More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0202 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc0202  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  100 
 
 
320 aa  644    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.547338 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4512  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  64.03 
 
 
313 aa  390  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0398112  normal  0.511989 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4380  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  64.03 
 
 
313 aa  390  1e-107  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0975377  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1710  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  52.04 
 
 
301 aa  284  1.0000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0525002  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5324  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  52.04 
 
 
301 aa  284  1.0000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.387146  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0190  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  47.42 
 
 
305 aa  265  1e-69  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1193  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  50.87 
 
 
301 aa  263  3e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1506  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  47.95 
 
 
299 aa  256  4e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2472  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  46.08 
 
 
299 aa  253  3e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.477285 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3458  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  45.86 
 
 
298 aa  250  2e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.021419  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2358  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  42.24 
 
 
303 aa  248  1e-64  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3877  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  45 
 
 
326 aa  240  2e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2689  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  46.92 
 
 
299 aa  237  2e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.678836  normal  0.494365 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1716  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  39.69 
 
 
289 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0386  ribose-phosphate pyrophosphokinase  35.56 
 
 
275 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.118655  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2240  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  37.33 
 
 
301 aa  160  3e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3540  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  36.99 
 
 
299 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4626  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  35.9 
 
 
303 aa  149  5e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3582  ribose-phosphate pyrophosphokinase  39.85 
 
 
298 aa  145  1e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2496  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  36.72 
 
 
305 aa  143  3e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000223709 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1899  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  31.72 
 
 
306 aa  141  9.999999999999999e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1442  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  35.84 
 
 
304 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0541473  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0167  ribose-phosphate pyrophosphokinase  26.01 
 
 
293 aa  127  3e-28  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.00051892  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1398  ribose-phosphate pyrophosphokinase  26.06 
 
 
287 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.558699  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0204  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.17 
 
 
282 aa  125  9e-28  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.37319  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0500  ribose-phosphate pyrophosphokinase  26.76 
 
 
287 aa  125  1e-27  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1408  ribose-phosphate pyrophosphokinase  26.76 
 
 
287 aa  125  1e-27  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1228  ribose-phosphate pyrophosphokinase  26.76 
 
 
287 aa  122  6e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.84839  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1790  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.26 
 
 
290 aa  122  8e-27  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2392  ribose-phosphate pyrophosphokinase  31.71 
 
 
281 aa  117  1.9999999999999998e-25  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.633415 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1544  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.39 
 
 
279 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2016  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.68 
 
 
294 aa  109  6e-23  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0660085  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4122  ribose-phosphate pyrophosphokinase  34.54 
 
 
311 aa  106  5e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0525218 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0975  ribose-phosphate pyrophosphokinase  31.23 
 
 
279 aa  106  6e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.221596  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0363  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.74 
 
 
283 aa  105  1e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0212  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  26.52 
 
 
327 aa  105  1e-21  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00571516 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0775  hypothetical protein  29.89 
 
 
281 aa  103  3e-21  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  decreased coverage  0.00000000110897  hitchhiker  0.00000000000484536 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2695  ribose-phosphate pyrophosphokinase  31.36 
 
 
281 aa  103  4e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.905023  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0275  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.48 
 
 
285 aa  101  1e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.000000178849  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0412  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.84 
 
 
282 aa  100  2e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.231017  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0764  ribose-phosphate pyrophosphokinase  31.62 
 
 
361 aa  100  3e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.107258 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0783  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29 
 
 
313 aa  99.8  5e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0101  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  25.33 
 
 
330 aa  99  1e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000630999  hitchhiker  0.000002029 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1877  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.08 
 
 
282 aa  98.2  2e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  unclonable  0.0000000000000092442  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0488  ribose-phosphate pyrophosphokinase  31.02 
 
 
286 aa  98.2  2e-19  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.0430198 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2411  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.28 
 
 
315 aa  96.7  4e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.516491  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0087  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.86 
 
 
284 aa  96.7  5e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0069  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.82 
 
