More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1259 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1259  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  615  1e-175  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1069  LysR family transcriptional regulator  95.95 
 
 		 302 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0157656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1141  LysR family transcriptional regulator  95.95 
 
 		 303 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.316978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1073  LysR family transcriptional regulator  95.61 
 
 		 302 aa  580  1e-164  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2796  LysR family transcriptional regulator  91.19 
 
 		 296 aa  555  1e-157  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3192  LysR family transcriptional regulator  90.51 
 
 		 296 aa  549  1e-155  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3330  LysR family transcriptional regulator  90.51 
 
 		 296 aa  549  1e-155  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1181  transcriptional regulator, LysR family  90.51 
 
 		 296 aa  549  1e-155  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3186  LysR family transcriptional regulator  90.51 
 
 		 296 aa  549  1e-155  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2258  transcriptional regulator  85.76 
 
 		 296 aa  520  1e-146  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1196  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  83.73 
 
 		 298 aa  498  1e-140  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000644  transcriptional regulator LysR family  69.42 
 
 		 289 aa  422  1e-117  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06511  transcriptional regulator  69.07 
 
 		 289 aa  420  1e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 305 aa  94  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 297 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 297 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 297 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.17 
 
 		 325 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 297 aa  90.9  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  27.84 
 
 		 297 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.35 
 
 		 295 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 306 aa  89  9e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  26.23 
 
 		 308 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  26.23 
 
 		 308 aa  87  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  26.23 
 
 		 308 aa  87  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  26.23 
 
 		 308 aa  87  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  26.23 
 
 		 308 aa  87  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 298 aa  87  4e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 298 aa  87  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 298 aa  86.7  5e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 300 aa  86.3  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  26.53 
 
 		 300 aa  85.9  8e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  26.19 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4360  LysR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623991  normal  0.557987 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  27.78 
 
 		 296 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  25.65 
 
 		 302 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  22.82 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 296 aa  84.7  0.000000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  23.49 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 298 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 298 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 308 aa  83.6  0.000000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  26.52 
 
 		 297 aa  83.6  0.000000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 294 aa  83.6  0.000000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.15 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.15 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3361  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 307 aa  82.8  0.000000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000023746  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  28.11 
 
 		 298 aa  82.8  0.000000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  23.86 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 300 aa  82.4  0.000000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 290 aa  82.4  0.000000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  25.85 
 
 		 300 aa  82.4  0.000000000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 298 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 298 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 304 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  22.15 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.62 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 293 aa  81.6  0.00000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  25.85 
 
 		 300 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2785  transcriptional regulator, LysR family  26.48 
 
 		 293 aa  81.6  0.00000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 305 aa  81.6  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  25.33 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0553  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.141642  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.62 
 
 		 299 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  24.16 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  24.16 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  26.14 
 
 		 316 aa  81.6  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.16 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2936  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 311 aa  80.5  0.00000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00477843  normal  0.111677 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 323 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4523  LysR family regulatory protein  26.13 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4614  LysR family regulatory protein  26.13 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.342206 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4531  LysR family regulatory protein  26.13 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  26.62 
 
 		 301 aa  80.1  0.00000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4616  LysR family regulatory protein  26.13 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4666  LysR family regulatory protein  26.13 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.89 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  27.31 
 
 		 293 aa  80.1  0.00000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  26.94 
 
 		 313 aa  79.7  0.00000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  26 
 
 		 305 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 294 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  27.75 
 
 		 298 aa  79.3  0.00000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 300 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  27.78 
 
 		 307 aa  79.3  0.00000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2398  putative Rubisco transcriptional regulator  29.46 
 
 		 329 aa  79.3  0.00000000000007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37940  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.35 
 
 		 295 aa  79  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000278966  normal  0.0117616 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>