More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4154 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4154  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  618  1e-176  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3695  LysR family transcriptional regulator  94.72 
 
 		 303 aa  589  1e-167  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0453  LysR family transcriptional regulator  91.09 
 
 		 303 aa  574  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0472  LysR family transcriptional regulator  91.42 
 
 		 303 aa  573  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0591  LysR family transcriptional regulator  68.44 
 
 		 304 aa  428  1e-119  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0506  LysR family transcriptional regulator  64.12 
 
 		 305 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4064  LysR family transcriptional regulator  63.79 
 
 		 304 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  45.51 
 
 		 331 aa  272  5.000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  44.88 
 
 		 331 aa  272  6e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2914  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 299 aa  223  4e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4112  LysR family transcriptional regulator  42.75 
 
 		 300 aa  223  4e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269133 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0659  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41 
 
 		 307 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0668  LysR family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 309 aa  219  3e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 301 aa  218  8.999999999999998e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 341 aa  215  7e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3711  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 304 aa  211  1e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18200  LysR family transcriptional regulator  39.14 
 
 		 306 aa  210  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  39.61 
 
 		 310 aa  210  3e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1579  putative transcriptional regulator  42.7 
 
 		 306 aa  208  7e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0511  LysR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 301 aa  208  1e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.533248  hitchhiker  0.00184272 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3218  LysR family transcriptional regulator  42.7 
 
 		 319 aa  207  2e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1100  LysR, substrate-binding  40.22 
 
 		 307 aa  206  3e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  37.87 
 
 		 327 aa  205  8e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  38.18 
 
 		 307 aa  205  8e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01965  transcriptional regulator, LysR family protein  36.94 
 
 		 302 aa  204  1e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.514809  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 327 aa  204  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24760  LysR family transcriptional regulator protein  42.34 
 
 		 319 aa  204  2e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 302 aa  202  4e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2713  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 323 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.995522  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 309 aa  199  3.9999999999999996e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0755  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 307 aa  199  5e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 313 aa  199  6e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0336  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 307 aa  199  6e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 310 aa  198  7e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4027  transcriptional regulator, LysR family  37.95 
 
 		 321 aa  198  7.999999999999999e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.198411 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2686  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 299 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0396  LysR family transcriptional regulator  40.64 
 
 		 304 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2512  transcriptional regulator, LysR family protein  38.01 
 
 		 299 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5646  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 307 aa  196  6e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.431821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4032  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 308 aa  196  6e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0670  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 312 aa  195  7e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3067  LysR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 296 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436418  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2312  LysR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 302 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 310 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4174  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 293 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 310 aa  194  2e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 310 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3341  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 293 aa  192  4e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4825  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 293 aa  192  4e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 307 aa  191  9e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06494  transcriptional regulator  35.48 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2359  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 310 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3977  LysR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 323 aa  190  2e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0227  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 310 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0891  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 310 aa  190  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0726  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 310 aa  190  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2439  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 310 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.5931  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0915  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  34.75 
 
 		 311 aa  191  2e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2719  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 310 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3617  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 305 aa  190  2e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0712  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 310 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.894566  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0408  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 305 aa  189  4e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 327 aa  189  5e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2720  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 296 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0067  transcriptional regulator, LysR family  39.07 
 
 		 304 aa  189  5.999999999999999e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 299 aa  189  5.999999999999999e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 301 aa  188  7e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 301 aa  188  7e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1404  transcriptional regulator, LysR family protein  35.32 
 
 		 311 aa  188  7e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.416275  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2952  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 296 aa  188  8e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.845125  decreased coverage  0.00814406 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  37.98 
 
 		 306 aa  188  8e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 310 aa  188  9e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0075  transcriptional regulator, LysR family  39.4 
 
 		 304 aa  188  9e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 300 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 301 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 300 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 300 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 300 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 300 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3879  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 308 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 327 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 325 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 325 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 327 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1435  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.07 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0407  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0109674 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3931  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 308 aa  187  3e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 301 aa  187  3e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 301 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 300 aa  186  4e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2431  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 307 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557112  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1392  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 311 aa  186  6e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3264  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 309 aa  186  6e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.655884 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2913  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 295 aa  186  6e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 300 aa  185  9e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3269  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 296 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2076  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 309 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>