More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4194 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_4194  cysteine synthase  100 
 
 		 340 aa  705    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.360882 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2430  pyridoxal-phosphate dependent enzyme family protein  66.99 
 
 		 327 aa  426  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00735557  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3706  cystathionine beta-synthase  51.08 
 
 		 459 aa  330  1e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2830  cystathionine beta-synthase  50.16 
 
 		 332 aa  330  1e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.908849  normal  0.0512396 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3763  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  51.08 
 
 		 459 aa  330  3e-89  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3846  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  51.08 
 
 		 459 aa  329  5.0000000000000004e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3846  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  50.16 
 
 		 459 aa  324  1e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.692652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4156  cystathionine beta-synthase  44.44 
 
 		 461 aa  295  9e-79  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.884438 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1927  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.85 
 
 		 453 aa  295  1e-78  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5829  cystathionine beta-synthase  45.77 
 
 		 458 aa  291  8e-78  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.454339 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3718  cystathionine beta-synthase  45.91 
 
 		 463 aa  290  3e-77  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000446047  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1434  Cysteine synthase  45.73 
 
 		 453 aa  289  5.0000000000000004e-77  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.700608 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08106  putative cystathionine beta-synthase  43.99 
 
 		 345 aa  288  1e-76  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.434389  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00130  cystathionine beta-synthase  42.27 
 
 		 326 aa  286  2.9999999999999996e-76  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1829  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.28 
 
 		 333 aa  284  1.0000000000000001e-75  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0936757  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3667  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.48 
 
 		 496 aa  282  7.000000000000001e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.699338  normal  0.0676519 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0908  cystathionine beta-synthase  49.69 
 
 		 469 aa  278  8e-74  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1990  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.51 
 
 		 326 aa  276  3e-73  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1157  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  48.43 
 
 		 326 aa  275  8e-73  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4422  cystathionine beta-synthase  46.03 
 
 		 455 aa  274  1.0000000000000001e-72  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2557  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  40.25 
 
 		 346 aa  270  2e-71  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0644  cystathionine beta-synthase  47 
 
 		 463 aa  270  2.9999999999999997e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0855  cystathionine beta-synthase  47.06 
 
 		 456 aa  267  2e-70  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0877269 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1048  cystathionine beta-synthase  46.13 
 
 		 455 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0943  cystathionine beta-synthase  46.04 
 
 		 454 aa  266  4e-70  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4380  cystathionine beta-synthase  46.32 
 
 		 464 aa  265  7e-70  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.558337  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8566  cystathionine beta-synthase  45.76 
 
 		 456 aa  265  8e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6424  cystathionine beta-synthase  47.72 
 
 		 463 aa  265  8e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.510477  normal  0.13322 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1617  cystathionine beta-synthase  45.54 
 
 		 464 aa  263  2e-69  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4209  cystathionine beta-synthase  47.48 
 
 		 464 aa  264  2e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4149  cystathionine beta-synthase  46.01 
 
 		 464 aa  264  2e-69  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0798519  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4224  cystathionine beta-synthase  46.01 
 
 		 464 aa  264  2e-69  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0912  cystathionine beta-synthase  46.44 
 
 		 456 aa  263  3e-69  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.78601 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3118  cystathionine beta-synthase  47.08 
 
 		 456 aa  263  4e-69  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000273151 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0375  cystathionine beta-synthase  49.23 
 
 		 462 aa  262  4.999999999999999e-69  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.457937 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3819  cysteine synthase A  40.25 
 
 		 324 aa  262  6e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0914  cysteine synthase  44.41 
 
 		 355 aa  262  6.999999999999999e-69  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.141926  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0939  cystathionine beta-synthase  44.91 
 
 		 462 aa  262  6.999999999999999e-69  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.44231  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2043  cystathionine beta-synthase  46.15 
 
 		 464 aa  261  2e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.140313  normal  0.388176 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3152  cystathionine beta-synthase  45.54 
 
 		 460 aa  259  5.0000000000000005e-68  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.676366  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3360  cysteine synthase A  39.94 
 
 		 324 aa  259  5.0000000000000005e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.359843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1082  cystathionine beta-synthase  45.54 
 
 		 454 aa  259  5.0000000000000005e-68  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0083  cystathionine beta-synthase  45.94 
 
 		 458 aa  259  6e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4674  cystathionine beta-synthase  45.54 
 
 		 464 aa  258  9e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.202958 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0700  cystathionine beta-synthase  44.98 
 
 		 456 aa  256  3e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5010  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  40.76 
 
 		 325 aa  256  4e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.278031  normal  0.209222 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2762  cystathionine beta-synthase  43.84 
 
 		 461 aa  256  4e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00303095 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0276  cysteine synthase A  38.99 
 
