31 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0552 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0552  hypothetical protein  100 
 
 		 512 aa  1054    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2087  hypothetical protein  32.32 
 
 		 533 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.298307  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1153  hypothetical protein  28.29 
 
 		 557 aa  192  1e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4255  hypothetical protein  27.52 
 
 		 558 aa  164  3e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.669454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1069  hypothetical protein  32.82 
 
 		 331 aa  141  3e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0900877 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1469  hypothetical protein  25.53 
 
 		 543 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0521715  normal  0.76039 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0384  hypothetical protein  31.74 
 
 		 533 aa  131  3e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.686449  normal  0.193753 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0574  hypothetical protein  29.24 
 
 		 527 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0969  hypothetical protein  26.43 
 
 		 510 aa  107  6e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.670646 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0549  hypothetical protein, putative phage gene  28.06 
 
 		 530 aa  100  6e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.444707  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1410  reverse transcriptase  29.61 
 
 		 505 aa  83.6  0.000000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.657461  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4206  hypothetical protein  32.12 
 
 		 499 aa  80.9  0.00000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1305  hypothetical protein  30.41 
 
 		 673 aa  77.8  0.0000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0182944  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2490  hypothetical protein  28 
 
 		 498 aa  75.1  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0573  putative DNA-binding protein  27.93 
 
 		 667 aa  71.6  0.00000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000329347  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3026  hypothetical protein  28.28 
 
 		 672 aa  68.9  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2910  hypothetical protein  29.37 
 
 		 670 aa  68.2  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00903666 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2054  CRISPR-associated Cas1 family protein  29.45 
 
 		 731 aa  50.8  0.00006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2459  CRISPR-associated protein Cas1  38.96 
 
 		 727 aa  48.5  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.670262  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2677  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  35.16 
 
 		 447 aa  48.1  0.0004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0929  CRISPR-associated protein Cas1  38.96 
 
 		 731 aa  47  0.0008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.400864  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3925  hypothetical protein  30.67 
 
 		 555 aa  46.2  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.363945  hitchhiker  0.000094767 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2099  hypothetical protein  27.85 
 
 		 545 aa  46.2  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00838169  normal  0.0305359 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3013  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  38.55 
 
 		 444 aa  45.4  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.301733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5394  RNA-directed DNA polymerase  26.22 
 
 		 461 aa  45.8  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.172533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3976  hypothetical protein  26.8 
 
 		 579 aa  44.7  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.228372 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3654  hypothetical protein  28.67 
 
 		 566 aa  44.3  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.773483  hitchhiker  0.0000658966 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2350  Retron-type reverse transcriptase  26.19 
 
 		 393 aa  44.3  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3305  RNA-directed DNA polymerase  23.67 
 
 		 635 aa  43.9  0.007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00301539 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0239  RNA-directed DNA polymerase  23.67 
 
 		 635 aa  43.9  0.007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.114729  normal  0.0192073 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4335  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25 
 
 		 661 aa  43.5  0.009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>