166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0126 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0109  cytochrome oxidase assembly  98.61 
 
 
359 aa  702    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.475032  normal  0.476439 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0126  cytochrome oxidase assembly  100 
 
 
359 aa  708    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0124  cytochrome oxidase assembly  97.21 
 
 
359 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190927  normal  0.0274429 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0129  cytochrome oxidase assembly  92.76 
 
 
357 aa  565  1e-160  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.96534 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0072  cytochrome oxidase assembly  72.81 
 
 
359 aa  421  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.891192  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01360  hypothetical protein  72.78 
 
 
357 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0187  hypothetical protein  72.78 
 
 
357 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0149  cytochrome oxidase assembly  72.51 
 
 
345 aa  374  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00950  Cytochrome oxidase assembly protein  69.75 
 
 
356 aa  347  1e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0069  cytochrome oxidase assembly  58.59 
 
 
368 aa  328  1.0000000000000001e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0043  putative cytochrome oxidase assembly protein  47 
 
 
394 aa  292  6e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.484274  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0191  cytochrome oxidase assembly  49.21 
 
 
328 aa  272  6e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0454  hypothetical protein  46.56 
 
 
335 aa  267  2e-70  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0478  hypothetical protein  46.56 
 
 
335 aa  266  5e-70  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3001  cytochrome oxidase assembly  53.06 
 
 
339 aa  265  8e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06265  hypothetical protein  47.74 
 
 
339 aa  263  4.999999999999999e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001452  heme A synthase cytochrome oxidase biogenesis protein Cox15-CtaA  47.04 
 
 
339 aa  258  1e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0230  cytochrome oxidase assembly protein  46.73 
 
 
353 aa  257  2e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00422033  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3788  cytochrome oxidase assembly  45.34 
 
 
325 aa  255  7e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4239  cytochrome oxidase assembly  45.68 
 
 
325 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1462  cytochrome oxidase assembly  48.89 
 
 
348 aa  247  2e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0118  cytochrome oxidase assembly  47.94 
 
 
327 aa  247  3e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4613  cytochrome oxidase assembly protein, putative  47.42 
 
 
330 aa  245  6.999999999999999e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0251  cytochrome oxidase assembly  44.75 
 
 
326 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3523  cytochrome oxidase assembly  46.82 
 
 
326 aa  239  5.999999999999999e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4005  cytochrome oxidase assembly  46.03 
 
 
327 aa  238  2e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3490  cytochrome oxidase assembly  47.74 
 
 
327 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.114551 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4119  cytochrome oxidase assembly  43.3 
 
 
325 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4187  cytochrome oxidase assembly  43.3 
 
 
325 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0148  cytochrome oxidase assembly  42.99 
 
 
325 aa  230  4e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4318  cytochrome oxidase assembly  43.3 
 
 
325 aa  229  4e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0300  cytochrome oxidase assembly  52.99 
 
 
361 aa  225  9e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3040  cytochrome oxidase assembly  46.69 
 
 
342 aa  225  1e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00748587  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3997  cytochrome oxidase assembly  44.21 
 
 
352 aa  223  3e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0246  cytochrome oxidase assembly  41.85 
 
 
363 aa  216  4e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.241407  normal  0.0193794 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0171  cytochrome oxidase assembly  46.06 
 
 
327 aa  215  8e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0681  cytochrome c assembly family protein  44.62 
 
 
369 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.33629  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0434  cytochrome c assembly family protein  44.62 
 
 
369 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0516  cytochrome oxidase assembly protein  44.62 
 
 
369 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0498  cytochrome oxidase assembly protein  44.62 
 
 
369 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3189  cytochrome c assembly family protein  44.62 
 
 
369 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0161  cytochrome c assembly family protein  44.62 
 
 
369 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1431  cytochrome c assembly family protein  44.62 
 
 
369 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2858  cytochrome c assembly family protein  44.62 
 
 
369 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0334  putative cytochrome aa3 oxidase assembly protein,related to CtaA  51.62 
 
 
327 aa  211  1e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0114384 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6168  cytochrome oxidase assembly  44.92 
 
 
370 aa  211  1e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.473595  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0553  cytochrome oxidase assembly  44.72 
 
 
369 aa  212  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.241728  normal  0.802361 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3798  cytochrome oxidase assembly  43.92 
 
 
352 aa  212  1e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3871  cytochrome oxidase assembly  43.92 
 
 
352 aa  212  1e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0227  cytochrome oxidase assembly  41.23 
 
 
363 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.963581 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2849  cytochrome oxidase assembly  44.92 
 
 
370 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.442546  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0371  putative heme O oxygenase (cytochrome aa3-controlling) transmembrane protein  43.08 
 
 
363 aa  211  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.112806  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2225  cytochrome oxidase assembly  44.92 
 
