85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1410 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1410  reverse transcriptase  100 
 
 		 505 aa  1038    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.657461  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2490  hypothetical protein  44.4 
 
 		 498 aa  403  1e-111  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4206  hypothetical protein  42.48 
 
 		 499 aa  397  1e-109  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0969  hypothetical protein  33.18 
 
 		 510 aa  116  7.999999999999999e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.670646 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0384  hypothetical protein  38.82 
 
 		 533 aa  98.2  3e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.686449  normal  0.193753 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1305  hypothetical protein  37.93 
 
 		 673 aa  89.4  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0182944  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0552  hypothetical protein  30 
 
 		 512 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0574  hypothetical protein  28.77 
 
 		 527 aa  81.6  0.00000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2910  hypothetical protein  32.41 
 
 		 670 aa  79.3  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00903666 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1469  hypothetical protein  26.13 
 
 		 543 aa  77  0.0000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0521715  normal  0.76039 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2087  hypothetical protein  33.33 
 
 		 533 aa  75.9  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.298307  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0549  hypothetical protein, putative phage gene  33.73 
 
 		 530 aa  75.5  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.444707  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3026  hypothetical protein  31.03 
 
 		 672 aa  73.6  0.000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1069  hypothetical protein  27.6 
 
 		 331 aa  73.2  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0900877 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4255  hypothetical protein  33.56 
 
 		 558 aa  69.3  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.669454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1153  hypothetical protein  31.91 
 
 		 557 aa  65.1  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0573  putative DNA-binding protein  33.1 
 
 		 667 aa  64.7  0.000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000329347  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0651  RNA-directed DNA polymerase  30.85 
 
 		 490 aa  53.1  0.00001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.574697  normal  0.320741 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1102  RNA-directed DNA polymerase  33.33 
 
 		 495 aa  52  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.127965  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3326  group II intron, maturase  27.19 
 
 		 455 aa  51.6  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.214533  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2165  group II intron, maturase  27.19 
 
 		 455 aa  51.6  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.052518  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0765  RNA-directed DNA polymerase  31 
 
 		 576 aa  50.8  0.00006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2004  RNA-directed DNA polymerase  31 
 
 		 576 aa  50.8  0.00006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0690  RNA-directed DNA polymerase  31 
 
 		 576 aa  50.8  0.00006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0182771  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2039  RNA-directed DNA polymerase  31 
 
 		 592 aa  50.4  0.00007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.328329  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2214  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.78 
 
 		 364 aa  50.4  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2459  CRISPR-associated protein Cas1  31.52 
 
 		 727 aa  49.7  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.670262  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3925  hypothetical protein  26.92 
 
 		 555 aa  49.7  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.363945  hitchhiker  0.000094767 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2054  CRISPR-associated Cas1 family protein  30.77 
 
 		 731 aa  48.5  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0929  CRISPR-associated protein Cas1  30.77 
 
 		 731 aa  48.1  0.0004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.400864  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1733  reverse transcriptase  32.14 
 
 		 492 aa  48.1  0.0004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000121059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2677  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.37 
 
 		 447 aa  47.4  0.0007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5396  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.4 
 
 		 456 aa  47  0.0008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.476043  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0955  group II intron, maturase  27.19 
 
 		 434 aa  47  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1354  RNA-directed DNA polymerase  30.85 
 
 		 495 aa  46.6  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4446  group II intron-encoding maturase, putative  34.15 
 
 		 373 aa  46.6  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.687408  hitchhiker  0.0000544163 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2471  group II intron, maturase  27.19 
 
 		 434 aa  47  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.546508  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3200  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.89 
 
 		 467 aa  45.4  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0466  group II intron reverse transcriptase/maturase  33.01 
 
 		 599 aa  45.8  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2212  RNA-directed DNA polymerase  24.69 
 
 		 454 aa  45.8  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0905944  normal  0.180359 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46020  RNA-directed DNA polymerase  25.29 
 
 		 455 aa  45.4  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45820  group II intron maturase  25.29 
 
 		 455 aa  45.4  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24740  RNA-directed DNA polymerase  28.04 
 
