120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0821 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0821  protein of unknown function DUF1228  100 
 
 		 404 aa  771    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.303268  normal  0.29655 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0751  protein of unknown function DUF1228  98.27 
 
 		 404 aa  758    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.361372 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0805  hypothetical protein  84.24 
 
 		 409 aa  592  1e-168  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.703384  normal  0.650566 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0856  hypothetical protein  60.41 
 
 		 412 aa  428  1e-119  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0806  hypothetical protein  56.02 
 
 		 423 aa  391  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.314007 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0209  protein of unknown function DUF1228  59.4 
 
 		 422 aa  363  3e-99  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.805115  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0190  hypothetical protein  59.4 
 
 		 422 aa  363  3e-99  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1041  hypothetical protein  51.06 
 
 		 428 aa  343  2.9999999999999997e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6839  protein of unknown function DUF1228  50 
 
 		 408 aa  325  7e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0480421  normal  0.134894 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1291  hypothetical protein  51.82 
 
 		 408 aa  325  7e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1488  hypothetical protein  54.02 
 
 		 417 aa  324  2e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.861875 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0273  hypothetical protein  59.06 
 
 		 427 aa  324  2e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1611  hypothetical protein  50.39 
 
 		 409 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4555  hypothetical protein  52.05 
 
 		 417 aa  318  7.999999999999999e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1330  hypothetical protein  53.44 
 
 		 413 aa  316  5e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.312035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1411  hypothetical protein  51.09 
 
 		 439 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0929  hypothetical protein  51.09 
 
 		 420 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0697566  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1389  hypothetical protein  50.53 
 
 		 420 aa  312  5.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.290756 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1904  hypothetical protein  55.25 
 
 		 437 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.21993 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2822  protein of unknown function DUF1228  50.51 
 
 		 421 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.147565 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2745  protein of unknown function DUF1228  51.91 
 
 		 399 aa  299  5e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5539  hypothetical protein  46.41 
 
 		 402 aa  289  7e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.188295  normal  0.0555001 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1559  hypothetical protein  38.3 
 
 		 385 aa  186  8e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4526  hypothetical protein  39.02 
 
 		 390 aa  178  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0279  major facilitator transporter  30 
 
 		 398 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1313  major facilitator transporter  56.61 
 
 		 504 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.776247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4033  hypothetical protein  37.98 
 
 		 386 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.253788 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2471  major facilitator transporter  37.14 
 
 		 383 aa  172  9e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2569  hypothetical protein  37.14 
 
 		 383 aa  172  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2659  major facilitator transporter  60.87 
 
 		 540 aa  167  4e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.600208  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1384  hypothetical protein  37.6 
 
 		 390 aa  167  4e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0951204  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0485  hypothetical protein  35.98 
 
 		 406 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.626037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1639  major facilitator superfamily permease  64.93 
 
 		 537 aa  162  1e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1662  major facilitator superfamily permease  64.93 
 
 		 546 aa  162  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.252981  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1818  hypothetical protein  64.18 
 
 		 525 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.628043  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46180  hypothetical protein  38.55 
 
 		 397 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0113792 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2754  hypothetical protein  34.41 
 
 		 382 aa  157  3e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3819  hypothetical protein  37.27 
 
 		 389 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0125429  normal  0.189828 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3678  protein of unknown function DUF1228  34.59 
 
 		 405 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.28396  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3928  hypothetical protein  39.82 
 
 		 397 aa  153  4e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1449  hypothetical protein  35.16 
 
 		 393 aa  142  9e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.802769 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0122  protein of unknown function DUF1228  34.88 
 
 		 402 aa  139  6e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1425  hypothetical protein  50 
 
 		 238 aa  138  2e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.128087  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0453  hypothetical protein  50 
 
 		 238 aa  138  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0707  hypothetical protein  50 
 
 		 238 aa  138  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.445459  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0484  hypothetical protein  34.03 
 
 		 400 aa  138  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0856  major facilitator transporter  31.38 
 
 		 397 aa  137  4e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0072  hypothetical protein  30.81 
 
 		 400 aa  131  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1585  major facilitator transporter  29.21 
 
 		 403 aa  130  6e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0169  major facilitator superfamily MFS_1  32.74 
 
 		 397 aa  127  3e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3732  hypothetical protein  31.49 
 
