More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0776 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_0667  succinyl-CoA synthetase subunit beta  83.85 
 
 
391 aa  674    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0607  succinyl-CoA synthetase subunit beta  84.62 
 
 
390 aa  682    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.409556  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1943  succinyl-CoA synthetase subunit beta  85.93 
 
 
392 aa  697    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0497  succinyl-CoA synthetase subunit beta  87.72 
 
 
391 aa  698    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.892207 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0338  succinyl-CoA synthetase subunit beta  88.97 
 
 
390 aa  716    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.210616  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0776  succinyl-CoA synthetase subunit beta  100 
 
 
392 aa  792    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0623  succinyl-CoA synthetase subunit beta  88.69 
 
 
392 aa  707    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.420642  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3687  succinyl-CoA synthetase subunit beta  61.56 
 
 
386 aa  488  1e-137  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000356944  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3974  succinyl-CoA synthetase subunit beta  61.56 
 
 
386 aa  488  1e-137  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000205327  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3934  succinyl-CoA synthetase subunit beta  61.82 
 
 
386 aa  489  1e-137  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000073061  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1309  succinyl-CoA synthetase subunit beta  61.82 
 
 
386 aa  488  1e-137  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000115042  unclonable  2.19314e-25 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2488  succinyl-CoA synthetase subunit beta  61.82 
 
 
386 aa  490  1e-137  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000281864  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3878  succinyl-CoA synthetase subunit beta  61.56 
 
 
386 aa  488  1e-136  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000279608  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3577  succinyl-CoA synthetase subunit beta  61.56 
 
 
386 aa  488  1e-136  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000022371  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3595  succinyl-CoA synthetase subunit beta  61.56 
 
 
386 aa  488  1e-136  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000384481  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3883  succinyl-CoA synthetase subunit beta  61.56 
 
 
386 aa  488  1e-136  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000224565  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3659  succinyl-CoA synthetase subunit beta  61.56 
 
 
386 aa  486  1e-136  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000717596  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1099  succinyl-CoA synthetase subunit beta  60.98 
 
 
386 aa  487  1e-136  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.367484  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1992  succinyl-CoA synthetase subunit beta  60.72 
 
 
386 aa  484  1e-135  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1747  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  59.64 
 
 
388 aa  483  1e-135  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.655584  normal  0.0712805 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1694  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  62.98 
 
 
395 aa  479  1e-134  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0981  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  58.91 
 
 
405 aa  473  1e-132  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23259  normal  0.387246 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1452  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  57.58 
 
 
389 aa  465  9.999999999999999e-131  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567076  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1304  succinyl-CoA synthetase subunit beta  59.48 
 
 
388 aa  465  9.999999999999999e-131  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00442695  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1329  succinyl-CoA synthetase subunit beta  59.48 
 
 
388 aa  465  9.999999999999999e-131  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2736  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.58 
 
 
407 aa  461  9.999999999999999e-129  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.217876  normal  0.563324 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1375  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  58.7 
 
 
384 aa  457  1e-127  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1087  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  58.7 
 
 
391 aa  455  1e-127  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000260623  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0813  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.18 
 
 
388 aa  454  1.0000000000000001e-126  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0845354  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2069  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  59.08 
 
 
387 aa  453  1.0000000000000001e-126  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000114412  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2261  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  59.74 
 
 
386 aa  454  1.0000000000000001e-126  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.139479  hitchhiker  0.0000000854981 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0620  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.25 
 
 
389 aa  452  1.0000000000000001e-126  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000105579  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4359  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.36 
 
 
403 aa  450  1e-125  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.129325 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3018  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.83 
 
 
396 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.632407  hitchhiker  0.0091052 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1464  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  58.31 
 
 
392 aa  443  1e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1040  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  57.65 
 
 
389 aa  444  1e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.401967 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2789  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  58.57 
 
 
392 aa  442  1e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.799374 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3223  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  57.8 
 
 
389 aa  442  1e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.835206  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2240  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.83 
 
 
403 aa  443  1e-123  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3486  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  56.63 
 
 
388 aa  438  9.999999999999999e-123  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.333849  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0155  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  56.63 
 
 
388 aa  438  9.999999999999999e-123  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.573103  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5147  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  56.07 
 
