  5e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3295  putative ATP-dependent RNA helicase 2  41.09 
 
 
491 aa  296  5e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2902  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.81 
 
 
598 aa  295  9e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0368123 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000619  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43.6 
 
 
522 aa  295  9e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0878  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  41.67 
 
 
425 aa  295  1e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.121425 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2082  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.82 
 
 
482 aa  295  1e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.162291 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  43.53 
 
 
543 aa  295  1e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.53 
 
 
515 aa  295  1e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.7 
 
 
426 aa  294  2e-78  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3519  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.62 
 
 
436 aa  295  2e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4573  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.45 
 
 
415 aa  294  2e-78  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0985  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.72 
 
 
463 aa  294  2e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.17 
 
 
525 aa  294  2e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2648  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.78 
 
 
479 aa  293  3e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.73 
 
 
550 aa  294  3e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  42.76 
 
 
535 aa  293  4e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.02 
 
 
526 aa  293  4e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1028  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.58 
 
 
441 aa  293  4e-78  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0361604  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1024  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.09 
 
 
451 aa  293  5e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.02 
 
 
525 aa  293  5e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>