More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1412 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1412  LysR substrate-binding  100 
 
 		 131 aa  263  5.999999999999999e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.25949 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1454  transcriptional regulator, LysR family  95.42 
 
 		 267 aa  254  2e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.614106  normal  0.119882 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  39.5 
 
 		 312 aa  80.5  0.000000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  38.66 
 
 		 312 aa  78.2  0.00000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0366  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 301 aa  73.6  0.0000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.611699 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2913  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 306 aa  73.6  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.268989  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3159  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 299 aa  71.2  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.789389  normal  0.0875309 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 301 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4588  LysR family transcriptional regulator  46.99 
 
 		 314 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.042937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 315 aa  62.8  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0491  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.51 
 
 		 315 aa  61.2  0.000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 314 aa  60.5  0.000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 295 aa  60.5  0.000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5525  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 306 aa  60.1  0.000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.70643  normal  0.485988 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.3 
 
 		 307 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 308 aa  59.3  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.26 
 
 		 294 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.66 
 
 		 305 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  29.66 
 
 		 305 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  29.66 
 
 		 305 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.66 
 
 		 305 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.66 
 
 		 305 aa  58.5  0.00000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.66 
 
 		 305 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.66 
 
 		 305 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.66 
 
 		 305 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 300 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.66 
 
 		 305 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.02 
 
 		 294 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.81 
 
 		 305 aa  57.8  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.81 
 
 		 305 aa  57.8  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.81 
 
 		 305 aa  57.8  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.81 
 
 		 305 aa  57.8  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.81 
 
 		 305 aa  57.8  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 		 294 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 296 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 		 294 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 300 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 296 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.9 
 
 		 312 aa  57.4  0.00000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 299 aa  56.2  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.17 
 
 		 294 aa  57  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.19 
 
 		 294 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.17 
 
 		 294 aa  57  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1366  LysR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 306 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.165688  normal  0.0366589 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.61 
 
 		 293 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.61 
 
 		 293 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 296 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.61 
 
 		 293 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.51 
 
 		 307 aa  55.5  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.52 
 
 		 305 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 301 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.91 
 
 		 304 aa  54.7  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.61 
 
 		 293 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0698  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 320 aa  54.7  0.0000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.66 
 
 		 307 aa  54.3  0.0000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 317 aa  53.9  0.0000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 295 aa  53.5  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0734  LysR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 314 aa  53.5  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.97 
 
 		 305 aa  53.1  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1341  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 299 aa  52.8  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.53 
 
 		 313 aa  52.4  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.43 
 
 		 322 aa  52  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0304  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 294 aa  52.4  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3540  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 310 aa  52  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1431  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 306 aa  52.4  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53118  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3188  LysR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 304 aa  52.4  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6398  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 306 aa  52.4  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 296 aa  51.6  0.000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0033  putative transcriptional regulator  32.26 
 
 		 299 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.195958  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6443  transcriptional regulator, LysR family  30.83 
 
 		 312 aa  51.6  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0226861 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1774  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 314 aa  51.2  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.605757  normal  0.648056 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6448  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 318 aa  51.6  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0983  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  28.46 
 
 		 300 aa  51.2  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4109  transcriptional regulator, LysR family  32.28 
 
 		 323 aa  51.2  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.96 
 
 		 300 aa  50.8  0.000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0981  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 307 aa  50.8  0.000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4867  transcriptional regulator, LysR family  31.36 
 
 		 315 aa  50.8  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.470636 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2844  transcriptional regulator, LysR family  39.25 
 
 		 295 aa  50.8  0.000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 295 aa  50.8  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 305 aa  50.8  0.000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 307 aa  50.4  0.000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 292 aa  50.4  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 292 aa  50.4  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5583  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 321 aa  50.4  0.000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3505  LysR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 297 aa  50.4  0.000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3988  LysR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 297 aa  50.4  0.000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.194076 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5947  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 321 aa  50.4  0.000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.287273 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  28.57 
 
 		 306 aa  50.1  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.73 
 
 		 306 aa  50.1  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 310 aa  49.7  0.00001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2456  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 318 aa  50.1  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0921  LysR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 315 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.66 
 
 		 308 aa  50.1  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2674  LysR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 310 aa  49.7  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.910839 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2712  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 313 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0112  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 320 aa  50.1  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0089776 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6419  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 297 aa  49.7  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4988  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 399 aa  49.7  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.225998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01945  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 260 aa  50.1  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6131  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 310 aa  49.7  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>