257 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0060 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0060  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 326 aa  671    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.741905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1122  periplasmic solute binding protein  29.27 
 
 		 328 aa  119  7e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2593  high-affinity zinc transporter periplasmic component  27.21 
 
 		 310 aa  107  4e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00016843  normal  0.856449 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2050  high-affinity zinc transporter periplasmic component  27.6 
 
 		 314 aa  105  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153419  normal  0.0811015 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0852  high-affinity zinc uptake system protein ZnuA precursor  30.11 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0338292  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2045  high-affinity zinc transporter periplasmic component  27.6 
 
 		 314 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.279295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2105  high-affinity zinc transporter periplasmic component  27.6 
 
 		 314 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.060713  normal  0.639588 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1357  high-affinity zinc transporter periplasmic component  27.6 
 
 		 314 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00461561 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1233  high-affinity zinc transporter periplasmic component  27.6 
 
 		 314 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00176582  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0953  high-affinity zinc transporter periplasmic component  26.89 
 
 		 310 aa  104  3e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0035869  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1783  periplasmic solute binding protein  26.89 
 
 		 328 aa  103  4e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000935054  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2087  high-affinity zinc transporter periplasmic component  26.89 
 
 		 310 aa  103  4e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000165105  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01828  high-affinity zinc transporter periplasmic component  26.89 
 
 		 310 aa  103  5e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0190601  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01816  hypothetical protein  26.89 
 
 		 310 aa  103  5e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0117492  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1775  high-affinity zinc transporter periplasmic component  26.89 
 
 		 310 aa  103  5e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000650264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1329  high-affinity zinc transporter periplasmic component  26.89 
 
 		 352 aa  103  5e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00390701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1951  high-affinity zinc transporter periplasmic component  26.89 
 
 		 310 aa  103  5e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00866903  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1827  high-affinity zinc transporter periplasmic component  27.21 
 
 		 339 aa  102  9e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0735941  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2111  high-affinity zinc transporter periplasmic component  27.12 
 
 		 339 aa  102  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0209857  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2251  high-affinity zinc transporter periplasmic component  28.06 
 
 		 340 aa  101  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000558415  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6299  putative adhesin  28.09 
 
 		 307 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2773  high-affinity zinc transporter periplasmic component  27.65 
 
 		 321 aa  100  4e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000694266  hitchhiker  0.00715956 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1892  periplasmic solute binding protein  28.52 
 
 		 321 aa  99  9e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00897518  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004106  zinc ABC transporter-binding protein ZnuA  28.08 
 
 		 295 aa  99  9e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2027  high-affinity zinc transporter periplasmic component  27.3 
 
 		 318 aa  98.6  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000130529  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2140  high-affinity zinc transporter periplasmic component  27.05 
 
 		 318 aa  98.6  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000251275  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72550  putative adhesin  26.96 
 
 		 307 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2426  high-affinity zinc transporter periplasmic component  25.77 
 
 		 314 aa  97.8  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000208109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0059  periplasmic solute binding protein  26.06 
 
 		 309 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00830  ABC transporter, periplasmic binding protein  26.79 
 
 		 297 aa  93.2  6e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5108  periplasmic solute binding protein  25.4 
 
 		 302 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.166633 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01361  hypothetical protein  29.29 
 
 		 293 aa  89.7  6e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1194  periplasmic solute binding protein  28.8 
 
 		 329 aa  88.6  1e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.170646 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2142  high-affinity zinc transporter periplasmic component  24.84 
 
 		 340 aa  87  4e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000717331  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2184  ABC transporter substrate binding protein (zinc)  25.56 
 
 		 308 aa  86.3  7e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.2291  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0275  periplasmic solute binding protein  25.75 
 
 		 313 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1122  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  23.38 
 
 		 334 aa  85.9  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.124728  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1027  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  23.38 
 
 		 334 aa  85.9  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1667  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  28.9 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0895  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  26.01 
 
 		 514 aa  84.3  0.000000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.00479451  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3183  periplasmic solute binding protein  26.16 
 
 		 371 aa  84.7  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0392805  normal  0.124808 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0135  periplasmic solute binding protein  28.63 
 
 		 318 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.972392 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3571  ABC zinc transporter, periplasmic binding protein ZnuA  25.95 
 
 		 345 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0224  periplasmic solute binding protein  26.22 
 
 		 368 aa  83.6  0.000000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1730  periplasmic solute binding protein  25 
 
 		 313 aa  82.4  0.000000000000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2718  periplasmic solute binding protein  28.42 
 
 		 344 aa  81.6  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11219  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0137  periplasmic solute binding protein  27.06 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0577  periplasmic solute binding protein  24.91 
 
 		 301 aa  80.9  0.00000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.289421  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0120  periplasmic solute binding protein  26.67 
 
 		 302 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.463624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3253  periplasmic solute binding protein  25.38 
 
 		 347 aa  79.7  0.00000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0556768 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1697  periplasmic solute binding protein  25.42 
 