 
390 aa  439  9.999999999999999e-123  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.710728  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1625  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  55.03 
 
 
398 aa  439  9.999999999999999e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.357974  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1730  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.07 
 
 
397 aa  434  1e-121  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08536  Succinyl-CoA synthetase, beta subunit  56.68 
 
 
397 aa  437  1e-121  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3875  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.16 
 
 
392 aa  434  1e-121  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2321  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.4 
 
 
388 aa  434  1e-120  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0456316  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4349  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  57.29 
 
 
387 aa  434  1e-120  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.741807  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1211  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  53.13 
 
 
399 aa  432  1e-120  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.773586  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1627  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.91 
 
 
388 aa  433  1e-120  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0674  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.18 
 
 
389 aa  432  1e-120  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6602  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.69 
 
 
404 aa  434  1e-120  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.459715 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3724  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.35 
 
 
392 aa  433  1e-120  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.637154  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2233  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.4 
 
 
388 aa  434  1e-120  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.159588  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4693  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  56.03 
 
 
407 aa  432  1e-120  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.298599  normal  0.0453308 
 
 
-
 
NC_002978  WD1210  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.32 
 
 
383 aa  431  1e-119  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1703  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.51 
 
 
388 aa  429  1e-119  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.213189  normal  0.378528 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0967  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.88 
 
 
397 aa  424  1e-118  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2627  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.88 
 
 
397 aa  424  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.426035  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0260  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.31 
 
 
386 aa  426  1e-118  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0079  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.88 
 
 
397 aa  424  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0245  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.31 
 
 
386 aa  427  1e-118  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000419135 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4233  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  53.15 
 
 
393 aa  423  1e-117  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.510138  normal  0.149486 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0597  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.85 
 
 
390 aa  423  1e-117  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3514  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.63 
 
 
397 aa  421  1e-117  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.764048  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2184  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.84 
 
 
387 aa  423  1e-117  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2162  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.93 
 
 
397 aa  424  1e-117  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.466738  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2500  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.87 
 
 
388 aa  422  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.680576  normal  0.0920336 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1557  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.37 
 
 
390 aa  424  1e-117  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0559  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.13 
 
 
397 aa  423  1e-117  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.335681 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0443  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.11 
 
 
389 aa  418  1e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.881223 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0599  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.82 
 
 
387 aa  419  1e-116  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0580  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.08 
 
 
387 aa  421  1e-116  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6556  malate--CoA ligase subunit beta  52.7 
 
 
392 aa  418  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.493154  normal  0.0575552 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2878  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.13 
 
 
397 aa  419  1e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7116  malate--CoA ligase subunit beta  52.7 
 
 
392 aa  420  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00456682  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3292  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.11 
 
 
389 aa  421  1e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.251012  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3257  malate--CoA ligase subunit beta  54.64 
 
 
389 aa  418  1e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2406  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  53.02 
 
 
394 aa  420  1e-116  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.502778  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1751  malate--CoA ligase subunit beta  53.09 
 
 
390 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.635696 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5192  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  55.78 
 
 
388 aa  417  9.999999999999999e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1716  malate--CoA ligase subunit beta  53.7 
 
 
399 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.311565 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0280  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.13 
 
 
398 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0625888 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0474  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.13 
 
 
388 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0193  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.88 
 
 
399 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3666  malate--CoA ligase subunit beta  52.3 
 
 
392 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.127325  normal  0.209823 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2717  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.28 
 
 
387 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0458  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.13 
 
 
388 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.539778  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3392  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.01 
 
 
386 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4047  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.01 
 
 
386 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0154  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  51.88 
 
 
400 aa  414  1e-114  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.306338  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0554  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.84 
 
 
388 aa  413  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2012  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.09 
 
 
388 aa  414  1e-114  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.807548 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0813  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.32 
 
 
388 aa  414  1e-114  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0646  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.58 
 
 
388 aa  414  1e-114  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.017874  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0821  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.38 
 
 
397 aa  414  1e-114  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.97511 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4682  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.5 
 
 
386 aa  414  1e-114  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.21216  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0817  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.32 
 
 
388 aa  414  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.357003  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43950  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.38 
 
 
388 aa  413  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0993593  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4684  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.76 
 
 
386 aa  412  1e-114  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>