More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4199 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_4199  pyruvate carboxyltransferase  100 
 
 		 308 aa  619  1e-176  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.380986  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2773  pyruvate carboxyltransferase  65.8 
 
 		 313 aa  381  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3592  pyruvate carboxyltransferase  44.66 
 
 		 314 aa  261  8.999999999999999e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.255257  hitchhiker  0.00183471 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4878  pyruvate carboxyltransferase  46.39 
 
 		 317 aa  251  7e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.980177 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2053  pyruvate carboxyltransferase  43.55 
 
 		 301 aa  250  3e-65  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00230012  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2443  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.76 
 
 		 297 aa  249  5e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2731  pyruvate carboxyltransferase  45.83 
 
 		 296 aa  245  8e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7692  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  45.72 
 
 		 307 aa  244  9.999999999999999e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2115  pyruvate carboxyltransferase  45.83 
 
 		 306 aa  243  3e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.348555 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1838  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.1 
 
 		 299 aa  242  5e-63  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.611608  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49510  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.98 
 
 		 300 aa  240  2e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00876047  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0753  pyruvate carboxyltransferase  44.72 
 
 		 311 aa  238  6.999999999999999e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0040  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  46.1 
 
 		 287 aa  238  1e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.723185  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1793  hypothetical protein  42.11 
 
 		 302 aa  237  2e-61  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1794  hypothetical protein  41.75 
 
 		 302 aa  237  2e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2126  pyruvate carboxyltransferase  45.26 
 
 		 299 aa  237  2e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.129667  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1358  pyruvate carboxyltransferase  43.25 
 
 		 296 aa  236  3e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.849399  normal  0.697753 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3783  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.61 
 
 		 319 aa  236  4e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0343  pyruvate carboxyltransferase  43.67 
 
 		 306 aa  236  5.0000000000000005e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3540  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.03 
 
 		 299 aa  235  6e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1943  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.72 
 
 		 299 aa  235  7e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483934  hitchhiker  0.000417953 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1668  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44 
 
 		 310 aa  235  9e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3354  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.95 
 
 		 307 aa  234  9e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1526  pyruvate carboxyltransferase  43.64 
 
 		 307 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0312  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.23 
 
 		 306 aa  234  2.0000000000000002e-60  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3654  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.48 
 
 		 299 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0630119 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2977  pyruvate carboxyltransferase  43.64 
 
 		 307 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2326  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44 
 
 		 315 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.43357 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2398  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44 
 
 		 315 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.515821 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2234  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.03 
 
 		 299 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1800  pyruvate carboxyltransferase  42.96 
 
 		 298 aa  233  3e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0874728 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2166  pyruvate carboxyltransferase  42.62 
 
 		 315 aa  233  3e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.349965  normal  0.754969 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2832  pyruvate carboxyltransferase  43.64 
 
 		 307 aa  233  3e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0014  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  46.69 
 
 		 287 aa  233  4.0000000000000004e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1893  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44 
 
 		 315 aa  232  5e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1715  pyruvate carboxyltransferase  44.65 
 
 		 315 aa  232  5e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2536  pyruvate carboxyltransferase  42.57 
 
 		 306 aa  232  5e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4049  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.96 
 
 		 303 aa  232  6e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0594588  normal  0.373552 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2780  pyruvate carboxyltransferase  42.46 
 
 		 301 aa  232  6e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.262601  normal  0.241199 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2384  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.34 
 
 		 299 aa  232  6e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953332 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05273  3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A lyase/3-methylglutaconyl-coenzyme A hydratase (EC 4.1.3.4)(EC 4.2.1.18) [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q6S014]  44.16 
 
 		 599 aa  231  1e-59  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.347874  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1599  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  38.89 
 
 		 308 aa  231  1e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2802  pyruvate carboxyltransferase  42.76 
 
 		 301 aa  231  1e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.906951  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0816  pyruvate carboxyltransferase  43.89 
 
 		 304 aa  231  1e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.722196 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02416  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.7 
 
 		 298 aa  231  1e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3824  pyruvate carboxyltransferase  43.39 
 
 		 302 aa  231  2e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5024  pyruvate carboxyltransferase  41.41 
 
 		 311 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.480683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1454  pyruvate carboxyltransferase  41.87 
 
 		 296 aa  230  3e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.119329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0086  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.46 
 
 		 301 aa  229  4e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2152  pyruvate carboxyltransferase  45.26 
 
