More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_7116 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_7116  malate--CoA ligase subunit beta  100 
 
 
392 aa  799    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00456682  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3666  malate--CoA ligase subunit beta  88.17 
 
 
392 aa  711    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.127325  normal  0.209823 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2135  malate--CoA ligase subunit beta  88.43 
 
 
390 aa  712    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.313278 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6556  malate--CoA ligase subunit beta  98.21 
 
 
392 aa  787    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.493154  normal  0.0575552 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1751  malate--CoA ligase subunit beta  88.69 
 
 
390 aa  714    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.635696 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1799  malate--CoA ligase subunit beta  88.43 
 
 
390 aa  712    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.313721 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1716  malate--CoA ligase subunit beta  77.01 
 
 
399 aa  613  9.999999999999999e-175  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.311565 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3257  malate--CoA ligase subunit beta  75.13 
 
 
389 aa  600  1.0000000000000001e-171  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5927  malate--CoA ligase subunit beta  73.08 
 
 
395 aa  595  1e-169  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.298211 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1079  malate--CoA ligase subunit beta  61.79 
 
 
396 aa  504  1e-141  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00492419  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2491  malate--CoA ligase subunit beta  63.1 
 
 
392 aa  501  1e-141  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1747  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  58.03 
 
 
388 aa  463  1e-129  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.655584  normal  0.0712805 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1452  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  56.96 
 
 
389 aa  459  9.999999999999999e-129  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567076  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1992  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.22 
 
 
386 aa  455  1e-127  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1740  succinyl-CoA synthase, beta subunit  57.45 
 
 
389 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.0062076  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1099  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.18 
 
 
386 aa  453  1.0000000000000001e-126  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.367484  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4359  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.83 
 
 
403 aa  450  1e-125  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.129325 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0620  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.99 
 
 
389 aa  449  1e-125  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000105579  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0813  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.61 
 
 
388 aa  445  1.0000000000000001e-124  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0845354  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2789  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  57.91 
 
 
392 aa  442  1e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.799374 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0079  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.16 
 
 
397 aa  442  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1464  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  57.91 
 
 
392 aa  443  1e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0967  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.91 
 
 
397 aa  442  1e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2627  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.91 
 
 
397 aa  442  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.426035  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0559  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.67 
 
 
397 aa  441  1e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.335681 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1329  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.58 
 
 
388 aa  439  9.999999999999999e-123  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3687  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.29 
 
 
386 aa  439  9.999999999999999e-123  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000356944  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4693  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  57.47 
 
 
407 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.298599  normal  0.0453308 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3974  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.29 
 
 
386 aa  439  9.999999999999999e-123  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000205327  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1211  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  55.03 
 
 
399 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.773586  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2488  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.77 
 
 
386 aa  439  9.999999999999999e-123  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000281864  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1304  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.58 
 
 
388 aa  439  9.999999999999999e-123  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00442695  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3878  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.03 
 
 
386 aa  437  1e-121  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000279608  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3577  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.03 
 
 
386 aa  437  1e-121  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000022371  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3595  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.03 
 
 
386 aa  437  1e-121  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000384481  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3934  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.77 
 
 
386 aa  436  1e-121  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000073061  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1309  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.77 
 
 
386 aa  435  1e-121  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000115042  unclonable  2.19314e-25 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0155  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  57.14 
 
 
388 aa  437  1e-121  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.573103  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3486  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  57.14 
 
 
388 aa  437  1e-121  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.333849  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3659  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.77 
 
 
386 aa  436  1e-121  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000717596  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3883  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.03 
 
 
386 aa  437  1e-121  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000224565  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1375  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  55.58 
 
 
384 aa  434  1e-120  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1943  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.5 
 
 
392 aa  433  1e-120  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3514  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.91 
 
 
397 aa  434  1e-120  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.764048  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4349  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  57.66 
 
 
387 aa  432  1e-120  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.741807  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1040  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  57.22 
 
 
389 aa  429  1e-119  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.401967 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2261  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  56.36 
 
