More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2491 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2491  malate--CoA ligase subunit beta  100 
 
 
392 aa  788    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3257  malate--CoA ligase subunit beta  65.62 
 
 
389 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7116  malate--CoA ligase subunit beta  63.28 
 
 
392 aa  512  1e-144  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00456682  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1751  malate--CoA ligase subunit beta  63.54 
 
 
390 aa  508  1e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.635696 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3666  malate--CoA ligase subunit beta  63.54 
 
 
392 aa  510  1e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.127325  normal  0.209823 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6556  malate--CoA ligase subunit beta  63.28 
 
 
392 aa  510  1e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.493154  normal  0.0575552 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1799  malate--CoA ligase subunit beta  62.76 
 
 
390 aa  504  1e-141  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.313721 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2135  malate--CoA ligase subunit beta  62.76 
 
 
390 aa  504  1e-141  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.313278 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1716  malate--CoA ligase subunit beta  64.17 
 
 
399 aa  500  1e-140  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.311565 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1079  malate--CoA ligase subunit beta  60.71 
 
 
396 aa  496  1e-139  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00492419  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5927  malate--CoA ligase subunit beta  61.98 
 
 
395 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.298211 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1740  succinyl-CoA synthase, beta subunit  57.18 
 
 
389 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.0062076  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1747  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  54.69 
 
 
388 aa  444  1e-123  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.655584  normal  0.0712805 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1452  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  52.86 
 
 
389 aa  427  1e-118  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567076  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1943  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.45 
 
 
392 aa  419  1e-116  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3878  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.17 
 
 
386 aa  411  1e-114  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000279608  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3577  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.17 
 
 
386 aa  411  1e-114  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000022371  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3595  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.17 
 
 
386 aa  411  1e-114  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000384481  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3883  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.17 
 
 
386 aa  411  1e-114  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000224565  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2500  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.78 
 
 
388 aa  414  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.680576  normal  0.0920336 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3398  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  54.45 
 
 
404 aa  410  1e-113  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.694638 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3687  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.91 
 
 
386 aa  410  1e-113  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000356944  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2488  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.65 
 
 
386 aa  411  1e-113  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000281864  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1309  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.91 
 
 
386 aa  409  1e-113  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000115042  unclonable  2.19314e-25 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0497  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53 
 
 
391 aa  410  1e-113  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.892207 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3974  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.91 
 
 
386 aa  410  1e-113  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000205327  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1099  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.05 
 
 
386 aa  411  1e-113  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.367484  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1992  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.05 
 
 
386 aa  408  1e-113  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3659  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.91 
 
 
386 aa  409  1e-113  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000717596  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4359  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.94 
 
 
403 aa  411  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.129325 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3934  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.91 
 
 
386 aa  410  1e-113  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000073061  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1375  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  53 
 
 
384 aa  410  1e-113  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0620  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.78 
 
 
389 aa  408  1.0000000000000001e-112  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000105579  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2627  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.51 
 
 
397 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.426035  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1617  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.74 
 
 
388 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.133966  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0967  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.51 
 
 
397 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1211  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  50.51 
 
 
399 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.773586  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0607  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.48 
 
 
390 aa  406  1.0000000000000001e-112  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.409556  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0623  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53 
 
 
392 aa  406  1.0000000000000001e-112  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.420642  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0559  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.02 
 
 
397 aa  407  1.0000000000000001e-112  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.335681 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0667  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.48 
 
 
391 aa  402  1e-111  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2202  succinyl-CoA synthase, beta subunit  50 
 
 
388 aa  404  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00971799  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2012  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50 
 
 
388 aa  404  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.807548 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4693  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  53.69 
 
 
407 aa  402  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.298599  normal  0.0453308 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0079  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.51 
 
 
397 aa  404  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1801  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.78 
 
 
389 aa  404  1e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.198712  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0776  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.22 
 
 
392 aa  404  1e-111  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2250  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  51.56 
 
 
388 aa  402  1e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.655045 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0813  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50 
 
 
388 aa  399  9.999999999999999e-111  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0845354  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0599  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.52 
 
 
387 aa  399  9.999999999999999e-111  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0580  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.52 
 
 
387 aa  400  9.999999999999999e-111  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0338  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.65 
 
 
390 aa  399  9.999999999999999e-111  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.210616  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0597  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.87 
 
 
390 aa  398  9.999999999999999e-111  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1304  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.48 
 
 
388 aa  398  9.999999999999999e-111  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00442695  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1329  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.48 
 
 
388 aa  398  9.999999999999999e-111  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2879  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.86 
 
 
388 aa  395  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1386  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.86 
 
 
388 aa  395  1e-109  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.900778  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0713  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  52.39 
 
 
389 aa  395  1e-109  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00106571  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2966  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.86 
 
 
388 aa  395  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3686  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.3 
 
 
388 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1557  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.61 
 
 
390 aa  397  1e-109  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1889  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.46 
 
 
387 aa  395  1e-109  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1625  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  52.16 
 
 
398 aa  395  1e-109  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.357974  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3514  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.25 
 
 
397 aa  397  1e-109  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.764048  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43950  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.04 
 
 
388 aa  395  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0993593  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3757  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.78 
 
 
388 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4186  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.78 
 
 
388 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.146804  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1668  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.78 
 
 
388 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.11525  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0674  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.56 
 
 
389 aa  394  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1269  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.86 
 
 
388 aa  393  1e-108  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.610511  normal  0.0166636 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0957  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.96 
 
 
389 aa  392  1e-108  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3509  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.78 
 
 
388 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.019231  normal  0.863924 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1157  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  52.86 
 
 
388 aa  392  1e-108  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.947543  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0925  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.26 
 
 
382 aa  390  1e-107  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000100196  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0587  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  51.86 
 
 
387 aa  389  1e-107  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4233  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  49.1 
 
 
393 aa  390  1e-107  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.510138  normal  0.149486 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2037  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.18 
 
 
387 aa  389  1e-107  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.325125  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2184  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.39 
 
 
387 aa  389  1e-107  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1671  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.82 
 
 
388 aa  388  1e-107  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2797  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  51.04 
 
 
388 aa  389  1e-107  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.646018  normal  0.685585 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0821  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.98 
 
 
397 aa  391  1e-107  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.97511 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1220  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.56 
 
 
409 aa  390  1e-107  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3724  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.94 
 
 
392 aa  389  1e-107  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.637154  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2547  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.33 
 
 
391 aa  390  1e-107  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.130475 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0490  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  49.75 
 
 
410 aa  389  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0425  succinyl-CoA synthase, beta subunit  51.86 
 
 
387 aa  389  1e-107  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.752721  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0797  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.56 
 
 
388 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0208379  normal  0.0728159 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29740  Succinyl-CoA synthetase, beta subunit  51.56 
 
 
389 aa  387  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0967  succinyl-CoA synthase, beta subunit  53.72 
 
 
386 aa  387  1e-106  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1238  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.56 
 
 
388 aa  388  1e-106  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.988188  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0647  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.3 
 
 
388 aa  385  1e-106  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2261  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  51.3 
 
 
386 aa  385  1e-106  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.139479  hitchhiker  0.0000000854981 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0861  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.56 
 
 
388 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0229067 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0894  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.56 
 
 
388 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.117114  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1627  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.56 
 
 
388 aa  387  1e-106  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0771  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.56 
 
 
388 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0832  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.56 
 
 
388 aa  387  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00412785  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3292  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.06 
 
 
389 aa  385  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.251012  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2789  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  51.56 
 
 
392 aa  387  1e-106  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.799374 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1464  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  51.56 
 
 
392 aa  388  1e-106  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>