 		 591 aa  45.4  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18750  RNA-directed DNA polymerase  25.29 
 
 		 455 aa  45.4  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.844696  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2269  prophage LambdaSa1, reverse transcriptase/maturase family protein  25.33 
 
 		 446 aa  45.4  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.295773  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1481  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.56 
 
 		 418 aa  45.1  0.003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.251743  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0654  RNA-directed DNA polymerase  34.48 
 
 		 544 aa  45.1  0.003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4791  RNA-directed DNA polymerase  34.07 
 
 		 560 aa  45.4  0.003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0135  RNA-directed DNA polymerase  34.07 
 
 		 560 aa  45.4  0.003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.994203  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0146  RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)  34.48 
 
 		 443 aa  45.1  0.003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1909  RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)  34.48 
 
 		 443 aa  45.1  0.003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2463  RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)  34.48 
 
 		 443 aa  45.1  0.003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1709  RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)  34.48 
 
 		 443 aa  45.1  0.003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0304  RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)  34.48 
 
 		 443 aa  45.1  0.003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0178  RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)  34.48 
 
 		 443 aa  45.1  0.003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.717432  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0166  RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)  34.48 
 
 		 443 aa  45.1  0.003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1207  RNA-directed DNA polymerase  28.3 
 
 		 490 aa  44.7  0.004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0557529  normal  0.0455501 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1335  RNA-directed DNA polymerase  29.25 
 
 		 490 aa  44.7  0.004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.104079  normal  0.0206218 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2134  RNA-directed DNA polymerase  28.3 
 
 		 490 aa  44.7  0.004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0332728  normal  0.0852814 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2646  RNA-directed DNA polymerase  28.3 
 
 		 490 aa  44.7  0.004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.807029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0011  reverse transcriptase/endonuclease protein  33.33 
 
 		 602 aa  44.7  0.004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1825  RNA-directed DNA polymerase  35.23 
 
 		 556 aa  44.7  0.004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2784  RNA-directed DNA polymerase  28.3 
 
 		 490 aa  44.7  0.004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.352446 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27540  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.97 
 
 		 286 aa  44.7  0.004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3124  RNA-directed DNA polymerase  28.3 
 
 		 487 aa  44.7  0.005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.125839  unclonable  0.0000204119 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3654  hypothetical protein  23.62 
 
 		 566 aa  43.9  0.006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.773483  hitchhiker  0.0000658966 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0288  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.38 
 
 		 455 aa  43.9  0.007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2818  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.38 
 
 		 455 aa  43.9  0.007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.281251  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0791  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.38 
 
 		 455 aa  43.9  0.007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.589173  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5268  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.38 
 
 		 455 aa  43.9  0.007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.136681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3099  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.38 
 
 		 455 aa  43.9  0.007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4399  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.38 
 
 		 455 aa  43.9  0.008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3968  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.38 
 
 		 455 aa  43.9  0.008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0412624  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0650  RNA-directed DNA polymerase  27.37 
 
 		 495 aa  43.5  0.008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.629453  normal  0.520006 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1820  RNA-directed DNA polymerase  27.37 
 
 		 495 aa  43.5  0.008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000551323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3877  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.38 
 
 		 455 aa  43.9  0.008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.340417 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3561  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.38 
 
 		 429 aa  43.5  0.008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.296264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1956  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.38 
 
 		 429 aa  43.5  0.008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00339995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0269  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.38 
 
 		 429 aa  43.5  0.008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0904325 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2112  RNA-directed DNA polymerase  32.56 
 
 		 413 aa  43.5  0.01  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1245  RNA-directed DNA polymerase  32.56 
 
 		 413 aa  43.5  0.01  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1076  RNA-directed DNA polymerase  32.56 
 
 		 413 aa  43.5  0.01  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00722331  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0963  RNA-directed DNA polymerase  32.56 
 
 		 413 aa  43.5  0.01  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0470152  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0416  RNA-directed DNA polymerase  32.56 
 
 		 413 aa  43.5  0.01  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1212  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.58 
 
 		 455 aa  43.1  0.01  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.835307  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>