More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECD_00687 on replicon CP001509
Organism: Escherichia coli BL21(DE3)



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011149  SeAg_B0771  succinyl-CoA synthetase subunit beta  98.45 
 
 		 388 aa  772    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00687  succinyl-CoA synthetase subunit beta  100 
 
 		 388 aa  784    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.801133  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2908  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  100 
 
 		 388 aa  784    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.816309  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00676  hypothetical protein  100 
 
 		 388 aa  784    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2879  succinyl-CoA synthetase subunit beta  92.78 
 
 		 388 aa  709    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0797  succinyl-CoA synthetase subunit beta  98.45 
 
 		 388 aa  772    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0208379  normal  0.0728159 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1238  succinyl-CoA synthetase subunit beta  92.53 
 
 		 388 aa  709    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.988188  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1146  succinyl-CoA synthetase subunit beta  92.27 
 
 		 388 aa  692    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3098  succinyl-CoA synthetase subunit beta  91.75 
 
 		 388 aa  704    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1386  succinyl-CoA synthetase subunit beta  92.78 
 
 		 388 aa  709    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.900778  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2912  succinyl-CoA synthetase subunit beta  93.81 
 
 		 388 aa  721    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1269  succinyl-CoA synthetase subunit beta  92.01 
 
 		 388 aa  706    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.610511  normal  0.0166636 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0754  succinyl-CoA synthetase subunit beta  100 
 
 		 388 aa  784    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0820  succinyl-CoA synthetase subunit beta  100 
 
 		 388 aa  784    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0740  succinyl-CoA synthetase subunit beta  100 
 
 		 388 aa  784    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0861  succinyl-CoA synthetase subunit beta  98.45 
 
 		 388 aa  772    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0229067 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0775  succinyl-CoA synthetase subunit beta  100 
 
 		 388 aa  784    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1228  succinyl-CoA synthetase subunit beta  96.91 
 
 		 388 aa  736    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2928  succinyl-CoA synthetase subunit beta  100 
 
 		 388 aa  784    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.523722  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0894  succinyl-CoA synthetase subunit beta  98.45 
 
 		 388 aa  772    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.117114  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0647  succinyl-CoA synthetase subunit beta  99.23 
 
 		 388 aa  776    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2966  succinyl-CoA synthetase subunit beta  92.78 
 
 		 388 aa  709    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0832  succinyl-CoA synthetase subunit beta  98.45 
 
 		 388 aa  771    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00412785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2500  succinyl-CoA synthetase subunit beta  78.35 
 
 		 388 aa  619  1e-176  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.680576  normal  0.0920336 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2250  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  75.77 
 
 		 388 aa  607  1e-173  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.655045 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1617  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.03 
 
 		 388 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.133966  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1671  succinyl-CoA synthetase subunit beta  77.32 
 
 		 388 aa  601  1.0000000000000001e-171  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2202  succinyl-CoA synthase, beta subunit  76.29 
 
 		 388 aa  600  1e-170  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00971799  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2012  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.29 
 
 		 388 aa  599  1e-170  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.807548 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1429  succinyl-CoA synthetase subunit beta  78.35 
 
 		 388 aa  600  1e-170  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004110  succinyl-CoA ligase [ADP-forming] beta chain  76.8 
 
 		 388 aa  595  1e-169  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01357  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.55 
 
 		 388 aa  593  1e-168  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2812  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.55 
 
 		 388 aa  588  1e-167  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2267  succinyl-CoA synthetase subunit beta  77.32 
 
 		 388 aa  588  1e-167  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1801  succinyl-CoA synthetase subunit beta  74.68 
 
 		 389 aa  589  1e-167  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.198712  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1637  succinyl-CoA synthetase subunit beta  77.32 
 
 		 388 aa  589  1e-167  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.258222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1712  succinyl-CoA synthetase subunit beta  77.32 
 
 		 388 aa  589  1e-167  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00288074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3686  succinyl-CoA synthetase subunit beta  77.06 
 
 		 388 aa  585  1e-166  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1220  succinyl-CoA synthetase subunit beta  77.06 
 
 		 409 aa  585  1e-166  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43950  succinyl-CoA synthetase subunit beta  77.06 
 
 		 388 aa  585  1e-166  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0993593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1712  succinyl-CoA synthetase subunit beta  77.06 
 
 		 388 aa  586  1e-166  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0807295  normal  0.149582 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3757  succinyl-CoA synthetase subunit beta  77.32 
 
 		 388 aa  584  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1157  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  77.84 
 
 		 388 aa  585  1e-166  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.947543  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1790  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.29 
 
 		 388 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4186  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.8 
 
 		 388 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.146804  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2221  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.03 
 
 		 388 aa  581  1.0000000000000001e-165  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0353826  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1932  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.8 
 