 		 298 aa  229  4e-59  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_13643  hydroxymethylglutaryl-coenzyme A lyase  42.91 
 
 		 321 aa  229  4e-59  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.404031  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0121  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.62 
 
 		 309 aa  229  4e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.649671 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4349  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.07 
 
 		 303 aa  229  5e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2742  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.38 
 
 		 299 aa  229  6e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2850  pyruvate carboxyltransferase  41.38 
 
 		 307 aa  227  1e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000381  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.67 
 
 		 309 aa  227  1e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2250  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.61 
 
 		 295 aa  228  1e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3641  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.59 
 
 		 289 aa  228  1e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.520749  normal  0.388068 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2029  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.34 
 
 		 299 aa  227  2e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0062803  normal  0.740342 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2107  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.67 
 
 		 326 aa  227  2e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.483824  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1315  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.76 
 
 		 308 aa  227  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0477  pyruvate carboxyltransferase  42.52 
 
 		 308 aa  227  2e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0261  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.85 
 
 		 309 aa  226  3e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.39725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3870  pyruvate carboxyltransferase  46.35 
 
 		 308 aa  226  3e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.240337  normal  0.779005 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0114  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.86 
 
 		 309 aa  225  6e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1146  pyruvate carboxyltransferase  47.18 
 
 		 311 aa  225  7e-58  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2214  pyruvate carboxyltransferase  44.04 
 
 		 308 aa  225  7e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.893869  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6976  pyruvate carboxyltransferase  41.95 
 
 		 318 aa  225  8e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.17246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3227  pyruvate carboxyltransferase  41.52 
 
 		 296 aa  225  9e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.461669  normal  0.0268749 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2810  pyruvate carboxyltransferase  41.2 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.631686  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2471  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.73 
 
 		 299 aa  224  1e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1888  pyruvate carboxyltransferase  44.32 
 
 		 306 aa  224  1e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2574  pyruvate carboxyltransferase  42.21 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2302  pyruvate carboxyltransferase  44.04 
 
 		 311 aa  224  1e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.895506  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1644  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.04 
 
 		 314 aa  224  1e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4125  pyruvate carboxyltransferase  42.86 
 
 		 313 aa  224  1e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3038  pyruvate carboxyltransferase  43.11 
 
 		 304 aa  223  2e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.928882  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001540  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.2 
 
 		 302 aa  224  2e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1149  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  45.96 
 
 		 284 aa  223  2e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284878 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4155  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.86 
 
 		 306 aa  224  2e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.951896 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5092  pyruvate carboxyltransferase  46.32 
 
 		 306 aa  224  2e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.345477  normal  0.596578 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0594  pyruvate carboxyltransferase  44.14 
 
 		 313 aa  222  4.9999999999999996e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.528974 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0401  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.94 
 
 		 309 aa  222  4.9999999999999996e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.828633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3757  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.76 
 
 		 304 aa  222  6e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0122709  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5964  pyruvate carboxyltransferase  42.12 
 
 		 313 aa  222  7e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0367175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4905  pyruvate carboxyltransferase  45.39 
 
 		 308 aa  222  7e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.41695  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3074  pyruvate carboxyltransferase  43.7 
 
 		 306 aa  221  9e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0190421  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6411  3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA lyase  45.17 
 
 		 315 aa  221  9.999999999999999e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00565607 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3092  pyruvate carboxyltransferase  44.26 
 
 		 317 aa  221  9.999999999999999e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0956436  normal  0.0987671 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4710  pyruvate carboxyltransferase  43 
 
 		 306 aa  220  1.9999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0149  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.25 
 
 		 315 aa  220  1.9999999999999999e-56  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.26457  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3494  pyruvate carboxyltransferase  43.92 
 
 		 317 aa  220  1.9999999999999999e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.243466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2932  pyruvate carboxyltransferase  39.87 
 
 		 301 aa  220  3e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.991309 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0514  pyruvate carboxyltransferase  41.7 
 
 		 303 aa  220  3e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00792422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3278  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40 
 
 		 300 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4250  pyruvate carboxyltransferase  43.28 
 
 		 315 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4162  pyruvate carboxyltransferase  42.12 
 
 		 328 aa  219  5e-56  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0026  pyruvate carboxyltransferase  43.51 
 
 		 303 aa  219  6e-56  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0353  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.11 
 
 		 311 aa  218  7e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0543  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.11 
 
 		 311 aa  218  7e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>