 		 347 aa  79.3  0.00000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.668207  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5268  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  26.38 
 
 		 311 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1915  periplasmic solute binding protein  26.57 
 
 		 365 aa  79  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.163703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1793  putative carbon storage regulator-like protein  26.3 
 
 		 302 aa  76.6  0.0000000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.265514  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2025  putative adhesion lipoprotein  26.52 
 
 		 316 aa  76.3  0.0000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4006  periplasmic solute binding protein  23.72 
 
 		 303 aa  76.3  0.0000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.129807  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0248  periplasmic solute binding protein  23.44 
 
 		 287 aa  75.5  0.000000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0842  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  25.41 
 
 		 282 aa  75.5  0.000000000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.290902  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2032  ABC zinc transporter, periplasmic solute binding protein ZnuA  27.17 
 
 		 311 aa  75.1  0.000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.216012  decreased coverage  0.00438376 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3284  putative adhesion lipoprotein  26.15 
 
 		 316 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2751  periplasmic solute binding protein  25.42 
 
 		 332 aa  73.6  0.000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4568  periplasmic solute-binding protein  25.74 
 
 		 322 aa  73.9  0.000000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.328746  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1885  periplasmic solute binding protein  25.88 
 
 		 316 aa  73.2  0.000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0182568  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1526  periplasmic solute binding protein  30 
 
 		 316 aa  73.2  0.000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4140  periplasmic solute binding protein  26.57 
 
 		 326 aa  72.4  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2384  periplasmic solute binding protein  25.93 
 
 		 351 aa  71.6  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.691591  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2998  periplasmic solute binding protein  25.16 
 
 		 328 aa  71.2  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000688581  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0516  periplasmic solute binding protein  23.96 
 
 		 299 aa  71.6  0.00000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1889  adhesion lipoprotein  24.37 
 
 		 316 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.994637  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2035  adhesion lipoprotein  24.37 
 
 		 316 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13680  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  24.69 
 
 		 320 aa  70.9  0.00000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.785587 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18350  periplasmic solute binding protein  24.29 
 
 		 308 aa  70.1  0.00000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000303257  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1215  periplasmic solute binding protein  25.19 
 
 		 309 aa  70.5  0.00000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4495  periplasmic solute binding protein  41.96 
 
 		 350 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2476  periplasmic solute binding protein  23.59 
 
 		 313 aa  69.7  0.00000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00202006  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1841  high-affinity zinc uptake system periplasmic-binding protein  24.84 
 
 		 316 aa  69.3  0.00000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.18542  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4176  periplasmic solute binding protein  21.55 
 
 		 346 aa  69.3  0.00000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.383173  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2136  putative adhesion lipoprotein  30.43 
 
 		 316 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1851  high-affinity zinc uptake system periplasmic-binding protein  24.05 
 
 		 316 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.623587  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1578  periplasmic solute binding protein  23.43 
 
 		 314 aa  67.8  0.0000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0139  adhesion protein, putative  24.58 
 
 		 294 aa  67.8  0.0000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0377699  normal  0.42131 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0598  periplasmic solute binding protein  26.28 
 
 		 333 aa  68.6  0.0000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4951  periplasmic solute binding protein  24.15 
 
 		 317 aa  68.2  0.0000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0131  periplasmic solute binding protein  25.24 
 
 		 285 aa  67.8  0.0000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2103  adhesion lipoprotein  30.19 
 
 		 316 aa  67  0.0000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3151  hypothetical protein  24.91 
 
 		 336 aa  65.9  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.506548 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2226  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  27.54 
 
 		 323 aa  64.7  0.000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.118705  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2413  ABC transporter, substrate-binding protein  27.67 
 
 		 298 aa  65.1  0.000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.423087  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2125  ABC transporter, substrate-binding protein  27.67 
 
 		 298 aa  64.3  0.000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.570615  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0547  periplasmic solute binding protein  23.03 
 
 		 318 aa  64.7  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.624279  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1316  Mn transporter MntC  24.9 
 
 		 345 aa  63.9  0.000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.832277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0801  periplasmic solute binding protein  25.4 
 
 		 267 aa  63.5  0.000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0824  periplasmic solute binding protein  25.4 
 
 		 267 aa  63.2  0.000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1256  high-affinity zinc transporter periplasmic component  26.7 
 
 		 372 aa  63.2  0.000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000280798  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1470  periplasmic solute binding protein  26.73 
 
 		 298 aa  62.8  0.000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0700113  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2986  adhesion lipoprotein  27.15 
 
 		 326 aa  62  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0312  periplasmic solute binding protein  26.5 
 
 		 362 aa  62.4  0.00000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0833  periplasmic solute binding protein  24.51 
 
 		 345 aa  62  0.00000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2335  periplasmic solute binding protein  25.28 
 
 		 309 aa  62.4  0.00000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.81636  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2043  periplasmic solute binding protein  23.22 
 
 		 353 aa  61.6  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000010108  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>