145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3907 on replicon NC_009956
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009956  Dshi_3907  sodium/calcium exchanger membrane region  100 
 
 
341 aa  665    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.93815 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1499  sodium/calcium exchanger membrane region  50 
 
 
339 aa  300  3e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.324742  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1450  sodium/calcium exchanger membrane region  52.52 
 
 
355 aa  285  5e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.879027  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1223  Sodium/calcium exchanger membrane region  41.59 
 
 
339 aa  257  2e-67  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1849  sodium/calcium exchanger membrane region  44.03 
 
 
361 aa  237  2e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.353414 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0538  sodium/calcium exchanger membrane region  41.88 
 
 
347 aa  226  4e-58  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.367585  normal  0.0463237 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0449  sodium/calcium exchanger membrane region  40.91 
 
 
347 aa  223  4.9999999999999996e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.589797  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12780  Ca2+/Na+ antiporter  42.32 
 
 
345 aa  214  9.999999999999999e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.63097  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4761  sodium/calcium exchanger membrane region  31.44 
 
 
357 aa  142  9e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.788461  normal  0.198903 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1175  sodium/calcium exchanger membrane region  26.61 
 
 
348 aa  112  8.000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.606796  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2147  sodium/calcium exchanger membrane region  29.22 
 
 
335 aa  97.4  3e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000206707 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6944  sodium/calcium exchanger membrane region  25.74 
 
 
315 aa  90.9  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2983  sodium/calcium exchanger membrane region  26.95 
 
 
334 aa  88.6  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.39585  normal  0.0260778 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0274  sodium/calcium exchanger membrane region  23.58 
 
 
343 aa  88.6  1e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4299  sodium/calcium exchanger membrane region  29.77 
 
 
357 aa  89  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3831  cation antiporter (Na+/Ca2+)  29.62 
 
 
334 aa  84  0.000000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.151042 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1133  sodium/calcium exchanger membrane protein  26.97 
 
 
334 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000089866  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3080  sodium/calcium exchanger membrane protein  26.64 
 
 
334 aa  79.3  0.00000000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.036167  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3609  sodium/calcium exchanger membrane region  28.75 
 
 
336 aa  79.3  0.00000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.722589 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0501  Ca2+/H+ antiporter  23.62 
 
 
338 aa  75.5  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.482414 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1122  sodium/calcium exchanger membrane region  26.78 
 
 
338 aa  75.5  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0384  sodium/calcium exchanger membrane region  24.84 
 
 
336 aa  75.1  0.000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20130  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  27.65 
 
 
356 aa  69.3  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0850  cation transporter, putative  25.3 
 
 
340 aa  66.2  0.0000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.495798  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3841  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  27.71 
 
 
357 aa  64.7  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1078  sodium/calcium exchange protein  27.14 
 
 
323 aa  62.4  0.00000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00151135  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2051  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  29.01 
 
 
324 aa  62.4  0.00000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002408  YrbG protein  27.3 
 
 
321 aa  61.6  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.411327  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4361  putative calcium/sodium:proton antiporter  26.67 
 
 
325 aa  59.7  0.00000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.17672  normal  0.104496 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1817  calcium/proton exchanger  25 
 
 
331 aa  58.9  0.0000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.378438  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0181  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  28.92 
 
 
329 aa  58.2  0.0000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00253398  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0280  putative calcium/sodium:proton antiporter  26.73 
 
 
321 aa  57.8  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3291  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  27.86 
 
 
321 aa  57.8  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0788949  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1577  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  24.44 
 
 
311 aa  57  0.0000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00101794  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0287  putative calcium/sodium:proton antiporter  27.01 
 
 
321 aa  56.2  0.0000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0195424  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0890  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  27.47 
 
 
358 aa  55.1  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000303038  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1799  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  28.24 
 
 
326 aa  54.7  0.000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03659  hypothetical protein  25.17 
 
 
321 aa  55.1  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0430  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  24.06 
 
 
348 aa  54.7  0.000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4234  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  32.43 
 
 
319 aa  54.3  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000309074 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3883  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  25 
 
 
307 aa  54.3  0.000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.150856  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0004  putative CaCA family sodium/calcium exchanger  27.11 
 
 
364 aa  53.9  0.000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1252  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  23.02 
 
 
314 aa  53.9  0.000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.924358  normal  0.0329197 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2520  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  26 
 
 
357 aa  53.5  0.000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.522775 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06231  CaCA family sodium/calcium exchanger  27.11 
 
 
364 aa  53.5  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.379015  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3632  putative calcium/sodium:proton antiporter  28.33 
 
 
325 aa  53.5  0.000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.138606 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3635  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  24.7 
 