 		 388 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01877  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.55 
 
 		 388 aa  582  1.0000000000000001e-165  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.527866  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1839  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.03 
 
 		 388 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00631921  normal  0.060899 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2181  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.55 
 
 		 388 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3509  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.8 
 
 		 388 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.019231  normal  0.863924 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1668  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.8 
 
 		 388 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.11525  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2626  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.55 
 
 		 388 aa  581  1e-164  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00132784  normal  0.0696862 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2513  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.55 
 
 		 388 aa  581  1e-164  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.955755  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2506  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.55 
 
 		 388 aa  581  1e-164  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00062173  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1838  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.55 
 
 		 388 aa  581  1e-164  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.062455  normal  0.042007 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2341  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.03 
 
 		 388 aa  578  1e-164  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.188241  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2797  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  75.52 
 
 		 388 aa  579  1e-164  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.646018  normal  0.685585 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1657  succinyl-CoA synthetase subunit beta  77.06 
 
 		 388 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0504146  normal  0.508057 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0848  succinyl-CoA synthetase subunit beta  75.77 
 
 		 388 aa  572  1.0000000000000001e-162  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2103  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.55 
 
 		 388 aa  563  1.0000000000000001e-159  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.32957  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29740  Succinyl-CoA synthetase, beta subunit  74.61 
 
 		 389 aa  564  1.0000000000000001e-159  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0580  succinyl-CoA synthetase subunit beta  70.65 
 
 		 387 aa  556  1e-157  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0957  succinyl-CoA synthetase subunit beta  67.19 
 
 		 389 aa  556  1e-157  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0599  succinyl-CoA synthetase subunit beta  70.39 
 
 		 387 aa  554  1e-156  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0597  succinyl-CoA synthetase subunit beta  67.62 
 
 		 390 aa  538  9.999999999999999e-153  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1557  succinyl-CoA synthetase subunit beta  67.88 
 
 		 390 aa  539  9.999999999999999e-153  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0097  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  65.55 
 
 		 393 aa  534  1e-150  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.220862  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0269  succinyl-CoA synthetase subunit beta  63.57 
 
 		 389 aa  479  1e-134  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2547  succinyl-CoA synthetase subunit beta  62.53 
 
 		 391 aa  473  1e-132  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.130475 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0105  succinyl-CoA synthetase subunit beta  63.05 
 
 		 388 aa  467  9.999999999999999e-131  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2037  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.44 
 
 		 387 aa  467  9.999999999999999e-131  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.325125  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0114  succinyl-CoA synthetase subunit beta  63.31 
 
 		 388 aa  467  9.999999999999999e-131  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.289605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2117  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.51 
 
 		 387 aa  458  9.999999999999999e-129  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1452  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  55.44 
 
 		 389 aa  455  1e-127  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1747  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  57.77 
 
 		 388 aa  456  1e-127  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.655584  normal  0.0712805 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0808  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  60.1 
 
 		 386 aa  450  1e-125  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1992  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.62 
 
 		 386 aa  449  1e-125  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1374  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  57.96 
 
 		 390 aa  445  1.0000000000000001e-124  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1099  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.36 
 
 		 386 aa  447  1.0000000000000001e-124  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.367484  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2878  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.91 
 
 		 397 aa  446  1.0000000000000001e-124  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3164  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.55 
 
 		 389 aa  444  1.0000000000000001e-124  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.768074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04879  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.03 
 
 		 389 aa  441  1e-123  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.640254  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0559  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.91 
 
 		 397 aa  443  1e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.335681 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2488  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.06 
 
 		 386 aa  440  9.999999999999999e-123  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000281864  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1889  succinyl-CoA synthetase subunit beta  59.31 
 
 		 387 aa  438  9.999999999999999e-123  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4359  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.22 
 
 		 403 aa  438  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.129325 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0079  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.41 
 
 		 397 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2627  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.16 
 
 		 397 aa  435  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.426035  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1375  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  55.84 
 
 		 384 aa  436  1e-121  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0967  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.16 
 
 		 397 aa  435  1e-121  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2069  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  56.36 
 
 		 387 aa  434  1e-121  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000114412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2261  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  56.36 
 
 		 386 aa  437  1e-121  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.139479  hitchhiker  0.0000000854981 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3514  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.66 
 
 		 397 aa  437  1e-121  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.764048  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3878  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.55 
 
 		 386 aa  431  1e-120  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000279608  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0393  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.9 
 
 		 398 aa  432  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.268228  normal  0.21905 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3974  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.81 
 
 		 386 aa  434  1e-120  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000205327  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0280  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.39 
 
 		 398 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0625888 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3883  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.55 
 
 		 386 aa  431  1e-120  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000224565  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0821  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.65 
 
 		 397 aa  434  1e-120  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.97511 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>