191 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3080 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_3080  sodium/calcium exchanger membrane protein  100 
 
 
334 aa  650    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.036167  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1133  sodium/calcium exchanger membrane protein  97.6 
 
 
334 aa  606  9.999999999999999e-173  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000089866  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2147  sodium/calcium exchanger membrane region  73.13 
 
 
335 aa  487  1e-136  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000206707 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2983  sodium/calcium exchanger membrane region  72.75 
 
 
334 aa  447  1.0000000000000001e-124  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.39585  normal  0.0260778 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0384  sodium/calcium exchanger membrane region  51.96 
 
 
336 aa  316  3e-85  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0850  cation transporter, putative  53.78 
 
 
340 aa  308  5.9999999999999995e-83  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.495798  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0501  Ca2+/H+ antiporter  51.48 
 
 
338 aa  307  1.0000000000000001e-82  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.482414 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1122  sodium/calcium exchanger membrane region  48.34 
 
 
338 aa  292  5e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3609  sodium/calcium exchanger membrane region  42.31 
 
 
336 aa  241  1e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.722589 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4299  sodium/calcium exchanger membrane region  42.73 
 
 
357 aa  239  4e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1223  Sodium/calcium exchanger membrane region  31.42 
 
 
339 aa  134  3e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3831  cation antiporter (Na+/Ca2+)  34.78 
 
 
334 aa  133  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.151042 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0274  sodium/calcium exchanger membrane region  28.13 
 
 
343 aa  128  1.0000000000000001e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4761  sodium/calcium exchanger membrane region  27.86 
 
 
357 aa  103  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.788461  normal  0.198903 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1450  sodium/calcium exchanger membrane region  31.62 
 
 
355 aa  100  3e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.879027  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1175  sodium/calcium exchanger membrane region  29.28 
 
 
348 aa  94.7  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.606796  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3907  sodium/calcium exchanger membrane region  26.59 
 
 
341 aa  82  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.93815 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1499  sodium/calcium exchanger membrane region  28.05 
 
 
339 aa  80.5  0.00000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.324742  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1536  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  29.43 
 
 
331 aa  72.4  0.00000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.153216  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3503  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  31.49 
 
 
310 aa  69.3  0.00000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3841  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  29.39 
 
 
357 aa  68.9  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1817  calcium/proton exchanger  30.93 
 
 
331 aa  68.6  0.0000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.378438  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2477  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  31.95 
 
 
334 aa  68.2  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0302192  normal  0.536733 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1155  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  28.57 
 
 
320 aa  67.8  0.0000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0541377  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0417  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  32.78 
 
 
314 aa  67  0.0000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0115  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  28.5 
 
 
320 aa  66.2  0.0000000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00802895  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0360  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family protein  30.67 
 
 
309 aa  65.9  0.0000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3438  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  31.36 
 
 
310 aa  65.5  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.852406  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1577  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  27.45 
 
 
311 aa  65.9  0.000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00101794  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0348  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  29.05 
 
 
314 aa  64.3  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000268506  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03187  sodium-calcium exchanger  29.71 
 
 
318 aa  64.3  0.000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0355  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  29.05 
 
 
314 aa  63.5  0.000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000157551  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0350  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  29.05 
 
 
314 aa  63.5  0.000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.25399  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1116  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  27.68 
 
 
367 aa  63.5  0.000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.47681  normal  0.852669 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3670  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  27.76 
 
 
321 aa  63.5  0.000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000078626 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1784  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  28.04 
 
 
320 aa  63.5  0.000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000163312 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3635  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  30.64 
 
 
316 aa  63.2  0.000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000393256  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0242  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  29.89 
 
 
369 aa  63.2  0.000000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.217484  normal  0.542951 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0354  sodium/calcium exchanger  30.2 
 
 
316 aa  62.8  0.000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0890  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  30.3 
 
 
358 aa  62.4  0.00000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000303038  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0495  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  26.04 
 
 
320 aa  62.4  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000835013  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0358  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  29.05 
 
 
314 aa  62.4  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000561801  decreased coverage  0.00000000752949 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0610  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  28.04 
 
 
320 aa  62.4  0.00000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.011039  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0538  sodium/calcium exchanger membrane region  27.22 
 
 
347 aa  61.6  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.367585  normal  0.0463237 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0330  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  28.99 
 
 
310 aa  61.2  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0502313 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2638  putative sodium/calcium exchanger  31.34 
 