 
386 aa  430  1e-119  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.139479  hitchhiker  0.0000000854981 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0821  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.65 
 
 
397 aa  431  1e-119  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.97511 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2878  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.9 
 
 
397 aa  430  1e-119  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2069  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  55.84 
 
 
387 aa  427  1e-118  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000114412  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2547  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.33 
 
 
391 aa  426  1e-118  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.130475 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3223  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  57.14 
 
 
389 aa  426  1e-118  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.835206  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0587  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  56.38 
 
 
387 aa  422  1e-117  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0425  succinyl-CoA synthase, beta subunit  56.38 
 
 
387 aa  422  1e-117  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.752721  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0623  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.32 
 
 
392 aa  422  1e-117  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.420642  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0599  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.95 
 
 
387 aa  419  1e-116  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0580  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.95 
 
 
387 aa  419  1e-116  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0497  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.21 
 
 
391 aa  420  1e-116  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.892207 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0490  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  53.28 
 
 
410 aa  418  1e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0776  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.7 
 
 
392 aa  420  1e-116  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1889  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.12 
 
 
387 aa  419  1e-116  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1625  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  53.9 
 
 
398 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.357974  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1627  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.93 
 
 
388 aa  416  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0607  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.19 
 
 
390 aa  417  9.999999999999999e-116  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.409556  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2500  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.39 
 
 
388 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.680576  normal  0.0920336 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0808  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  54.15 
 
 
386 aa  415  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0597  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.81 
 
 
390 aa  416  9.999999999999999e-116  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2202  succinyl-CoA synthase, beta subunit  50.39 
 
 
388 aa  413  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00971799  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2012  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.39 
 
 
388 aa  413  1e-114  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.807548 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1617  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.13 
 
 
388 aa  414  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.133966  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0338  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.16 
 
 
390 aa  411  1e-114  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.210616  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0957  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.52 
 
 
389 aa  413  1e-114  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1557  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.3 
 
 
390 aa  414  1e-114  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2037  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.69 
 
 
387 aa  411  1e-113  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.325125  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0245  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.2 
 
 
386 aa  410  1e-113  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000419135 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2321  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.15 
 
 
388 aa  410  1e-113  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0456316  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0667  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.41 
 
 
391 aa  409  1e-113  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0260  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.2 
 
 
386 aa  410  1e-113  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4482  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  54.15 
 
 
389 aa  410  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1087  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  52.19 
 
 
391 aa  410  1e-113  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000260623  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2233  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.15 
 
 
388 aa  410  1e-113  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.159588  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1801  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.74 
 
 
389 aa  409  1e-113  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.198712  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2250  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  50.39 
 
 
388 aa  410  1e-113  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.655045 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1157  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  51.94 
 
 
388 aa  410  1e-113  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.947543  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0967  succinyl-CoA synthase, beta subunit  53.99 
 
 
386 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0229  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.02 
 
 
399 aa  406  1.0000000000000001e-112  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.370858 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2717  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.83 
 
 
387 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4233  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  50.51 
 
 
393 aa  405  1.0000000000000001e-112  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.510138  normal  0.149486 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0280  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.26 
 
 
398 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0625888 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3398  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  52.91 
 
 
404 aa  405  1.0000000000000001e-112  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.694638 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0023  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.25 
 
 
398 aa  408  1.0000000000000001e-112  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2797  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  50.13 
 
 
388 aa  401  1e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.646018  normal  0.685585 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2221  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.16 
 
 
388 aa  401  1e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0353826  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0393  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.39 
 
 
398 aa  403  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.268228  normal  0.21905 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0729  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.7 
 
 
385 aa  404  1e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000827995  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5147  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  52.82 
 
 
390 aa  404  1e-111  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.710728  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0674  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.23 
 
 
389 aa  404  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0925  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.17 
 
 
382 aa  403  1e-111  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000100196  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2117  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.33 
 
 
387 aa  402  1e-111  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43950  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.65 
 
 
388 aa  402  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0993593  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>