More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3930 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_3203  succinyl-CoA synthetase subunit beta  95.5 
 
 
379 aa  724    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.399837 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3930  succinyl-CoA synthetase subunit beta  100 
 
 
379 aa  753    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.742963  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2086  succinyl-CoA synthetase subunit beta  83.02 
 
 
382 aa  629  1e-179  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4569  succinyl-CoA synthetase subunit beta  70.82 
 
 
378 aa  546  1e-154  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0102197  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0289  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  56.5 
 
 
382 aa  420  1e-116  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2500  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.13 
 
 
388 aa  384  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.680576  normal  0.0920336 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1627  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.38 
 
 
388 aa  382  1e-105  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0597  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.56 
 
 
390 aa  382  1e-105  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2233  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.12 
 
 
388 aa  380  1e-104  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.159588  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2202  succinyl-CoA synthase, beta subunit  50.13 
 
 
388 aa  379  1e-104  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00971799  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0599  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.17 
 
 
387 aa  379  1e-104  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0580  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.91 
 
 
387 aa  378  1e-104  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2012  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.13 
 
 
388 aa  379  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.807548 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2321  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.12 
 
 
388 aa  380  1e-104  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0456316  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1557  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.56 
 
 
390 aa  380  1e-104  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1220  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.19 
 
 
409 aa  381  1e-104  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1617  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.36 
 
 
388 aa  375  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.133966  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1375  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  50.79 
 
 
384 aa  377  1e-103  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3686  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.9 
 
 
388 aa  375  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43950  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.16 
 
 
388 aa  377  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0993593  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0620  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.87 
 
 
389 aa  373  1e-102  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000105579  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1529  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.48 
 
 
382 aa  372  1e-102  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.36808  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5927  malate--CoA ligase subunit beta  48.84 
 
 
395 aa  373  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.298211 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1801  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.26 
 
 
389 aa  373  1e-102  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.198712  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3724  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.27 
 
 
392 aa  373  1e-102  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.637154  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1026  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.87 
 
 
382 aa  372  1e-102  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  decreased coverage  0.0000227763  unclonable  8.1657e-23 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4186  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.39 
 
 
388 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.146804  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0667  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.13 
 
 
391 aa  369  1e-101  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1668  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.39 
 
 
388 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.11525  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3509  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.39 
 
 
388 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.019231  normal  0.863924 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0957  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.55 
 
 
389 aa  369  1e-101  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1747  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  50.39 
 
 
388 aa  369  1e-101  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.655584  normal  0.0712805 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1671  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.41 
 
 
388 aa  365  1e-100  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1367  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.16 
 
 
378 aa  366  1e-100  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.913427 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0607  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.1 
 
 
390 aa  366  1e-100  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.409556  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1452  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  48.32 
 
 
389 aa  367  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567076  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2178  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  52.41 
 
 
387 aa  367  1e-100  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.84529  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2797  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  49.87 
 
 
388 aa  364  1e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.646018  normal  0.685585 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1943  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.1 
 
 
392 aa  364  1e-99  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2037  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.87 
 
 
387 aa  363  2e-99  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.325125  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0776  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.81 
 
 
392 aa  363  2e-99  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1992  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.74 
 
 
386 aa  364  2e-99  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1276  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  50.26 
 
 
383 aa  363  2e-99  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.295759  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4359  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.37 
 
 
403 aa  363  3e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.129325 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004110  succinyl-CoA ligase [ADP-forming] beta chain  51.41 
 
 
388 aa  363  4e-99  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0925  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.41 
 
 
382 aa  362  5.0000000000000005e-99  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000100196  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3757  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.87 
 
 
388 aa  362  7.0000000000000005e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29740  Succinyl-CoA synthetase, beta subunit  51.68 
 
 
389 aa  362  7.0000000000000005e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2184  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.32 
 
 
387 aa  362  9e-99  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0338  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.81 
 