 		 324 aa  255  9e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.146971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1560  cystathionine beta-synthase (acetylserine-dependent)  45.03 
 
 		 302 aa  255  9e-67  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.180171  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1534  cysteine synthase A  40.31 
 
 		 325 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.393204  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4638  cysteine synthase A  40.06 
 
 		 325 aa  254  1.0000000000000001e-66  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000171052 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4742  cysteine synthase A  40.13 
 
 		 326 aa  254  1.0000000000000001e-66  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3062  cystathionine beta-synthase  44.98 
 
 		 461 aa  254  1.0000000000000001e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0923483  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5286  cystathionine beta-synthase  42.06 
 
 		 459 aa  253  3e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.153908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1347  cysteine synthase A  40.58 
 
 		 324 aa  252  6e-66  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0350194 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31890  cystathionine beta-synthase  45.18 
 
 		 457 aa  251  1e-65  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.499085  normal  0.354911 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0438  cystathionine beta-synthase  45.74 
 
 		 455 aa  250  2e-65  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4559  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.3 
 
 		 328 aa  251  2e-65  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5839  cysteine synthase A  39.13 
 
 		 324 aa  251  2e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2094  cysteine synthase A  40.06 
 
 		 323 aa  249  4e-65  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2138  cysteine synthase A  40.06 
 
 		 323 aa  249  4e-65  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_42003  predicted protein  43.75 
 
 		 469 aa  249  6e-65  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1804  cysteine synthase A  40.58 
 
 		 334 aa  248  1e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17600  cystathionine beta-synthase  45.79 
 
 		 521 aa  248  1e-64  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1694  cysteine synthase A  38.49 
 
 		 331 aa  247  3e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1718  cysteine synthase A  39.05 
 
 		 338 aa  246  4e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.858313  normal  0.306784 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3958  cysteine synthase A  41.1 
 
 		 332 aa  245  6.999999999999999e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.328768 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2956  cystathionine beta-synthase  44.11 
 
 		 465 aa  245  8e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.192465  normal  0.0470778 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2600  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.81 
 
 		 465 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0422691  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11095  cystathionine beta-synthase CBS  44.17 
 
 		 464 aa  244  9.999999999999999e-64  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000000328093  normal  0.348251 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1228  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.38 
 
 		 302 aa  242  6e-63  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2671  cystathionine beta-synthase  42.57 
 
 		 468 aa  241  9e-63  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0925  cystathionine beta-synthase  42.12 
 
 		 468 aa  240  2e-62  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.731257 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_77227  cystathionine beta-synthase  42.01 
 
 		 494 aa  241  2e-62  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2178  Cysteine synthase  36.99 
 
 		 466 aa  240  2.9999999999999997e-62  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0059  putative cystathionine beta-synthase  39.81 
 
 		 316 aa  239  5e-62  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.857844  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0171  cysteine synthase A  37.9 
 
 		 372 aa  239  5e-62  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1627  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.82 
 
 		 455 aa  239  5e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000745759 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3085  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.99 
 
 		 307 aa  238  8e-62  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.520498  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2125  cystathionine beta-synthase  39.81 
 
 		 316 aa  238  1e-61  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.700222  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4907  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.56 
 
 		 479 aa  238  1e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1054  cystathionine beta-synthase  43.97 
 
 		 465 aa  237  2e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.655144 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1100  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.62 
 
 		 349 aa  237  3e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0488  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.54 
 
 		 456 aa  236  3e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2907  cysteine synthase A  37 
 
 		 346 aa  236  4e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.156329  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1655  cysteine synthase  40.75 
 
 		 315 aa  235  7e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.561904  normal  0.310159 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3248  cystathionine beta-synthase  38.41 
 
 		 479 aa  235  7e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.564607 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0499  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.05 
 
 		 343 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.377757 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2553  cysteine synthase A  38.24 
 
 		 366 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.0093457  normal  0.73463 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2756  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.84 
 
 		 343 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1666  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.38 
 
 		 348 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.44586 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1391  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.06 
 
 		 348 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00108416 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05220  cystathionine beta-synthase  38.87 
 
 		 457 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1220  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.5 
 
 		 352 aa  233  4.0000000000000004e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.816329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0499  cystathionine beta-synthase  38.87 
 
 		 457 aa  233  5e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2323  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.99 
 
 		 343 aa  232  8.000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.03827 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_36485  predicted protein  42.26 
 
 		 334 aa  231  1e-59  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.568714  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1424  cysteine synthase A  37.65 
 
 		 346 aa  231  1e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.348736  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03155  cystathionine beta-synthase  38.8 
 
 		 464 aa  231  1e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.140599  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3927  cysteine synthase A  38.2 
 
 		 344 aa  231  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.385733 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>