 		 392 aa  125  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000100771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1047  major facilitator transporter  32.55 
 
 		 405 aa  124  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4560  major facilitator transporter  31.49 
 
 		 392 aa  125  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2851  protein of unknown function DUF1228  33.33 
 
 		 394 aa  124  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0859226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4773  transporter, major facilitator family  31.22 
 
 		 392 aa  124  4e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3120  protein of unknown function DUF1228  33.81 
 
 		 394 aa  123  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.508963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1651  hypothetical protein  33.24 
 
 		 388 aa  123  7e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0231704  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0358  hypothetical protein  32.11 
 
 		 400 aa  120  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.23836  unclonable  0.0000000671481 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4918  major facilitator family transporter  34.55 
 
 		 394 aa  121  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.844872  normal  0.222303 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4846  transporter, major facilitator family  34.55 
 
 		 394 aa  121  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04201  predicted inner membrane protein  31.17 
 
 		 392 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000208654  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3664  protein of unknown function DUF1228  31.17 
 
 		 392 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000330121  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1231  major facilitator superfamily tranporter  28.71 
 
 		 428 aa  120  3.9999999999999996e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.475499 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04164  hypothetical protein  31.17 
 
 		 392 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000012722  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1160  major facilitator transporter  29.09 
 
 		 433 aa  120  3.9999999999999996e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0149798 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45070  hypothetical protein  33.69 
 
 		 401 aa  120  3.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4896  hypothetical protein  26.44 
 
 		 395 aa  120  6e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2647  major facilitator transporter  31.81 
 
 		 385 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.652327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3043  major facilitator transporter  32.25 
 
 		 394 aa  119  9e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.890919 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4932  major facilitator transporter  31.23 
 
 		 392 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0386  hypothetical protein  31.59 
 
 		 359 aa  118  1.9999999999999998e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4870  major facilitator family protein  34.27 
 
 		 394 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.444375 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4772  transporter major facilitator family  33.99 
 
 		 394 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4920  major facilitator family transporter  34.55 
 
 		 394 aa  117  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.177935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4509  hypothetical protein  30.61 
 
 		 392 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.530694 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4877  major facilitator transporter  31.98 
 
 		 392 aa  113  8.000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.429993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5844  transporter, major facilitator family  31.98 
 
 		 392 aa  112  9e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.482212 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2649  major facilitator transporter  26.28 
 
 		 389 aa  111  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.189084 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0207  hypothetical protein  29.97 
 
 		 395 aa  110  4.0000000000000004e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.49283  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0733  hypothetical protein  29.9 
 
 		 388 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.162418  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0235  sugar transporter  29.38 
 
 		 395 aa  108  1e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.105559  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3310  MFS permease  32.53 
 
 		 401 aa  95.1  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.641652  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0634  protein of unknown function DUF1228  33.03 
 
 		 374 aa  87.4  4e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2507  hypothetical protein  31.9 
 
 		 443 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.690501  normal  0.711571 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6538  major facilitator transporter  28.94 
 
 		 404 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.499845 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3912  major facilitator transporter  31.65 
 
 		 416 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.812744 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3608  major facilitator transporter  30.79 
 
 		 416 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3309  major facilitator transporter  25.92 
 
 		 395 aa  77  0.0000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0280  major facilitator transporter  27.08 
 
 		 395 aa  77  0.0000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5344  major facilitator transporter  29.76 
 
 		 415 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0908766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4306  major facilitator superfamily transporter  26.73 
 
 		 413 aa  70.5  0.00000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0575629 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3514  major facilitator transporter  30.03 
 
 		 415 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.747582  normal  0.0415191 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5090  major facilitator transporter  30.79 
 
 		 416 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.778625 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1213  major facilitator transporter  32.46 
 
 		 398 aa  67.8  0.0000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.451147 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6744  major facilitator superfamily MFS_1  28.27 
 
 		 405 aa  66.6  0.0000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.713185 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4318  hypothetical protein  27.66 
 
 		 409 aa  66.2  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0616031  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1455  major facilitator transporter  27.34 
 
 		 411 aa  65.5  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0225  protein of unknown function DUF1228  28.49 
 
 		 395 aa  64.7  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0489  major facilitator transporter  28.34 
 
 		 394 aa  63.9  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3596  major facilitator transporter  30.03 
 
 		 398 aa  64.3  0.000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>