More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2747 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A2747  gluconate 5-dehydrogenase  100 
 
 
253 aa  483  1e-136  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.583516  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0468  gluconate 5-dehydrogenase  62.55 
 
 
251 aa  268  5e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.175213  normal  0.323536 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5878  gluconate 5-dehydrogenase  61.2 
 
 
259 aa  268  5.9999999999999995e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.854497  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2136  gluconate 5-dehydrogenase  53.88 
 
 
256 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.510387  normal  0.0477177 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2380  gluconate 5-dehydrogenase  56.1 
 
 
256 aa  226  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.667021  decreased coverage  0.0022048 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.66 
 
 
255 aa  203  3e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
257 aa  201  9e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.46 
 
 
256 aa  200  1.9999999999999998e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  44.98 
 
 
257 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4511  gluconate 5-dehydrogenase  42.91 
 
 
254 aa  193  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  44.4 
 
 
255 aa  192  5e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.94 
 
 
274 aa  192  5e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9124  gluconate 5-dehydrogenase  44.53 
 
 
256 aa  192  5e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.991877  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46750  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.67 
 
 
257 aa  191  7e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.658343  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1540  gluconate 5-dehydrogenase  44 
 
 
255 aa  191  8e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0166996  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42 
 
 
255 aa  190  2e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245481  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4244  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.4 
 
 
249 aa  189  2.9999999999999997e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0777  gluconate 5-dehydrogenase  44.27 
 
 
251 aa  189  5e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.618291  hitchhiker  0.00200145 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6414  gluconate 5-dehydrogenase  41.7 
 
 
254 aa  188  5.999999999999999e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0118789  normal  0.389185 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0949  gluconate 5-dehydrogenase  41.8 
 
 
264 aa  186  2e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000161447 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5032  gluconate 5-dehydrogenase  45.06 
 
 
252 aa  186  2e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.930013  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.43 
 
 
254 aa  187  2e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4263  gluconate 5-dehydrogenase  38.74 
 
 
263 aa  185  7e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  42 
 
 
258 aa  184  8e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3622  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.25 
 
 
255 aa  182  3e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.808003  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.6 
 
 
256 aa  182  5.0000000000000004e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 
272 aa  181  8.000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.382394  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5798  gluconate 5-dehydrogenase  44.66 
 
 
251 aa  179  4.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.475551  hitchhiker  0.00243591 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.76 
 
 
256 aa  177  1e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.62 
 
 
261 aa  177  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.828765 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2225  glucose 1-dehydrogenase, putative  44.62 
 
 
261 aa  177  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3288  gluconate 5-dehydrogenase  39.68 
 
 
254 aa  176  4e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.978364  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
255 aa  176  4e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.09 
 
 
261 aa  176  5e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.718128 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.65 
 
 
258 aa  173  1.9999999999999998e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3515  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  44.14 
 
 
255 aa  172  3.9999999999999995e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2534  gluconate 5-dehydrogenase  39.2 
 
 
262 aa  172  5.999999999999999e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.22 
 
 
257 aa  171  6.999999999999999e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0620  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.57 
 
 
255 aa  171  9e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.58504  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1782  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.51 
 
 
244 aa  170  2e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.788783  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3438  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.8 
 
 
252 aa  169  3e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.62 
 
 
261 aa  169  3e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0579067  normal  0.028281 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1857  glucose 1-dehydrogenase, putative  44.62 
 
 
261 aa  169  3e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.637675  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.41 
 
 
254 aa  169  4e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.53 
 
 
247 aa  169  4e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 
257 aa  168  6e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.600374  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.97 
 
 
251 aa  168  7e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.78 
 
 
252 aa  168  8e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.22334  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.84 
 
 
247 aa  167  1e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 
257 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 
257 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0277  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.2 
 
 
251 aa  167  1e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA01160  LSDR, putative  37.92 
 
 
293 aa  167  2e-40  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1164  gluconate 5-dehydrogenase  38.34 
 
 
263 aa  167  2e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
252 aa  166  2e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1904  gluconate 5-dehydrogenase  36.72 
 
 
270 aa  166  2.9999999999999998e-40  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000312184  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3725  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 
269 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.725023  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31000  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.51 
 
 
255 aa  166  2.9999999999999998e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1591  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.56 
 
 
265 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.222007  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.2 
 
 
255 aa  166  4e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4265  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.89 
 
 
250 aa  166  4e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4325  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.89 
 
 
250 aa  166  4e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00118279  normal  0.0328571 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
260 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0593655  normal  0.256231 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
252 aa  166  5e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  42.74 
 
 
254 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  40.64 
 
 
260 aa  165  6.9999999999999995e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4887  gluconate 5-dehydrogenase  37.1 
 
 
254 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.851377  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0281  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.52 
 
 
250 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0874808  normal  0.889529 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2361  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.23 
 
 
258 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.11166  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04132  gluconate 5-dehydrogenase  37.1 
 
 
254 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
254 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4768  gluconate 5-dehydrogenase  37.1 
 
 
254 aa  163  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.136475  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04096  hypothetical protein  37.1 
 
 
254 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0222  gluconate 5-dehydrogenase  36.95 
 
 
254 aa  163  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.18 
 
 
251 aa  164  2.0000000000000002e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4738  gluconate 5-dehydrogenase  37.1 
 
 
254 aa  163  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.120281 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4522  gluconate 5-dehydrogenase  37.1 
 
 
254 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0305607  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4831  gluconate 5-dehydrogenase  37.1 
 
 
254 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.34 
 
 
254 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1133  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
247 aa  163  2.0000000000000002e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.25 
 
 
261 aa  163  3e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.385793 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0349  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.78 
 
 
257 aa  162  3e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.202503  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.31 
 
 
265 aa  163  3e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3895  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.9 
 
 
248 aa  163  3e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.589012  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4868  gluconate 5-dehydrogenase  36.55 
 
 
254 aa  162  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.113188 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4747  gluconate 5-dehydrogenase  36.69 
 
 
254 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0669  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.58 
 
 
259 aa  161  7e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0399726  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2873  gluconate 5-dehydrogenase  42.23 
 
 
263 aa  162  7e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3239  short chain dehydrogenase  40 
 
 
254 aa  162  7e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.304035  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1576  gluconate 5-dehydrogenase  36.55 
 
 
289 aa  162  7e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.106738  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
257 aa  161  7e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5045  short chain dehydrogenase  39.84 
 
 
254 aa  161  7e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0490  gluconate 5-dehydrogenase  36.47 
 
 
265 aa  161  8.000000000000001e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1800  gluconate 5-dehydrogenase  36.55 
 
 
254 aa  161  9e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.69698  normal  0.0411543 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1470  gluconate 5-dehydrogenase  36.55 
 
 
254 aa  161  9e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.45 
 
 
247 aa  161  9e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.57 
 
 
255 aa  161  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2333  gluconate 5-dehydrogenase  41.25 
 
 
259 aa  161  1e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.885017  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2927  short chain dehydrogenase  38.8 
 
 
254 aa  161  1e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.56 
 
 
261 aa  160  1e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>