81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1138 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1138  putative transmembrane protein  100 
 
 		 375 aa  743    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.972053 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2343  saccharopine dehydrogenase  43.55 
 
 		 376 aa  315  9e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1424  potassium efflux system protein  38.21 
 
 		 371 aa  262  6.999999999999999e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03325  saccharopine dehydrogenase  41.44 
 
 		 457 aa  226  4e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5049  Saccharopine dehydrogenase  43.94 
 
 		 554 aa  220  3e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.529688 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0669  Saccharopine dehydrogenase  39.9 
 
 		 577 aa  216  5e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.986243  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4536  saccharopine dehydrogenase  44.05 
 
 		 557 aa  206  5e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.802227  normal  0.151907 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1797  hypothetical protein  38.94 
 
 		 375 aa  204  1e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0455083  normal  0.219568 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4996  Saccharopine dehydrogenase  43.09 
 
 		 554 aa  202  8e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.693151  normal  0.884276 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0723  Saccharopine dehydrogenase  39.18 
 
 		 574 aa  202  8e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.554623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4779  saccharopine dehydrogenase  40.9 
 
 		 553 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3682  hypothetical protein  38.1 
 
 		 375 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2221  saccharopine dehydrogenase  35.66 
 
 		 375 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000139161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0108  saccharopine dehydrogenase  38.21 
 
 		 550 aa  168  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.566304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3620  saccharopine dehydrogenase  36.76 
 
 		 527 aa  149  9e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00695172 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3651  Saccharopine dehydrogenase  25.55 
 
 		 367 aa  89  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1495  Saccharopine dehydrogenase  31.21 
 
 		 376 aa  77  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000691069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4394  saccharopine dehydrogenase  22.84 
 
 		 384 aa  73.2  0.000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000130212 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4315  saccharopine dehydrogenase  28.77 
 
 		 378 aa  71.6  0.00000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.224112  normal  0.228939 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5058  saccharopine dehydrogenase  23.83 
 
 		 369 aa  65.9  0.000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3185  Saccharopine dehydrogenase  31.32 
 
 		 352 aa  63.5  0.000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.418477  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2976  saccharopine dehydrogenase  23.87 
 
 		 415 aa  62.4  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.809568  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3084  Saccharopine dehydrogenase  30.6 
 
 		 352 aa  61.2  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.413976  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2986  saccharopine dehydrogenase  30.05 
 
 		 365 aa  59.7  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0188424  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2140  saccharopine dehydrogenase  35.97 
 
 		 389 aa  58.5  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.307672 
 
 
-
 
NC_002936  DET0007  hypothetical protein  22.65 
 
 		 387 aa  57.8  0.0000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.870936  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1038  saccharopine dehydrogenase  28.91 
 
 		 325 aa  56.6  0.0000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.264702 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_7  hypothetical protein  20.83 
 
 		 387 aa  55.5  0.000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3399  Saccharopine dehydrogenase  25 
 
 		 350 aa  55.8  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00148167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34724  predicted protein  30 
 
 		 454 aa  55.1  0.000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0227294  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001157  putative integral membrane protein  26.92 
 
 		 360 aa  54.7  0.000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5762  Saccharopine dehydrogenase  28.49 
 
 		 355 aa  53.1  0.000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.353531 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0125  Saccharopine dehydrogenase  25.81 
 
 		 403 aa  52.8  0.000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2081  saccharopine dehydrogenase  33.13 
 
 		 371 aa  52.8  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.484567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3626  saccharopine dehydrogenase  32.17 
 
 		 410 aa  52.4  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1128  Saccharopine dehydrogenase  33.33 
 
 		 399 aa  51.6  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.785881  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0999  saccharopine dehydrogenase  23.12 
 
 		 405 aa  51.6  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0445398  hitchhiker  0.00533099 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1148  saccharopine dehydrogenase  27.49 
 
 		 325 aa  50.8  0.00003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15850  UbiD family decarboxylase  33.33 
 
 		 376 aa  51.2  0.00003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.647693  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3632  saccharopine dehydrogenase  33.33 
 
 		 419 aa  50.1  0.00006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.288883 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3559  saccharopine dehydrogenase  33.33 
 