 
316 aa  53.5  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000393256  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2416  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  26.73 
 
 
324 aa  53.1  0.000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1742  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  25 
 
 
325 aa  53.1  0.000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0365853  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0590  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  29.52 
 
 
296 aa  53.1  0.000007  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0504  sodium/calcium exchanger protein  26.43 
 
 
322 aa  52.8  0.000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3173  putative sodium/calcium exchanger protein  25.15 
 
 
331 aa  52.8  0.000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.222381  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06321  CaCA family sodium/calcium exchanger  24.1 
 
 
359 aa  52.8  0.000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1369  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  24.93 
 
 
326 aa  52  0.00001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0468574  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0562  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  25.85 
 
 
320 aa  52  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1536  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  27.78 
 
 
331 aa  52.4  0.00001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.153216  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3305  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  32.11 
 
 
319 aa  52.4  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.568121 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4588  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  25.1 
 
 
310 aa  51.2  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.902154  unclonable  0.0000000219309 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3371  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family protein  31.58 
 
 
320 aa  51.6  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3625  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family protein  33.33 
 
 
326 aa  51.6  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0350  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  24.39 
 
 
314 aa  51.2  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.25399  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2414  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  31.73 
 
 
332 aa  51.2  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0659124 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0330  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  27.24 
 
 
310 aa  51.6  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0502313 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0355  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  24.39 
 
 
314 aa  51.2  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000157551  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2103  hypothetical protein  25.63 
 
 
332 aa  50.8  0.00003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0732  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  31.19 
 
 
319 aa  50.4  0.00004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.23043 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3610  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  27.39 
 
 
319 aa  50.4  0.00004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0358  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  24.39 
 
 
314 aa  50.4  0.00005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000561801  decreased coverage  0.00000000752949 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5993  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  28.49 
 
 
322 aa  50.4  0.00005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0360  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family protein  25.1 
 
 
309 aa  50.4  0.00005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0710  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  27.17 
 
 
435 aa  50.1  0.00006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.478041 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2541  sodium/calcium exchanger membrane region  26.52 
 
 
336 aa  49.7  0.00007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.164372  normal  0.239114 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1854  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  24.61 
 
 
322 aa  49.3  0.00008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0304514  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0348  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  23.98 
 
 
314 aa  49.7  0.00008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000268506  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3082  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  32.11 
 
 
320 aa  49.3  0.00009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.389731 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03061  predicted calcium/sodium:proton antiporter  35.09 
 
 
325 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0199282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0511  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  35.09 
 
 
325 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1368  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  33.61 
 
 
324 aa  49.3  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.517687  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03012  hypothetical protein  35.09 
 
 
325 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0189866  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3492  putative calcium/sodium:proton antiporter  35.09 
 
 
325 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3389  putative calcium/sodium:proton antiporter  35.09 
 
 
325 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.126361  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3684  putative calcium/sodium:proton antiporter  35.09 
 
 
325 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.187943  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2920  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  26.77 
 
 
369 aa  48.9  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00779404  normal  0.479363 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4518  putative calcium/sodium:proton antiporter  35.09 
 
 
325 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.449826  normal  0.512048 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0115  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  24.15 
 
 
320 aa  48.5  0.0001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00802895  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0504  putative calcium/sodium:proton antiporter  35.09 
 
 
325 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.18976 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3438  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  23.64 
 
 
310 aa  48.1  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.852406  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1366  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family protein  25.6 
 
 
320 aa  48.1  0.0002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1784  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  24.27 
 
 
320 aa  48.5  0.0002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000163312 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3673  putative calcium/sodium:proton antiporter  35.71 
 
 
325 aa  47.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.074393 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3575  putative calcium/sodium:proton antiporter  35.71 
 
 
325 aa  47.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0833  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger protein  33.33 
 
 
353 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.168882  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3611  putative calcium/sodium:proton antiporter  35.71 
 
 
325 aa  47.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.297385 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3506  putative calcium/sodium:proton antiporter  35.71 
 
 
325 aa  47.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0163  putative K+-dependent Na+/Ca+ exchanger homolog  32 
 
 
328 aa  47.4  0.0003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.173718  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3504  putative calcium/sodium:proton antiporter  35.71 
 
 
325 aa  47.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.316714  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1539  inner membrane protein  46.43 
 
 
318 aa  47.8  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.544691  normal  0.292097 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2262  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  26.52 
 
 
328 aa  47  0.0004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.436095  normal  0.508366 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0610  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  24.27 
 
 
320 aa  47  0.0005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.011039  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1147  putative calcium/sodium:proton antiporter  25.17 
 
 
324 aa  47  0.0005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>