 
390 aa  361  9e-99  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.210616  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1269  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.93 
 
 
388 aa  361  9e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.610511  normal  0.0166636 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0497  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.1 
 
 
391 aa  361  1e-98  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.892207 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1740  succinyl-CoA synthase, beta subunit  50.14 
 
 
389 aa  359  5e-98  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.0062076  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1625  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  48.48 
 
 
398 aa  359  5e-98  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.357974  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01357  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.64 
 
 
388 aa  359  5e-98  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1694  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  53.71 
 
 
395 aa  358  7e-98  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4693  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  50.25 
 
 
407 aa  358  7e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.298599  normal  0.0453308 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2879  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.67 
 
 
388 aa  358  7e-98  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1386  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.67 
 
 
388 aa  358  7e-98  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.900778  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2966  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.67 
 
 
388 aa  358  7e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1087  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  48.71 
 
 
391 aa  358  9e-98  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000260623  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1429  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.64 
 
 
388 aa  358  9e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2250  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  50.13 
 
 
388 aa  358  9.999999999999999e-98  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.655045 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0832  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.16 
 
 
388 aa  357  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00412785  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2267  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.64 
 
 
388 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1637  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.9 
 
 
388 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.258222  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1712  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.9 
 
 
388 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00288074  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1932  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.16 
 
 
388 aa  356  2.9999999999999997e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2117  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.27 
 
 
387 aa  356  2.9999999999999997e-97  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1211  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  46.6 
 
 
399 aa  356  2.9999999999999997e-97  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.773586  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1657  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.03 
 
 
382 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.231909 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01877  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.87 
 
 
388 aa  357  2.9999999999999997e-97  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.527866  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0079  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.36 
 
 
397 aa  357  2.9999999999999997e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0559  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.36 
 
 
397 aa  356  2.9999999999999997e-97  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.335681 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2221  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.36 
 
 
388 aa  356  3.9999999999999996e-97  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0353826  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0623  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.57 
 
 
392 aa  356  3.9999999999999996e-97  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.420642  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0771  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.16 
 
 
388 aa  355  5.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1463  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.88 
 
 
379 aa  355  5.999999999999999e-97  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0894  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.16 
 
 
388 aa  355  5.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.117114  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0797  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.16 
 
 
388 aa  355  5.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0208379  normal  0.0728159 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0861  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.16 
 
 
388 aa  355  5.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0229067 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2491  malate--CoA ligase subunit beta  48.27 
 
 
392 aa  355  7.999999999999999e-97  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2341  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.13 
 
 
388 aa  355  8.999999999999999e-97  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.188241  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00687  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.64 
 
 
388 aa  355  1e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.801133  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2908  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  50.64 
 
 
388 aa  355  1e-96  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.816309  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0820  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.64 
 
 
388 aa  355  1e-96  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2928  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.64 
 
 
388 aa  355  1e-96  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.523722  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0775  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.64 
 
 
388 aa  355  1e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5147  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  49.36 
 
 
390 aa  354  1e-96  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.710728  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0713  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  48.77 
 
 
389 aa  355  1e-96  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00106571  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0754  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.64 
 
 
388 aa  355  1e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0740  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.64 
 
 
388 aa  355  1e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1838  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.13 
 
 
388 aa  354  1e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.062455  normal  0.042007 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1099  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.22 
 
 
386 aa  354  1e-96  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.367484  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2506  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.13 
 
 
388 aa  354  1e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00062173  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2626  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.13 
 
 
388 aa  354  1e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00132784  normal  0.0696862 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2513  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.13 
 
 
388 aa  354  1e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.955755  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7116  malate--CoA ligase subunit beta  47.55 
 
 
392 aa  354  1e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00456682  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00676  hypothetical protein  50.64 
 
 
388 aa  355  1e-96  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1157  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  49.87 
 
 
388 aa  354  2e-96  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.947543  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>