 
318 aa  96.3  6e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.829297  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1053  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.11 
 
 
331 aa  96.3  6e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2068  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.95 
 
 
315 aa  96.3  6e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0476582  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2118  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.95 
 
 
315 aa  95.9  7e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.092676  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5250  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.93 
 
 
340 aa  95.5  1e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0702588  normal  0.550971 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1743  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.68 
 
 
291 aa  94  3e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2416  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.87 
 
 
316 aa  94  3e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0715915  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0046  ribose-phosphate pyrophosphokinase  24.17 
 
 
315 aa  94  4e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0044  ribose-phosphate pyrophosphokinase  24.17 
 
 
315 aa  93.6  4e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0895  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.47 
 
 
331 aa  92.8  8e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0441838  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0911  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.87 
 
 
282 aa  92.4  8e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.683749 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0092  ribose-phosphate pyrophosphokinase  25.82 
 
 
313 aa  92  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2341  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.61 
 
 
315 aa  92  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1986  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.61 
 
 
315 aa  92  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.675824  normal  0.0111954 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2464  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.61 
 
 
315 aa  92.4  1e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.162098  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2070  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.61 
 
 
315 aa  92.4  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000481775  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2184  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.61 
 
 
315 aa  92.4  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1218  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.08 
 
 
326 aa  91.7  1e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0833  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.52 
 
 
309 aa  91.7  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.512695 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1852  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.03 
 
 
315 aa  91.3  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.220471  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1541  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.61 
 
 
315 aa  91.3  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.049338  normal  0.157535 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1610  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.57 
 
 
331 aa  91.7  2e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0272078 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1357  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.61 
 
 
315 aa  91.3  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000430302  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21230  ribose-phosphate pyrophosphokinase  26.57 
 
 
314 aa  91.3  2e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000002117  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1919  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.61 
 
 
315 aa  91.3  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.167319  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1913  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.61 
 
 
315 aa  91.3  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.282698  normal  0.8749 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1977  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.61 
 
 
315 aa  91.3  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.607656  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01182  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.03 
 
 
315 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472694  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2440  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.03 
 
 
337 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.019928  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4733  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.72 
 
 
330 aa  90.5  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0584703 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01192  hypothetical protein  28.03 
 
 
315 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.332422  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1312  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.03 
 
 
315 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000147835  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1688  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.03 
 
 
315 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000327484  normal  0.706483 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1935  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.03 
 
 
337 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000351672  normal  0.350342 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2419  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.03 
 
 
315 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0172206  hitchhiker  0.00439854 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1355  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.03 
 
 
315 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000522341  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0221  ribose-phosphate pyrophosphokinase  25.09 
 
 
329 aa  90.1  4e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.000000000342806  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1371  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.65 
 
 
315 aa  89.7  6e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000127042  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1091  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.57 
 
 
331 aa  89.7  6e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.319247  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1774  ribose-phosphate pyrophosphokinase  25.36 
 
 
292 aa  89.7  6e-17  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0179  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.93 
 
 
314 aa  89.7  6e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0045  ribose-phosphate pyrophosphokinase  24.1 
 
 
317 aa  89.4  7e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.993888  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2178  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.49 
 
 
284 aa  89  9e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.115162  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2078  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.67 
 
 
317 aa  89  9e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11091  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.59 
 
 
331 aa  89  9e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.147095  normal  0.740679 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0670  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.52 
 
 
331 aa  88.6  1e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  decreased coverage  0.00572245  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1709  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.57 
 
 
310 aa  88.6  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.347929  normal  0.21366 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15031  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.52 
 
 
331 aa  88.6  1e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0160  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  26.53 
 
 
336 aa  88.2  1e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1951  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  24.67 
 
 
326 aa  88.6  1e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.0000760299  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2501  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.02 
 
 
331 aa  87.8  2e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.534013 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1467  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.42 
 
 
312 aa  88.2  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000329774  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3091  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.99 
 
 
317 aa  87.8  2e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>