 
305 aa  61.2  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.679614  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4588  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  27.73 
 
 
310 aa  61.2  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.902154  unclonable  0.0000000219309 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3618  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  27.06 
 
 
316 aa  61.2  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0325  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  27.06 
 
 
316 aa  61.2  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0778  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  30.18 
 
 
329 aa  61.2  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.020554  normal  0.0984265 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3815  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  27.06 
 
 
316 aa  61.2  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2093  sodium/calcium exchanger protein  23.42 
 
 
343 aa  60.5  0.00000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4361  putative calcium/sodium:proton antiporter  30.22 
 
 
325 aa  60.5  0.00000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.17672  normal  0.104496 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5993  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  30 
 
 
322 aa  60.5  0.00000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2279  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  27.51 
 
 
350 aa  60.5  0.00000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0752  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  28.96 
 
 
320 aa  60.1  0.00000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1295  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  31.34 
 
 
305 aa  60.1  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3082  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  27.93 
 
 
320 aa  60.1  0.00000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0308  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  31.65 
 
 
309 aa  59.7  0.00000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0504  sodium/calcium exchanger protein  27.85 
 
 
322 aa  59.3  0.00000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0449  sodium/calcium exchanger membrane region  26.58 
 
 
347 aa  59.3  0.00000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.589797  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0642  Na+/Ca+ antiporter  31.37 
 
 
312 aa  59.3  0.00000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3610  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  28.85 
 
 
319 aa  59.3  0.00000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3883  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  27.23 
 
 
307 aa  58.9  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.150856  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4537  putative sodium/calcium exchanger protein  26.58 
 
 
326 aa  58.9  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0905  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  31.25 
 
 
354 aa  59.3  0.0000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0741  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  25.31 
 
 
314 aa  58.9  0.0000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000278551  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2103  hypothetical protein  30.67 
 
 
332 aa  58.2  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0903  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  30 
 
 
316 aa  57.4  0.0000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.301766  normal  0.251972 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0608  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  31.28 
 
 
314 aa  57.4  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1078  sodium/calcium exchange protein  25.81 
 
 
323 aa  57.4  0.0000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00151135  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1716  Ca2+/H+ antiporter  28.74 
 
 
361 aa  57.8  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0816258 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1616  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  31.76 
 
 
312 aa  57.8  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002408  YrbG protein  26.64 
 
 
321 aa  57  0.0000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.411327  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4058  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  29.53 
 
 
319 aa  57  0.0000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3632  putative calcium/sodium:proton antiporter  26.97 
 
 
325 aa  57  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.138606 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0549  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  28.19 
 
 
324 aa  56.6  0.0000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.240591 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2556  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  28.17 
 
 
309 aa  56.6  0.0000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00317334  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3954  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  27.84 
 
 
367 aa  56.6  0.0000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.575902  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4234  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  27.18 
 
 
319 aa  55.8  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000309074 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07505  sodium/calcium exchanger  26.43 
 
 
316 aa  55.5  0.000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0950  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  26.36 
 
 
307 aa  55.8  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1591  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  27.57 
 
 
318 aa  55.8  0.000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0780094  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0203  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  26.53 
 
 
309 aa  55.1  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.42407  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0181  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  26.92 
 
 
329 aa  55.5  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00253398  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1539  inner membrane protein  28.99 
 
 
318 aa  55.8  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.544691  normal  0.292097 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03659  hypothetical protein  27.43 
 
 
321 aa  55.5  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5095  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  27.7 
 
 
325 aa  55.5  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.200539  normal  0.310038 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1174  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  30 
 
 
304 aa  55.5  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0205  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  26.53 
 
 
309 aa  55.1  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.638827  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0716  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  26.82 
 
 
330 aa  55.5  0.000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12780  Ca2+/Na+ antiporter  25.94 
 
 
345 aa  54.7  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.63097  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1849  sodium/calcium exchanger membrane region  25.55 
 
 
361 aa  54.7  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.353414 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0732  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  26.92 
 
 
319 aa  54.7  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.23043 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0562  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  25.74 
 
 
320 aa  54.7  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12590  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  27.25 
 
 
368 aa  53.9  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.483564  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05721  CaCA family sodium/calcium exchanger  28.45 
 
 
360 aa  53.9  0.000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.269845  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0272  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  27.13 
 
 
358 aa  53.9  0.000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1072  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  23.25 
 
 
308 aa  53.5  0.000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.301699  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0189  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  26.59 
 
 
334 aa  53.5  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>