123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0043 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0043  putative cytochrome oxidase assembly protein  100 
 
 		 394 aa  786    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.484274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0126  cytochrome oxidase assembly  47.64 
 
 		 359 aa  272  8.000000000000001e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0109  cytochrome oxidase assembly  46.6 
 
 		 359 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.475032  normal  0.476439 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0072  cytochrome oxidase assembly  46.15 
 
 		 359 aa  267  2e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.891192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0149  cytochrome oxidase assembly  47.93 
 
 		 345 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0069  cytochrome oxidase assembly  42.28 
 
 		 368 aa  252  9.000000000000001e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0124  cytochrome oxidase assembly  46.05 
 
 		 359 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190927  normal  0.0274429 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0129  cytochrome oxidase assembly  46.34 
 
 		 357 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.96534 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0318  cytochrome oxidase assembly  39.49 
 
 		 387 aa  235  1.0000000000000001e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.14987 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3788  cytochrome oxidase assembly  39.02 
 
 		 325 aa  232  7.000000000000001e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0230  cytochrome oxidase assembly protein  38.62 
 
 		 353 aa  228  1e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00422033  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4239  cytochrome oxidase assembly  39.95 
 
 		 325 aa  228  2e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001452  heme A synthase cytochrome oxidase biogenesis protein Cox15-CtaA  38.13 
 
 		 339 aa  224  2e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06265  hypothetical protein  36.34 
 
 		 339 aa  224  2e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0629  putative cytochrome oxidase assembly protein  37.03 
 
 		 387 aa  224  3e-57  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1462  cytochrome oxidase assembly  39.35 
 
 		 348 aa  221  9.999999999999999e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04027  cytochrome oxidase assembly protein  38.73 
 
 		 387 aa  222  9.999999999999999e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0191  cytochrome oxidase assembly  39.02 
 
 		 328 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0712  cytochrome oxidase assembly protein  36.27 
 
 		 387 aa  218  2e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.809899  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0251  cytochrome oxidase assembly  37.43 
 
 		 326 aa  216  4e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0478  hypothetical protein  36.39 
 
 		 335 aa  215  9.999999999999999e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0454  hypothetical protein  37.03 
 
 		 335 aa  214  1.9999999999999998e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3001  cytochrome oxidase assembly  38.99 
 
 		 339 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4613  cytochrome oxidase assembly protein, putative  38.67 
 
 		 330 aa  210  4e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0118  cytochrome oxidase assembly  39.02 
 
 		 327 aa  206  4e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3490  cytochrome oxidase assembly  38.73 
 
 		 327 aa  205  1e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.114551 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4187  cytochrome oxidase assembly  38.21 
 
 		 325 aa  196  8.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0148  cytochrome oxidase assembly  38.21 
 
 		 325 aa  195  1e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4119  cytochrome oxidase assembly  38.21 
 
 		 325 aa  195  1e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0246  cytochrome oxidase assembly  35.37 
 
 		 363 aa  193  4e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.241407  normal  0.0193794 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4318  cytochrome oxidase assembly  38.21 
 
 		 325 aa  193  5e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0227  cytochrome oxidase assembly  35.11 
 
 		 363 aa  191  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.963581 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0371  putative heme O oxygenase (cytochrome aa3-controlling) transmembrane protein  35.88 
 
 		 363 aa  187  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.112806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3040  cytochrome oxidase assembly  38.78 
 
 		 342 aa  188  2e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00748587  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01360  hypothetical protein  55.96 
 
 		 357 aa  187  3e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0334  putative cytochrome aa3 oxidase assembly protein,related to CtaA  39.84 
 
 		 327 aa  186  5e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0114384 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0886  cytochrome oxidase assembly  38.78 
 
 		 392 aa  185  1.0000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0187  hypothetical protein  55.96 
 
 		 357 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0300  cytochrome oxidase assembly  38.68 
 
 		 361 aa  180  4e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1253  cytochrome oxidase assembly  35.31 
 
 		 383 aa  175  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0171  cytochrome oxidase assembly  38.21 
 
 		 327 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2851  cytochrome oxidase assembly  36.07 
 
 		 399 aa  164  3e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.413264  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1688  cytochrome oxidase assembly  35.64 
 
 		 398 aa  162  6e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00950  Cytochrome oxidase assembly protein  50.63 
 
 		 356 aa  161  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0269  cytochrome oxidase assembly  34.18 
 
 		 367 aa  160  3e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.840878 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04006  cytochrome oxidase assembly  35.26 
 
 		 354 aa  160  4e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0322  cytochrome oxidase assembly  33.93 
 
 		 367 aa  158  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.334167  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3523  cytochrome oxidase assembly  44.16 
 
 		 326 aa  158  1e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0553  cytochrome oxidase assembly  34.27 
 
 		 369 aa  155  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.241728  normal  0.802361 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2711  cytochrome oxidase assembly  35.43 
 
