More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2642 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2642  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 109 aa  230  4.0000000000000004e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.736887 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  43 
 
 		 301 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  42 
 
 		 301 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  43 
 
 		 307 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2042  AraC family transcriptional regulator  43 
 
 		 301 aa  90.5  6e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  41 
 
 		 301 aa  88.2  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  43 
 
 		 287 aa  87.4  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  43 
 
 		 301 aa  87.4  6e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000688741  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27420  transcriptional regulator MtlR (AraC family)  50 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467419  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3229  transcriptional regulator, AraC family  49.38 
 
 		 326 aa  82.8  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.382079  normal  0.686696 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6144  transcriptional regulator, AraC family  40.78 
 
 		 301 aa  81.6  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.185797  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1891  transcriptional regulator, AraC family  51.25 
 
 		 291 aa  82  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3165  helix-turn-helix domain-containing protein  45.56 
 
 		 308 aa  82  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00840402  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5587  transcriptional regulator, AraC family  48.1 
 
 		 291 aa  81.3  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.425806  normal  0.825086 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0133  AraC family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 315 aa  80.5  0.000000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16600  transcriptional regulator, AraC family  40.78 
 
 		 301 aa  80.1  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20280  transcriptional regulator, AraC family  51.43 
 
 		 309 aa  79.7  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0229385  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5590  AraC family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 310 aa  79.3  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0895  AraC family transcriptional regulator  45.56 
 
 		 302 aa  79.3  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2607  AraC family transcriptional regulator  50 
 
 		 303 aa  78.2  0.00000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.334421  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1174  AraC family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 330 aa  77.8  0.00000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0789379  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1237  AraC family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 332 aa  77.4  0.00000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.89016  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0070  AraC family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 332 aa  77.4  0.00000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0349  AraC family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 332 aa  77.4  0.00000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0236  AraC family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 339 aa  77  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1744  AraC family transcription regulator  43.21 
 
 		 350 aa  77.4  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.109239  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1655  AraC family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 350 aa  77.4  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.365127  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1078  AraC family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 318 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.441231  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1480  transcriptional regulator, AraC family  41 
 
 		 288 aa  75.9  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0895908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1435  AraC family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 324 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  39.58 
 
 		 324 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.953379  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3262  response regulator receiver protein  45.12 
 
 		 257 aa  75.1  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1408  helix-turn-helix domain-containing protein  39.58 
 
 		 324 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2946  transcriptional regulator, AraC family  39.58 
 
 		 324 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0345  transcriptional regulator, AraC family  39.51 
 
 		 296 aa  74.3  0.0000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1089  helix-turn-helix domain-containing protein  41.25 
 
 		 298 aa  74.3  0.0000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  hitchhiker  0.00294409 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2339  AraC family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 303 aa  73.9  0.0000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.295664 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3986  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  43.59 
 
 		 289 aa  73.6  0.0000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.542106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3070  AraC family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 311 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4384  AraC family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 312 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.7748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3808  AraC family transcriptional regulator  42.7 
 
 		 321 aa  73.2  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5065  AraC family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 312 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289747  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4283  transcriptional regulator, AraC family  43.21 
 
 		 290 aa  73.2  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.294163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3182  AraC family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 315 aa  72.8  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000265571 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5795  AraC family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 312 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.112606  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5388  transcriptional regulator, AraC family  40.22 
 
 		 298 aa  72.8  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.769805 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4952  helix-turn-helix domain-containing protein  39.24 
 
 		 292 aa  72.4  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.017601  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0565  AraC family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 289 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2471  transcriptional regulator, AraC family  45.68 
 
 		 311 aa  71.6  0.000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000518709  normal  0.0153728 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0365  transcriptional regulator, AraC family  46.38 
 
 		 299 aa  71.2  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4811  helix-turn-helix, AraC type  46.38 
 
 		 315 aa  71.2  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0883  AraC family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 322 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4725  AraC family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 319 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.70917  normal  0.0655004 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4202  AraC family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 319 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1886  transcriptional regulator, AraC family  43.48 
 
 		 289 aa  70.1  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3546  AraC family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 319 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.776433  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5462  AraC family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 319 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139699 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3586  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  38.75 
 
 		 294 aa  69.3  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.700608 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4821  AraC family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 319 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535496  normal  0.116549 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4301  transcriptional regulator, AraC family  43.59 
 
 		 286 aa  68.9  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.220521  normal  0.797318 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0681  AraC family transcriptional regulator  43.04 
 
 		 256 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0499  AraC family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 339 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00811586 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3782  AraC family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 319 aa  68.6  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0502919 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5348  transcriptional regulator, AraC family  38.04 
 
 		 291 aa  67.8  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.650952  normal  0.226075 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0951  AraC family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 571 aa  68.2  0.00000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00021324  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6660  AraC family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 297 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0508  transcriptional regulator, AraC family  41.98 
 
 		 295 aa  67.4  0.00000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.3342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1710  transcriptional regulator, AraC family  43.21 
 
 		 326 aa  67.4  0.00000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.492868 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1701  AraC family DNA-binding protein  38.54 
 
 		 296 aa  67.4  0.00000000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2161  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 		 294 aa  66.6  0.00000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0731  AraC family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 328 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.617247  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1116  transcriptional regulator, AraC family  45.9 
 
 		 325 aa  66.6  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2310  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  42.31 
 
 		 299 aa  65.5  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.120361  normal  0.040249 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3988  transcriptional regulator, AraC family  40.79 
 
 		 291 aa  65.5  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00119398  normal  0.630817 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4971  transcriptional regulator, AraC family  39.74 
 
 		 290 aa  65.9  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  hitchhiker  0.0000000000361988 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2069  AraC family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 329 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.020463  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2436  AraC family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 329 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3237  transcriptional regulator, AraC family  41.18 
 
 		 325 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.434177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1906  AraC family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 329 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.166677  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1919  AraC family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 329 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.480868  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3021  transcriptional regulator, AraC family  36.25 
 
 		 372 aa  64.7  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6320  transcriptional regulator, AraC family  40.21 
 
 		 294 aa  64.3  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.636258  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1106  AraC family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 309 aa  63.9  0.0000000006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4594  transcriptional regulator, AraC family  40.21 
 
 		 294 aa  63.9  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.571926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3657  AraC family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 430 aa  63.2  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1797  DNA-binding response regulator/sensor histidine kinase  29.89 
 
 		 961 aa  62.4  0.000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1199  AraC family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 329 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.33488  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0855  AraC family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 329 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  37.04 
 
 		 515 aa  62.4  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2340  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 		 290 aa  62.8  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.581264  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3580  AraC family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 159 aa  62.8  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2939  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.94 
 
 		 289 aa  62  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0806864  normal  0.433201 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1643  AraC family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 329 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0305  AraC family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 329 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.183082  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3156  AraC family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 283 aa  60.8  0.000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2711  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  46.38 
 
 		 319 aa  61.2  0.000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4043  transcriptional regulator, AraC family  34.15 
 
 		 303 aa  60.8  0.000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3318  AraC family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 345 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2057  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 293 aa  60.8  0.000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.227096  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0077  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  36.26 
 
 		 289 aa  60.8  0.000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>