70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3620 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3620  saccharopine dehydrogenase  100 
 
 		 527 aa  1043    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00695172 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5049  Saccharopine dehydrogenase  40.94 
 
 		 554 aa  267  4e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.529688 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4536  saccharopine dehydrogenase  39.35 
 
 		 557 aa  257  4e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.802227  normal  0.151907 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4996  Saccharopine dehydrogenase  39.96 
 
 		 554 aa  239  5.999999999999999e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.693151  normal  0.884276 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0108  saccharopine dehydrogenase  38.09 
 
 		 550 aa  235  2.0000000000000002e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.566304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4779  saccharopine dehydrogenase  37.38 
 
 		 553 aa  232  1e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0669  Saccharopine dehydrogenase  34.32 
 
 		 577 aa  205  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.986243  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0723  Saccharopine dehydrogenase  33.22 
 
 		 574 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.554623  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1138  putative transmembrane protein  36.56 
 
 		 375 aa  155  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.972053 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2343  saccharopine dehydrogenase  30.45 
 
 		 376 aa  150  5e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03325  saccharopine dehydrogenase  35.89 
 
 		 457 aa  147  5e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1797  hypothetical protein  35.51 
 
 		 375 aa  121  3e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0455083  normal  0.219568 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1424  potassium efflux system protein  30.6 
 
 		 371 aa  120  4.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2221  saccharopine dehydrogenase  32.71 
 
 		 375 aa  108  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000139161  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3682  hypothetical protein  31.85 
 
 		 375 aa  105  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3651  Saccharopine dehydrogenase  27.73 
 
 		 367 aa  89.4  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5058  saccharopine dehydrogenase  25.45 
 
 		 369 aa  79.3  0.0000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2482  hypothetical protein  27.22 
 
 		 172 aa  74.7  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.470104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2884  hypothetical protein  30.81 
 
 		 176 aa  74.7  0.000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34724  predicted protein  26.84 
 
 		 454 aa  71.6  0.00000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0227294  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001157  putative integral membrane protein  33.07 
 
 		 360 aa  70.5  0.00000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1495  Saccharopine dehydrogenase  33.89 
 
 		 376 aa  70.5  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000691069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4394  saccharopine dehydrogenase  25 
 
 		 384 aa  67  0.0000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000130212 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3456  hypothetical protein  30.46 
 
 		 174 aa  66.2  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.316596  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3157  hypothetical protein  32.95 
 
 		 174 aa  66.6  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1076  hypothetical protein  25.88 
 
 		 181 aa  65.9  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.376591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04871  hypothetical protein  32.18 
 
 		 176 aa  64.3  0.000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0980  hypothetical protein  25.29 
 
 		 181 aa  63.5  0.000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.213809  normal  0.0628695 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1137  hypothetical protein  25.88 
 
 		 180 aa  62.4  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1339  Saccharopine dehydrogenase  35.2 
 
 		 343 aa  59.7  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.072139  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4315  saccharopine dehydrogenase  23.24 
 
 		 378 aa  59.7  0.0000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.224112  normal  0.228939 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2976  saccharopine dehydrogenase  23.38 
 
 		 415 aa  57  0.0000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.809568  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1215  hypothetical protein  31.13 
 
 		 233 aa  55.5  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.932644  normal  0.206964 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3635  Saccharopine dehydrogenase  27.18 
 
 		 363 aa  55.1  0.000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0494  saccharopine dehydrogenase  39.06 
 
 		 371 aa  52.4  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.961307  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1950  hypothetical protein  25.19 
 
 		 408 aa  52  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.275408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1148  saccharopine dehydrogenase  31.89 
 
 		 325 aa  51.6  0.00003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1135  Saccharopine dehydrogenase  34.91 
 
 		 368 aa  51.2  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14900  saccharopine dehydrogenase-like oxidoreductase  29.15 
 
 		 313 aa  50.8  0.00005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00802223  normal  0.0704992 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2027  saccharopine dehydrogenase  32.37 
 
 		 351 aa  50.4  0.00008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0488088  normal  0.664425 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2359  Saccharopine dehydrogenase  31.2 
 
 		 345 aa  50.4  0.00009  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0263338  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2993  saccharopine dehydrogenase  23.7 
 
 		 354 aa  49.7  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1149  hypothetical protein  32.8 
 
 		 351 aa  49.7  0.0001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1054  hypothetical protein  32.8 
 
 		 351 aa  49.7  0.0001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.380877  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1643  saccharopine dehydrogenase  23.47 
 
 		 382 aa  48.9  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1038  saccharopine dehydrogenase  31.35 
 
 		 325 aa  49.3  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.264702 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15850  UbiD family decarboxylase  31.01 
 
 		 376 aa  49.3  0.0002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.647693  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3058  saccharopine dehydrogenase  37.86 
 
 		 348 aa  48.9  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3544  putative integral membrane protein  29.7 
 
 		 324 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0710897 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1542  hypothetical protein  38.03 
 
 		 302 aa  47.8  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.450686  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1432  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  38.03 
 
 		 302 aa  47.8  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000441102  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0349  hypothetical protein  38.03 
 
 		 302 aa  47.8  0.0005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000136273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.08 
 
 		 193 aa  47  0.0008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.321616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56730  hypothetical protein  33.6 
 
 		 352 aa  46.2  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3712  saccharopine dehydrogenase  33.88 
 
 		 367 aa  46.6  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0633  hypothetical protein  35.77 
 
 		 367 aa  45.8  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.419888  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2460  NAD-binding domain-containing protein  30.48 
 
 		 297 aa  45.4  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.040859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4516  domain of unknown function DUF1731  32.95 
 
 		 307 aa  45.1  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0231327 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13181  putative chaperon-like protein for quinone binding in photosystem II  32.94 
 
 		 320 aa  45.1  0.003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.974044  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4933  hypothetical protein  32 
 
 		 352 aa  45.1  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.76632  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4059  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.7 
 
 		 316 aa  44.3  0.005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.129791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2362  hypothetical protein  36.62 
 
 		 297 aa  44.3  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0858  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.59 
 
 		 303 aa  44.7  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2535  domain of unknown function DUF1731  36.36 
 
 		 307 aa  43.9  0.006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.18148 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1649  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  47.62 
 
 		 359 aa  44.3  0.006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4134  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.94 
 
 		 358 aa  44.3  0.006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.119022  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_13431  putative chaperon-like protein for quinone binding in photosystem II  31.76 
 
 		 320 aa  44.3  0.006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3578  domain of unknown function DUF1731  36.36 
 
 		 307 aa  43.9  0.006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.4 
 
 		 292 aa  43.5  0.009  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.060465  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2758  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.04 
 
 		 311 aa  43.5  0.01  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>