 		 375 aa  154  2e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.318505  normal  0.197549 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3174  putative heme O oxygenase (cytochrome aa3-controlling) transmembrane protein  35.83 
 
 		 391 aa  154  2e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.350605  normal  0.387453 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0285  cytochrome oxidase assembly  34.53 
 
 		 369 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6168  cytochrome oxidase assembly  32.99 
 
 		 370 aa  154  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.473595  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4163  putative cytochrome oxidase assembly protein  36.06 
 
 		 369 aa  151  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0465  cytochrome oxidase assembly  33.76 
 
 		 370 aa  151  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.77603  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3900  cytochrome oxidase assembly  35.52 
 
 		 404 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.733003  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2895  cytochrome oxidase assembly  32.74 
 
 		 370 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4005  cytochrome oxidase assembly  42.67 
 
 		 327 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2755  cytochrome oxidase assembly  32.48 
 
 		 370 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.886693  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3997  cytochrome oxidase assembly  40.78 
 
 		 352 aa  139  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1387  cytochrome oxidase assembly  34.95 
 
 		 407 aa  137  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.467334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3827  cytochrome oxidase assembly  41.3 
 
 		 411 aa  130  6e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.502475 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3189  cytochrome c assembly family protein  38.5 
 
 		 369 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0681  cytochrome c assembly family protein  38.5 
 
 		 369 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.33629  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0161  cytochrome c assembly family protein  38.5 
 
 		 369 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1431  cytochrome c assembly family protein  38.5 
 
 		 369 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0498  cytochrome oxidase assembly protein  38.94 
 
 		 369 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0516  cytochrome oxidase assembly protein  38.5 
 
 		 369 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2858  cytochrome c assembly family protein  38.5 
 
 		 369 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0434  cytochrome c assembly family protein  38.5 
 
 		 369 aa  125  9e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2225  cytochrome oxidase assembly  38.94 
 
 		 370 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3798  cytochrome oxidase assembly  40.39 
 
 		 352 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3871  cytochrome oxidase assembly  40.39 
 
 		 352 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2838  cytochrome oxidase assembly  38.94 
 
 		 370 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1932  cytochrome oxidase assembly  39.09 
 
 		 376 aa  124  2e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2849  cytochrome oxidase assembly  38.5 
 
 		 370 aa  124  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.442546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3528  cytochrome oxidase assembly  40.09 
 
 		 396 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.13481  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1637  cytochrome oxidase assembly  38.64 
 
 		 373 aa  117  3e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0968838  normal  0.388921 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1045  cytochrome oxidase assembly  43.15 
 
 		 356 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4383  cytochrome oxidase assembly  40.81 
 
 		 406 aa  113  7.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.830845  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4065  cytochrome oxidase assembly  39.71 
 
 		 506 aa  98.6  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.328508  normal  0.355077 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0133  cytochrome oxidase assembly family protein/cell division protein FtsY  39.31 
 
 		 671 aa  82.4  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.167728  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1778  cytochrome oxidase assembly protein  26.47 
 
 		 323 aa  73.2  0.000000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2205  cytochrome oxidase assembly protein  33.33 
 
 		 327 aa  71.2  0.00000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000000750752  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2398  cytochrome oxidase assembly  28.78 
 
 		 326 aa  68.6  0.0000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43606  predicted protein  25.38 
 
 		 367 aa  66.2  0.000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.953763 
 
 
-
 
NC_006682  CNM00720  cytochrome c oxidase biogenesis-related protein, putative  25.51 
 
 		 452 aa  63.9  0.000000005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.564736  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05021  hypothetical protein  33.61 
 
 		 308 aa  63.2  0.000000008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0446  hypothetical protein  34.71 
 
 		 308 aa  62.8  0.000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.552412  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04711  hypothetical protein  33.61 
 
 		 308 aa  62.8  0.000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05091  hypothetical protein  31.67 
 
 		 285 aa  59.7  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.150213  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2479  cytochrome oxidase assembly  31.82 
 
 		 311 aa  59.3  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0174052  normal  0.17333 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3469  cytochrome oxidase assembly  37.97 
 
 		 342 aa  58.2  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0691461 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5672  cytochrome oxidase assembly  29.79 
 
 		 339 aa  57.8  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.919236 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0527  cytochrome oxidase assembly  27.07 
 
 		 333 aa  55.8  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5475  cytochrome oxidase assembly  30.37 
 
 		 331 aa  55.8  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4285  cytochrome oxidase assembly  35.21 
 
 		 341 aa  55.5  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.367263  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1780  cytochrome oxidase assembly  26.95 
 
 		 304 aa  53.1  0.000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3572  cytochrome oxidase assembly  25.95 
 
 		 311 aa  52  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0254  cytochrome oxidase assembly  27.75 
 
 		 313 aa  51.6  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.497182  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>