More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5606 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  100 
 
 		 328 aa  650    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  60.27 
 
 		 311 aa  347  2e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  60.27 
 
 		 311 aa  347  2e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  59.93 
 
 		 311 aa  345  5e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  59.93 
 
 		 311 aa  345  5e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  59.93 
 
 		 311 aa  345  5e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  59.93 
 
 		 311 aa  345  5e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2145  DNA-binding transcriptional regulator CynR  58.97 
 
 		 304 aa  345  6e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  60 
 
 		 300 aa  335  5e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  58.71 
 
 		 311 aa  335  7.999999999999999e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  59.52 
 
 		 298 aa  329  4e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1200  DNA-binding transcriptional regulator CynR  59.73 
 
 		 311 aa  322  5e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  57.79 
 
 		 298 aa  318  9e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  57.79 
 
 		 298 aa  318  9e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  57.79 
 
 		 298 aa  318  9e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  55.41 
 
 		 299 aa  315  9e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  55.41 
 
 		 299 aa  315  9e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  55.48 
 
 		 299 aa  314  9.999999999999999e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  55.48 
 
 		 299 aa  314  9.999999999999999e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  55.48 
 
 		 299 aa  314  9.999999999999999e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  55.82 
 
 		 299 aa  313  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  55.41 
 
 		 299 aa  313  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3730  DNA-binding transcriptional regulator CynR  60.07 
 
 		 296 aa  312  5.999999999999999e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.107166  normal  0.247106 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  55.82 
 
 		 299 aa  312  5.999999999999999e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3094  DNA-binding transcriptional regulator CynR  54.36 
 
 		 295 aa  309  4e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2742  DNA-binding transcriptional regulator CynR  59.03 
 
 		 325 aa  308  6.999999999999999e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0588637  normal  0.665335 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  52.56 
 
 		 295 aa  294  1e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  52.22 
 
 		 295 aa  293  2e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0644  DNA-binding transcriptional regulator CynR  58.45 
 
 		 296 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0161  DNA-binding transcriptional regulator CynR  58.45 
 
 		 296 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  53.63 
 
 		 295 aa  285  9e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0611  DNA-binding transcriptional regulator CynR  57.75 
 
 		 296 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.519974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  52.25 
 
 		 292 aa  275  7e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4861  DNA-binding transcriptional regulator CynR  52.22 
 
 		 301 aa  269  5e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0956909 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0107  DNA-binding transcriptional regulator CynR  49.65 
 
 		 315 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37940  DNA-binding transcriptional regulator CynR  52.94 
 
 		 295 aa  264  1e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000278966  normal  0.0117616 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  49.13 
 
 		 292 aa  261  1e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  44.82 
 
 		 308 aa  216  5e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  44.15 
 
 		 308 aa  211  2e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0198  LysR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 308 aa  200  1.9999999999999998e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1896  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 296 aa  189  8e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.349748 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 300 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 300 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  34.51 
 
 		 300 aa  172  6.999999999999999e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 300 aa  170  4e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2120  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 292 aa  169  6e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.184045 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  169  7e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  169  8e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 300 aa  169  9e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  35.34 
 
 		 303 aa  166  5.9999999999999996e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5108  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 301 aa  159  7e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.336118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  153  5e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3755  LysR substrate-binding  32.06 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 		 300 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 300 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1282  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 293 aa  145  1e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.20294  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 301 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 298 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  30.39 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 310 aa  140  3.9999999999999997e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 289 aa  139  4.999999999999999e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 289 aa  139  6e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 316 aa  139  6e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4331  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 298 aa  139  6e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0186917 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 298 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2003  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 291 aa  139  8.999999999999999e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3565  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 303 aa  139  8.999999999999999e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.116622  normal  0.0782096 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 298 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 317 aa  138  1e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 298 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  37.09 
 
 		 343 aa  138  2e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  31.96 
 
 		 297 aa  135  8e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 297 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  28.17 
 
 		 290 aa  134  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 310 aa  133  5e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4335  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 297 aa  132  6.999999999999999e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.385889  normal  0.337801 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  35.2 
 
 		 302 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2801  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  28.03 
 
 		 294 aa  129  5.0000000000000004e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2618  LysR substrate-binding  25.52 
 
 		 292 aa  129  6e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  36.2 
 
 		 290 aa  129  6e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2565  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 292 aa  129  6e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 297 aa  129  7.000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 297 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1381  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0155943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>