 
370 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2838  cytochrome oxidase assembly  44.92 
 
 
370 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0285  cytochrome oxidase assembly  44.41 
 
 
369 aa  210  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4163  putative cytochrome oxidase assembly protein  44.72 
 
 
369 aa  206  6e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2755  cytochrome oxidase assembly  43.2 
 
 
370 aa  202  9e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.886693  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2895  cytochrome oxidase assembly  43.2 
 
 
370 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0318  cytochrome oxidase assembly  37.69 
 
 
387 aa  202  9.999999999999999e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.14987 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3827  cytochrome oxidase assembly  41.74 
 
 
411 aa  201  1.9999999999999998e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.502475 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1253  cytochrome oxidase assembly  41.69 
 
 
383 aa  200  1.9999999999999998e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0465  cytochrome oxidase assembly  43.49 
 
 
370 aa  200  3e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.77603  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04027  cytochrome oxidase assembly protein  37.04 
 
 
387 aa  200  3e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0629  putative cytochrome oxidase assembly protein  35.19 
 
 
387 aa  196  5.000000000000001e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3174  putative heme O oxygenase (cytochrome aa3-controlling) transmembrane protein  45.71 
 
 
391 aa  196  6e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.350605  normal  0.387453 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2851  cytochrome oxidase assembly  40.68 
 
 
399 aa  196  6e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.413264  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1387  cytochrome oxidase assembly  42.19 
 
 
407 aa  196  7e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.467334  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0269  cytochrome oxidase assembly  42.32 
 
 
367 aa  195  9e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.840878 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0886  cytochrome oxidase assembly  42.47 
 
 
392 aa  195  1e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3528  cytochrome oxidase assembly  40 
 
 
396 aa  195  1e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.13481  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0712  cytochrome oxidase assembly protein  34.92 
 
 
387 aa  194  3e-48  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.809899  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3900  cytochrome oxidase assembly  40.52 
 
 
404 aa  192  6e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.733003  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0322  cytochrome oxidase assembly  41.98 
 
 
367 aa  191  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.334167  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1932  cytochrome oxidase assembly  39.36 
 
 
376 aa  189  5e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04006  cytochrome oxidase assembly  45.05 
 
 
354 aa  189  9e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4383  cytochrome oxidase assembly  42.73 
 
 
406 aa  187  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.830845  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1688  cytochrome oxidase assembly  40.74 
 
 
398 aa  186  4e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2711  cytochrome oxidase assembly  38.62 
 
 
375 aa  180  2.9999999999999997e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.318505  normal  0.197549 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1045  cytochrome oxidase assembly  46.95 
 
 
356 aa  177  2e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4065  cytochrome oxidase assembly  42.94 
 
 
506 aa  176  7e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.328508  normal  0.355077 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1637  cytochrome oxidase assembly  37.5 
 
 
373 aa  170  3e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0968838  normal  0.388921 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0133  cytochrome oxidase assembly family protein/cell division protein FtsY  37.64 
 
 
671 aa  109  8.000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.167728  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2398  cytochrome oxidase assembly  30.35 
 
 
326 aa  78.6  0.0000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1778  cytochrome oxidase assembly protein  27.27 
 
 
323 aa  73.6  0.000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0405  cytochrome oxidase assembly  29.1 
 
 
286 aa  70.5  0.00000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.56045  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1160  cytochrome oxidase assembly  28.96 
 
 
361 aa  63.9  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.6237  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2205  cytochrome oxidase assembly protein  33.8 
 
 
327 aa  61.6  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000000750752  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3469  cytochrome oxidase assembly  32.88 
 
 
342 aa  60.1  0.00000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0691461 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4285  cytochrome oxidase assembly  23.35 
 
 
341 aa  59.7  0.00000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.367263  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3028  cytochrome oxidase assembly  28.27 
 
 
343 aa  58.2  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.899389 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1210  cytochrome oxidase assembly  33.33 
 
 
336 aa  57.4  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.294531  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2479  cytochrome oxidase assembly  32.9 
 
 
311 aa  57.4  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0174052  normal  0.17333 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06441  hypothetical protein  33 
 
 
307 aa  57.4  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0836643 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1670  cytochrome oxidase assembly factor  29.68 
 
 
364 aa  57  0.0000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0624262  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1519  cytochrome oxidase assembly  25.3 
 
 
341 aa  56.2  0.0000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.186497  normal  0.459506 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0841  cytochrome oxidase assembly  25.98 
 
 
349 aa  55.8  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0855  putative cytochrome oxidase assembly protein  26.35 
 
 
325 aa  54.7  0.000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43606  predicted protein  24.65 
 
 
367 aa  55.1  0.000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.953763 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4907  cytochrome oxidase assembly  24.78 
 
 
341 aa  55.1  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04711  hypothetical protein  30.65 
 
 
308 aa  54.3  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>