 		 419 aa  50.1  0.00006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.924034  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3564  saccharopine dehydrogenase  34.13 
 
 		 419 aa  49.7  0.00008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.389675  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54890  hypothetical protein  30 
 
 		 634 aa  49.7  0.00009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000285931  unclonable  1.9973799999999998e-21 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0007  saccharopine dehydrogenase  24.85 
 
 		 387 aa  49.7  0.00009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2300  Saccharopine dehydrogenase  33.57 
 
 		 408 aa  48.9  0.0001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0134168  hitchhiker  0.00267876 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4933  hypothetical protein  28.88 
 
 		 352 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.76632  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1555  Saccharopine dehydrogenase  22.92 
 
 		 401 aa  48.9  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000142738  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0538  saccharopine dehydrogenase  33.1 
 
 		 394 aa  48.5  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.028356 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1922  saccharopine dehydrogenase  27.27 
 
 		 392 aa  48.5  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00339893 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56730  hypothetical protein  28.11 
 
 		 352 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0020  Saccharopine dehydrogenase (NAD(+), L-glutamate- forming)  31.08 
 
 		 390 aa  47.8  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.947878 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4206  saccharopine dehydrogenase  24.46 
 
 		 371 aa  47.8  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3672  saccharopine dehydrogenase  29.61 
 
 		 353 aa  47  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.420648 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07293  conserved hypothetical protein  24.85 
 
 		 430 aa  47.4  0.0005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.087222 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0726  Saccharopine dehydrogenase  30.61 
 
 		 421 aa  45.8  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.945634  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2027  saccharopine dehydrogenase  25.16 
 
 		 351 aa  45.8  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0488088  normal  0.664425 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3519  Saccharopine dehydrogenase  22.09 
 
 		 405 aa  45.8  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.368548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2098  Saccharopine dehydrogenase  35.46 
 
 		 406 aa  45.8  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.176484  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0633  hypothetical protein  26.88 
 
 		 367 aa  45.4  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.419888  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0148  Saccharopine dehydrogenase  22.73 
 
 		 409 aa  45.4  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5529  saccharopine dehydrogenase (NAD(+), L-glutamate-forming)  30.92 
 
 		 413 aa  45.4  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.317622 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0061  saccharopine dehydrogenase  22.86 
 
 		 403 aa  45.1  0.002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4609  hypothetical protein  29.33 
 
 		 392 aa  45.4  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.856643  normal  0.0914614 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2993  saccharopine dehydrogenase  24.93 
 
 		 354 aa  44.7  0.003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3635  Saccharopine dehydrogenase  24.69 
 
 		 363 aa  44.7  0.003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2037  saccharopine dehydrogenase  29.79 
 
 		 389 aa  44.7  0.003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2359  Saccharopine dehydrogenase  24.73 
 
 		 345 aa  44.7  0.003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0263338  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1105  Saccharopine dehydrogenase  31.29 
 
 		 422 aa  44.3  0.004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2888  Saccharopine dehydrogenase  22.54 
 
 		 403 aa  43.9  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.120454 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0747  saccharopine dehydrogenase  22.26 
 
 		 403 aa  43.9  0.004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.0000418334  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1535  Saccharopine dehydrogenase  24.18 
 
 		 396 aa  43.9  0.004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.82797 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0176  hypothetical protein  25.7 
 
 		 376 aa  43.9  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.668245 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1081  saccharopine dehydrogenase  29.09 
 
 		 399 aa  43.5  0.006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.706576  normal  0.0928318 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0572  saccharopine dehydrogenase  19.84 
 
 		 398 aa  43.5  0.006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3712  saccharopine dehydrogenase  25.07 
 
 		 367 aa  43.5  0.006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0285  saccharopine dehydrogenase  21.2 
 
 		 404 aa  43.1  0.007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12475  hypothetical protein  30.28 
 
 		 419 aa  43.1  0.008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.487465 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1410  saccharopine dehydrogenase  30.12 
 
 		 393 aa  43.1  0.008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_49575  predicted protein  31.4 
 
 		 375 aa  43.1  0.008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00359533  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_40135  predicted protein  30.53 
 
 		 461 aa  43.1  0.009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1846  Saccharopine dehydrogenase  30.16 
 
 		 389 aa  42.7  0.01  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>